Другой раз, в конце сентября 1916 года, «Императрица Мария» пошла на бомбардировку г. Варны. Под самым болгарским портом были высланы вперед тральщики для очистки пути от неприятельских мин. В скором времени один тральщик наскочил на плавучую мину и был взорван. Для спасения экипажа немедленно выслали миноносец. Но не прошло и часа, как последовал второй взрыв и другой тральщик взлетел на воздух. Команда зароптала. Никакие убеждения начальства не действовали. Запасы угля были на исходе, и «Императрица Мария» на третий день возвратилась в Севастопольскую бухту. Это было 5 октября 1916 года.
В течение августа и сентября никаких особо выдающихся событий не произошло. «Мария» продолжала выполнять очередные задачи по прикрытию различных операций и перегруппировке войск. Делегацией от города Севастополя во главе с городским головой Ергопуло ей был поднесен роскошный шелковый кормовой флаг, торжественно освященный на шканцах в присутствии командующего флотом.
В это время на линкоре зародилась собственная корабельная традиция — прослужившего на корабле значительное время офицера награждать особой выделки саблей с накладным на эфес эмалевым изображением иконы Святого Николая Угодника (его выполнил мичман Г.Р. Вирен) и гравировкой названия корабля на клинке. Устав о сабле, разработанный кают-компанией корабля, был одобрен командующим флотом и утвержден морским министром. Первый экземпляр сабли был вручен императору Николаю II. Второй экземпляр сабли получил мичман Г.Р. Вирен. С ней он и эмигрировал. Сегодня эта сабля украшает Клуб объединения офицеров русского флота в США.
Историк отечественного Военно-морского флота P.M. Мельников пишет: «Все знали, что с вступлением в строй „Императрицы Марии“ „Гебен“ без крайней нужды теперь из Босфора не выйдет. Флот смог планомерно и в более широких масштабах решать свои стратегические задачи. Тогда же для оперативных действий в море, сохранив административную бригадную структуру, образовали несколько мобильных временных соединений, названных маневренными группами. В первую вошли „Императрица Мария“ и крейсер „Кагул“ с выделенными для их охраны эсминцами. Такая организация позволяла (с привлечением подводных лодок и авиации) осуществлять более действенную блокаду Босфора. Только в сентябре — декабре 1915 года маневренные группы десять раз выходили к берегам противника и провели в море 29 дней: Босфор, Зунгулдак, Новороссийск, Батум, Трапезунд, Варна, Констанца. У всех берегов Черного моря можно было видеть тогда стелющийся по воде длинный и приземистый силуэт грозного линкора. И все же поимка „Гебена“ оставалась голубой мечтой всего экипажа. Не раз приходилось офицерам „Марии“ поминать недобрым словом руководителей Генмора вкупе с министром А.С. Воеводским, срезавших у их корабля по крайней мере 2 узла хода, что не оставляло надежд на успех погони за „Гебеном“, помочь мог только случай… „Лодочный синдром“, уже сковавший флоты воюющих держав на западе и в Средиземноморье, начал сказываться и в Черном море. Кораблей для охраны линкоров явно не хватало, и в штабе флота подумывали даже о том (проект капитана 1-го ранга К.Ф. Кетлинского), чтобы снабдить „Императрицу Марию“ наружным поясом конструктивной защиты, который мог бы обезопасить ее от взрывов мин и торпед. Доводы были просты: коль скоро за „Гебеном“ все равно не угнаться, то нечего и волноваться о той потери скорости, которую вызовет сооружение этого, как его назвали, противоминного кессона. Такой проект в 1916 году осуществили на Синопе, к установке кессона подготовили и „Ростислав“, но на „Императрице Марии“ подобную конструкцию флагманский корабельный инженер В.И. Крамп признал слишком громоздкой. Решено было ограничиться восстановлением существовавших до Русско-японской войны убирающихся корабельных бортовых сетей и заказать в Англии параванные устройства для защиты от мин. „Императрица Мария“ сохранила свою скорость…»
Новый линкор по-прежнему в главной базе не засиживался. Боевые выходы были весьма частыми. В августе на «Марии» произошла смена командиров. Князь Трубецкой был назначен начальником минной бригады, а в командование «Императрицей Марией» вступил капитан 1-го ранга Кузнецов. В сентябре 1916 года линкор посетил побывавший в Севастополе Николай И.
