Предводители союзнической лиги в течение зимы много совещались относительно плана войны, но по-прежнему не могли придти к соглашению. Пий V, вместе с дон-Хуаном, хотели завоевать Константинополь и сделать дон-Хуана королем Мореи; венецианцы хотели завоевать Морею для себя; испанцы хотели действовать против Алжира. Намерение дон-Хуана завоевать для себя королевство сделало Филиппа II еще более подозрительным, вследствие чего он приказал ему оставаться в Сицилии, между тем как Колонна, в качестве командующего венецианским и папским флотами, состоявшими из 139 галер и 6 галеасов, в начале августа отправился в греческие воды отыскивать турок. Два раза он встретился с ними у берегов Мореи, но оба раза Улуг уклонился от боя, а так как он не был связан тихоходными галеасами, то мог решать по своему усмотрению вопрос, принимать или не принимать бой.
Колонна возвратился на Корфу и стал ожидать дон-Хуана, который, наконец, получил позволение покинуть Сицилию и в начале сентября пришел с 53 галерами в Корфу. 9 сентября весь громадный флот вышел в море против Улуга, одна половина флота которого стояла в Наваринской бухте, а другая – в Модоне (Метоне). Улуг, однако, не дал захватить себя врасплох и стянул все свои корабли в модонскую бухту, которая была прикрыта сильной береговой батареей. Союзники не решились атаковать его, и стали в Наварине ожидать его выхода, а так как хитрый Улуг не желал доставить им этого удовольствия, то могущественному флоту союзников снова пришлось, ничего не добившись, расходиться по домам на зимние стоянки. Таким образом Улуг достиг своей цели и освободил турецкие воды от неприятеля. В данном случае Улуг не прибег к прямому наступлению на врага, но расчетливо и обдуманно повел кампанию, правильно оценив и противника и обстановку, благодаря чему и, добился соответствующего успеха.
Венеция была недовольна способом ведения войны Испанией, и не без основания, так как союзники ни на шаг не подвигались вперед; турки были так же сильны на море, как и до Лепанто, а война, между тем, стоила громадных денег. К тому же Пий V, который был душой этой войны, умер, и тогда венецианская сеньория в марте 1503 года сочла за лучшее заключить с султаном сепаратный мир, причем, мир этот был заключен втайне от союзников. Кипр, составлявший предмет спора и другие отнятые у венецианцев владения, остались за турками, а кроме того венецианцы заплатили им 300000 дукатов контрибуции.
Таким унизительным путем могущественная морская республика теряла одно за другим свои заморские владения: она заботилась только выгодах текущего момента и не хотела затрачивать больших сумм на охрану своих отдаленных владений; она с недоверием относилась ко всем, а вместе с тем не доверяла и собственным силам и не обладала ни искусством ни энергией, необходимым для успешного ведения войны. Между тем венецианский флот, состоявший после Лепанто более чем из ста кораблей, при энергичном и умелом руководстве, мог бы сделать очень многое и у Кипра, и в Архипелаге, и в других местах. Но венецианцы, как и карфагеняне, были способны и предприимчивы только в торговых делах. Качества эти могут создать богатый торговый город, но для создания и поддержания государства качеств этих недостаточно.
Испания продолжала вести войну с Турцией, но уже не на востоке. Дон-Хуан хотел завоевать Тунис и создать там собственное королевство. Филипп II изъявил свое согласие на это предприятие, и в начале октября дон-Хуан с большим флотом и армией переправился из Лилибеума в Африку, занял без сопротивления Тунис, укрепил его, а затем занял и Бизерту. Оставив там там сильный гарнизон, он возвратился в Неаполь. Однако план его сделаться тунисским королем, хотя и был горячо поддержан папой, был решительно отвергнут Филиппом II, который вместо Туниса отправил Хуана в Ломбардию. Тем временем Улуг-Али с большим флотом (230 кораблей) и армией (40 тысяч) снова отвоевал Тунис.
В 1576 г. Филипп неожиданно назначил дон-Хуана наместником Нидерландов, которые коварством и жестокостью герцога Альбы были доведены до открытого возмущения – это было в высшей степени тяжелое поручение. Дон-Хуану предстояло отправиться туда даже не повидавшись предварительно с королем, несмотря на то, что сговориться с Филиппом, от которого зависело каждое решение, было крайне необходимо: Филипп не желал видеть в Испании победителя при Лепанто, которого все встречали с восторгом и который покорял все сердца. На этот раз дон-Хуан, уже достигший 31 года, прошедший через много горьких разочарований и уже привыкший к самостоятельности, не послушался приказания, а поехал в Мадрид, где был очень холодно встречен своим сводным братом. Затем, так как морской путь был не безопасен от англичан и гёзов, он отправился в Люксембург сухим путем и, переодетый, тайно, один проехал через враждебную Францию.
Своим миролюбием и приветливостью дон-Хуану удалось в 1578 г. привлечь на свою сторону нидерландцев, несмотря на упорную вражду Вильгельма Оранского; однако, коварная политика и постоянное вмешательство короля, его недоверчивость и тайный надзор, который Хуан постоянно над собой чувствовал, а вместе с тем и непримиримые религиозные разногласия, делали невозможным достижение прочного успеха и совершенно измучили Хуана. После того, как он одержал 31 января 1578 года полную победу над нидерландскими войсками, Филипп II стал подозревать его в государственной измене и приказал убить его доверенного советника Эскореда, которого Хуан послал в Мадрид. По-видимому, это нанесло здоровью дон-Хуана, и без того уже доведенного почти до отчаяния постоянными интригами, сильный удар; 1 октября того же года он умер в своем военном лагере на Маасе (возможно, был отравлен).
Дон-Хуан имел открытый, прямой, жизнерадостный характер, был несколько романтичен и нередко увлекался фантастическими планами; почти постоянно в нем проявлялось его немецкое происхождение, которое не могло мириться с суровостью, замкнутостью и коварством тогдашней официальной Испании. Будучи сыном могущественного императора, он считал себя в праве добиваться короны, и охотно сделался бы королем Мореи или Туниса, чтобы сражаться с неверными.
Он строил, между прочим, план переправиться с испытанными испанскими войсками из Нидерландов в Англию, освободить из заключения Марию Стюарт, жениться на ней и вместе с ней царствовать над Шотландией, а может быть и над Англией, и вернуть ее еретическое население в лоно единой спасающей церкви, чьим верным сыном, в духе того времени, он был; но нарушить верность своему королю он никогда не думал, и сделался жертвой подозрительности и коварства испанского короля.
Окончание эпохи военных гребных судов
С окончанием войны, в которой разыгралось лепантское сражение, период гребного судоходства на Средиземном море далеко еще не закончился. Однако, еще до конца столетия уже стало очевидно, что будущее принадлежит парусным судам с многочисленной артиллерией на борту.
24 апреля 1590 года произошел бой между вооруженными купеческими судами и галерами: 10 купеческих судов, принадлежавших англо-турецкой компании и возвращавшихся с востока, были атакованы у Гибралтарского пролива 12 большими испанскими галерами под командой Дориа (племянником известного Дориа). Купеческие суда не только отразили атаку подавляющим артиллерийским огнем, но в 6-часовом бою привели неприятеля в такое расстройство, что он должен был спасаться на веслах в ближайшую гавань.
