Интересы римлян и Антиоха III тем временем должны были неминуемо столкнуться, и многие греческие государства, в том числе и Родос, ждали этого момента. Антиох уже захватил Эфес, превратив его в мощную военно-морскую базу, и закрепился на Геллеспонте, восстановив Лисимахию на европейском берегу пролива. Римляне намекали Антиоху, что они готовы не обращать внимания на его действия в Азии, если он сам воздержится от вмешательства в дела европейской Греции, что, конечно, совсем не устраивало Пергам и Родос, но Антиох в конце концов не смог удержаться от соблазна.
Вывод римских войск из Греции немедленно породил целый ряд конфликтов. Спартанский тиран Набид, сторонник македонян, перед тем разгромленный союзниками, нарушил условия мирного договора, восстановил свой флот (у него было три катафракта и несколько лембов), начал войну с Ахейской лигой, захватил несколько прибрежных крепостей и осадил Гитеум на побережье Лаконии, который удерживал ахейский гарнизон. Ахейцы намеревались сперва снова призвать на помошь римлян, но Филопомен убедил их попробовать справиться с Набидом собственными силами, для чего оснастил одну из трофейных квадрирем, бывший флагман македонского флота. Этот ветхий корабль (ему было не менее 80 лет) развалился на куски при первом же столкновении с флотом Набида. Последний, однако, не сумел воспользоваться плодами этой победы (если не считать захвата Гитеума), а его армия вскоре была полностью разгромлена ахейцами. Набид попытался привлечь на свою сторону Этолийскую лигу и успел втянуть этолийцев в войну прежде, чем сам был убит заговорщиками. Этолийцы, как одни из самых активных участников борьбы с Македонией, рассчитывали при разделе македонского наследства на ощутимые территориальные приобретения – они надеялись включить в свою лигу всю Фессалию, но не получили почти ничего. Разочаровавшись в союзе с римлянами и ввязавшись в войну с бывшими союзниками, они решили пригласить в Грецию Антиоха, дабы он «освободил страну от римского деспотизма». Антиох не удержался и принял приглашение, возможно, желая просто подразнить римлян. В 192 г. он высадил в Деметриаде свой авангард, 10 000 солдат, занял Халкиду и вторгся в Фессалию. Его флот, которым командовал Поликсенид, родосский изгнанник, насчитывал 200 транспортов и корабли сопровождения – 40 катафрактов и 60 легких военных судов. Греки приняли Антиоха довольно холодно – они еще не разочаровались в дарованной Римом «свободе». Этолийцы также раскаивались в своем необдуманном поступке – между ними и Антиохом начались трения, каждый пытался использовать другого в своих собственных интересах. Филипп Македонский, вместо того, чтобы поддержать Антиоха, принял сторону римлян и соблюдал условия договора 196 г. Римляне же восприняли вторжение Антиоха в Грецию как непосредственную угрозу, как попытку селевкидского царя создать плацдарм для последующего вторжения в Италию. Известие о том, что Ганнибал нашел приют при дворе Антиоха, еще более усилили их опасения.
Родосцы, несмотря на свой смелый ультиматум, не предприняли каких либо активных действий против селевкидского флота. Они сосредоточили весь флот у Родоса и заняли выжидательную позицию. Атаковать транспорты Антиоха не имело смысла – если его сил и было недостаточно для завоевания Греции, то Родосу они могли доставить много неприятностей.
Рим начал спешно готовиться к войне. В Грецию в 191 г. была отправлена 20-тысячная армия во главе с консулом, Марком Ацилием Глабрионом. Он действовал вполне успешно, заставив Антиоха отступить из Фессалии и выбив его из Фермопильского прохода (воспользовавшись тем самым обходным путем, по которому персидский отряд зашел в тыл к спартанцам в 480 г. до н. э.). При отступлении Антиох потерял значительную часть своей армии и был вынужден вернуться в Азию, куда за ним намеревались со временем последовать и римляне.