Из воспоминаний лейтенанта Монастырева: «Мне запомнился и разговор офицеров на „Крабе“ (подводный минный заградитель. — Авт.) после визита царя. „Я очень рад, — заметил лейтенант К. — что император не захотел спуститься вниз и осмотреть заградитель внутри, поскольку визит царя не принес удачи ни одному кораблю, которые он посещал“.
К. был совершенно прав. С кораблями, на которых побывал царь, постоянно что-то случалось. Поэтому все в душе радовались, что на переборках „Краба“ не красовалась подпись царя „Николай“, которую он обычно оставлял на посещаемых кораблях…»
6 октября «Мария» в последний раз вернулась с моря…
Трагедия в Севастопольской бухте
К вечеру 6 октября 1916 года линкор «Императрица Мария» завершил экстренную подготовку к выходу в море: имея полный штат команды, 1200 человек, принял топливо, пресную воду, боекомплект. К 24 часам, загруженный углем бункеров с плотно набитыми пороховыми погребами, корабль перешел на рейд Северной бухты близ Инкерманского выходного створа. Линкор был готов принять на борт адмирала Колчака с походным штабом и выйти в море.
20 октября примерно через четверть часа после утреннего подъема матросы, находившиеся в районе первой башни главного калибра линкора «Императрица Мария», услышали характерное шипение горящего пороха, а затем увидели дым и пламя, выбивавшиеся из амбразур башни, горловин и вентиляторов, расположенных вблизи нее. На корабле сыграли пожарную тревогу, матросы разнесли пожарные рукава и начали заливать водой подбашенное отделение. В 6 часов 20 минут корабль потряс сильный взрыв в районе погреба 305-мм зарядов первой башни. Столб пламени и дыма взметнулся на высоту 300 метров. Когда дым рассеялся, стала видна страшная картина разрушений. Взрывом вырвало участок палубы позади первой башни, снесло боевую рубку, мостик, носовую трубу и фок-мачту. В корпусе корабля позади башни образовался провал, из которого торчали куски искореженного металла, выбивались пламя и дым. Множество матросов и унтер-офицеров, находившихся в носовой части корабля, были убиты, тяжело ранены, обожжены и сброшены силой взрыва за борт. Перебило паровую магистраль вспомогательных механизмов, перестали работать пожарные насосы, отключилось электроосвещение. Затем последовал еще ряд мелких взрывов. На корабле были отданы распоряжения о затоплении погребов второй, третьей и четвертой башен, приняты пожарные шланги с портовых плавсредств, подошедших к линкору. Тушение пожара продолжалось. Корабль буксиром развернули лагом к ветру.
На горящий линкор прибыл командующий флотом вице-адмирал Колчак. Первое распоряжение, которое отдал Колчак, — отвести подальше от «Марии» «Екатерину Великую». А через четверть часа катер с командующим подошел к борту терпящего бедствие корабля. К адмиралу подбежали командир корабля капитан 1-го ранга И.С. Кузнецов и старший офицер А.В. Городысский. Первый был в нижнем белье, а второй в фуражке и шинели, но босиком. Им, однако, удалось остановить начавшуюся было на корабле панику и приступить к организованной борьбе с пожаром. Хотя при первом же взрыве отключилось электричество и пожарные насосы не работали. Колчак, посоветовавшись с командиром и старшим офицером, не стал отводить «Марию» на мелкое место, чтобы та не перевернулась. Решили сосредоточить усилия на борьбе с пожаром.