Директивой Ставки Верховного Командования КБФ с 14 июля был подчинен главкому Северо-Западного направления.
Уже в начале войны в Ленинграде из курсантов военно-морских училищ была создана курсантская бригада (1750 человек), которая вела борьбу с воздушными десантами и диверсантами противника на территории Эстонии и в западных районах Ленинградской области. В июле началось формирование морских бригад из личного состава береговых частей, кораблей, учебных отрядов, школ и училищ. В течение июля — сентября были сформированы и направлены на фронт 2, 3, 4, 5, 6 и 7-я морские бригады. После эвакуации из Таллина была переформирована и пополнена 1-я бригада морской пехоты.
В июле началось создание Восточной минной позиции в районе островов Гогланд и Сескар, которая прикрыла восточную часть Финского залива от возможного прорыва кораблей противника, усиливая тем самым оборону Кронштадта — Ленинграда с моря.
В первый период войны в связи с наступлением немецко-фашистских армий возникла необходимость в обеспечении приозерных флангов наших войск и содействия им на озерах (огневая поддержка, обеспечение перевозок и переправ). По решению наркома ВМФ на основе учебных отрядов кораблей на Чудском, Ладожском, Онежском и Ильменском озерах были сформированы флотилии, которые оказали существенную помощь нашим войскам в обороне.
Ладожская военная флотилия начала формироваться 25 июня на базе учебных кораблей и личного состава ленинградской группы военно-морских учебных заведений. Командующий — капитан 2 ранга В.П. Барановский, капитан 2 ранга С.В. Земляниченко (с 30.6. 41), капитан 1 ранга В.П. Боголепов (с 24.07. 41), контр-адмирал Б.В. Хорошкин (с 8.08.41), капитан 1 ранга В.С. Чероков (с 13.10.41). В состав флотилий были переданы некоторые корабли КБФ, а также суда, полученные в порядке мобилизации. В связи с выходом неприятельских войск на побережье Ладожского озера флотилия оказывала артиллерийскую поддержку сухопутным войскам, высаживала десанты, обороняла острова, занималась грузоперевозками.
Чудская военная флотилия была создана 3 июля на базе дивизиона учебных кораблей Высшего военно-морского инженерного училища им. Ф.Э. Дзержинского. Командующий — капитан 1 ранга Н.Ю. Авраамов. Поддерживая войска Красной Армии, она в течение июля — первой половины августа противодействовала переправам и десантам противника на Псковском и Чудском озерах и реке Нарове.
После оставления советскими войсками Гдова корабли флотилии перешли к р. Нарова и 13 августа были затоплены, а оставшийся личный состав прибыл в Ленинград.
Командующий Ладожской флотилией B.C. Чероков.
28 июля была сформирована Ильменская флотилия из судов речного пароходства. Командующий — капитан 3 ранга В.М. Древницкий. Ее корабли несли сторожевую службу с целью не допустить прорыва противника в Новгородском и Старорусском направлениях, участвовали в высадке тактических десантов. С 14 августа флотилия прикрывала артиллерийским огнем отход войск и эвакуацию населения из Новгорода, а затем действовала на р. Волхов. Выполнив свои задачи, корабли флотилии ушли в Ладожское озеро.
В начале августа была сформирована Онежская военная флотилия. Командующий — капитан 2 ранга А.П. Дьяконов. Ее корабли оказывали артиллерийскую поддержку сухопутным войскам, перевозили войска и грузы. В сентябре 1941 г. флотилия препятствовала форсированию противником р. Свирь. С окончанием навигации в конце ноября Онежская флотилия была расформирована, а ее корабли переведены на Волгу.
Исходя из обстановки на сухопутном фронте в начале июля решением ВС КБФ Кронштадтский укрепленный сектор для более эффективного управления береговой артиллерией был разделен на три совершенно самостоятельных укрепленных сектора: Лужский, Ижорский и Кронштадтский.
В составе Кронштадтского УС остались батареи, расположенные на острове Котлин и дивизионы на фортах, вокруг него — 11-й (форт «П»), 12-й (форт «О»), 13-й (форт «Р»), 14-й (южные номерные форты) и 15-й (северные номерные форты) дивизионы. Комендант КУС — полковник Д.И. Терещенко.
В Ижорский УС отошли дивизионы, расположенные на южном берегу, — 31-й (Красная горка) и 33-й (Серая лошадь). Комендантом был назначен комбриг П.И. Лаковников, с сентября — генерал-майор Г.Т. Григорьев.
В Лужский ИУС передан 21-й дивизион. Командир сектора — генерал-майор Н.Ю Денисевич.
Была усилена оборона Выборгского и Гогландского укрепленных секторов. Особое внимание обращалось на совершенствование противодесантной обороны на островах Гогланд, Большой Тютерс, Бьёрке, Пийсари. В Гогландском укрепленном секторе береговая артиллерия пополнилась четырьмя батареями (15 орудий калибром 76-130 мм). Одна 76-мм и одна 130-мм батареи были установлены на острове Большой Тютерс и две 130-мм батареи — на острове Лавенсари. Оборона острова Бьёрке была усилена двумя 45-мм, а острова Пийсари — одной 45-мм батареями.
10 июля противник начал наступление на Ленинград с юга и севера, развернулись бои на дальних подступах к городу.
Первыми из флотских подразделений вступили в бой с наступающим противником части самого западного Лужского укрепленного сектора. К началу боев в его состав входили: 21-й отдельный артиллерийский дивизион (26 орудий калибром 45-152 мм), три железнодорожные батареи (№ 11, 12 и 18). 180-356-мм батареи были созданы для стрельбы по крупным морским целям и сильно укрепленным инженерным сооружениям противника, а пришлось стрелять по танковым колоннам, переправам и скоплениям войск и техники. Для железнодорожных батарей было построено несколько временных позиций. Орудийные транспортеры, отстрелявшись на одной позиции, сразу же уходили на другую. Это позволяло избегать вражеских ударов по батареям. В состав сектора входили также 2-я бригада морской пехоты, стрелковый и железнодорожный батальоны, а также гарнизоны островов Сескар и Лавенсари. ЛУС охватывал большой участок вдоль побережья Нарвского залива и Лужской губы. На территории сектора базировались основные части авиации флота.
Части сектора защищали побережье от десантов и обстрелов с моря и должны были содействовать войскам 8-й армии в обороне правого фланга Лужской укрепленной позиции.
В ходе боев противнику удалось выйти к реке Луга и захватить переправы у деревни Ивановское и у села Большой Сабек. 14 июля на участке Кингисепп, Нарва в бой были введены два батальона курсантской бригады военно-морских учебных заведений и батальоны 2-й отдельной бригады морской пехоты. В тот же день железнодорожные батареи с позиций в районе Усть-Луга, Керстово открыли огонь по скоплениям немецких войск.
В результате ожесточенных оборонительных боев наши войска 19 июля остановили дальнейшее продвижение врага. Значительную помощь обороняющимся войскам оказали береговые батареи, которые своим огнем уничтожали скопления вражеской пехоты, разрушали переправы, наносили удары по танковым и механизированным частям и артиллерийским батареям.