Далеко не столь удачны были действия римского флота, которым командовал Гай Ливий Салинатор, сменивший на этом посту Атилия. Флот в это время был укомплектован, в основном, старыми судами, ветеранами второй Пунической войны (им было от 25 до 15 лет), новые корабли давно не строились. Сенат немедленно принял решение о строительстве ста новых судов, но эта программа так и не была выполнена. Римляне не смогли отбить Халкиду, неудачно пытались блокировать в Деметриаде часть сирийского флота, понесли потери при Эвбее (при этом попал в плен сын Сципиона Африканского). Ливий делал все возможное, чтобы привлечь к морским операциям флоты союзников – ему удалось сосредоточить у берегов Аттики 81 катафракт и 24 легких судна (сюда входили отряды из Региума и Локр и 6 карфагенских катафрактов). Пергамский царь Эвмен II прибыл в Пирей с тремя кораблями – известия о военных приготовлениях Антиоха в Азии, что создавало угрозу Пергаму, не позволяли ему выделить больше.
Антиох все еще надеялся предотвратить перенесение военных действий в Азию, блокировав дорогу через Фракию. Лисимахия была превращена в северную морскую базу сирийского флота, отборный отряд быстроходных судов патрулировал Эгейский архипелаг. Поликсенид же тем временем переоснащал флот в Эфесе. Эфесская база, находившаяся как раз между Родосом и Пергамом, должна была препятствовать соединению союзных флотов. Родос, в свою очередь, располагался между Эфесом и левантийскими верфями Антиоха, поэтому обе стороны должны были опасаться соединения флотов противника и уничтожения собственных флотов по частям, до того, как они успеют объединиться.
Основной задачей, поставленной перед римским флотом, была охрана и снабжение той армии, которая должна была двинуться в Азию по суше, вдоль фракийского побережья. Эвмен, обеспокоенный прежде всего судьбой собственного царства, предложил Ливию решить эту задачу, перебросив флот через Делос к пергамской военной базе на Элее, откуда удобно было охранять и Геллеспонт и Пергам. Ливий, вопреки всем ожиданиям, согласился на этот смелый ход. Его неожиданный рывок через Эгейское море вынудил Поликсенида покинуть район пролива и убедил родосцев в том, что римляне действительно готовы сражаться в восточных водах. Родосский флот (27 кораблей) под командованием Павсистрата немедленно отправился к Самосу, рассчитывая соединиться там с римским флотом. С этого союзного острова, имевшего две укрепленные гавани, родосцы могли также следить за судами, выходящими из гавани Эфеса.
Ливий, похоже, больше заботился не о том, чтобы объединиться с флотом союзников, а о том, чобы скорее добраться до Элеи. Однако противный ветер отнес его флот в сторону, и он, вместо того чтобы соединиться с родосцами, пристал к Хиосу, где заодно решил пополнить запасы.
Поликсенид, очевидно, каким то образом получил известие о выходе в море родосского флота. Намерения союзников – объединить силы для совместных действий – были для него совершенно очевидны, и он решил навязать сражение одному из флотов прежде, чем им удасться это сделать. Поликсенид вышел из Эфеса и направился к Фокее, затем оттуда неожиданно повернул к Эритрее, намереваясь встретить противника у Кисской гавани. Каким-то образом, возможно ночью, римский флот разошелся с ним по пути от Хиоса. Эвмен тем временем вернулся из Элеи со всем своим флотом (24 катафракта и многочисленные легкие суда). Объединенный флот подошел к Фокее, но Поликсенида к тому времени там уже не было.
Причиной, заставившей его покинуть Фокею, вероятнее всего были полученные им известия о местонахождении родосского флота. Поликсенид готов был допустить соединение римлян и пергамцев, чтобы успеть дать бой своим бывшим соотечественникам, встретив их на пути от Самоса. Кисская бухта как нельзя лучше подходила для этого. Но, к его изумлению, вслед за ним к Киссу подошел римско-пергамский флот, боевым качествам которого Поликсенид давал не самую высокую оценку.
