Между тем неожиданно начался второй этап франко-португальских переговоров, спровоцированный захватом французами под командованием Фабиена де Монлюка португальского острова Мадейры в Атлантике в 1566 г. Моряки, зная, что Франция не признавала договор о разделе Нового Света между Испанией и Португалией, грабили остров в течение нескольких месяцев. В Париж в этой связи срочно был отправлен многоопытный дипломат Жуан Перейра Дантас, уже бывший послом во Франции в 1559–1560 гг., которому Екатерина Медичи цинично заявила, что Франция готова рассмотреть вопрос о некотором возмещении ущерба, если Маргарита де Валуа станет португальской королевой. 16 и 17 февраля 1567 г. датированы ответы на это условие короля Себастьяна, Екатерины Австрийской и кардинала Энрике, адресованные Екатерине Медичи и Карлу IX. Французский двор попытался, правда, не очень благовидным способом, заставить португальскую королевскую семью действительно приступить к переговорам о женитьбе. Во всех трёх письмах сообщалось, что посол Перейра Дантас известит о решении в отношении брака, который «будет служить укреплению дружбы между двумя странами». Несмотря на заверения португальцев в симпатиях к Франции, навязывание брака их королю в очередной раз и уже едва ли не силой вызвало негативную общественную реакцию. Немедленное вмешательство в дело Филиппа II, совпавшее с началом второй гугенотской войны во Франции, обеспечило спешный отзыв посла из Парижа, что завершило очередную фазу брачных переговоров.
В октябре 1568 г. умерла старшая сестра Маргариты королева Испании Елизавета де Валуа, и Екатерина Медичи спешно отправляет в Мадрид кардинала де Гиза с предложением Филиппу II руки своей младшей дочери. Трудно сказать, на что в действительности рассчитывала королева-мать, ведь в последние годы испанский король вёл себя в отношении Франции и её королевского дома всё более бесцеремонно. Но, видимо, браком с Маргаритой она пыталась обеспечить, хотя бы на время, продолжение политики военного невмешательства Испании в дела Франции, так как ослабление последней в результате внутренних потрясений было очевидно. Филипп II ответил, что намерен жениться на своей австрийской родственнице, однако не будет против брака Маргариты и Себастьяна. Давая такой ответ, испанский король в очередной раз вселял во французов надежды, которые невозможно было осуществить, о чём он наверняка хорошо знал. Король Себастьян, достигший к тому моменту совершеннолетия, продолжал находиться под огромным влиянием своих испанских родственников — бабки и матери, а также иезуитского окружения, которые уже были наслышаны о Маргарите и не желали терять своего влияния на короля. Португальский монарх сообщил Филиппу II, что пока он не намерен жениться.
Планам Екатерины Медичи не суждено было осуществиться ещё и в связи с поведением самой Маргариты: весной 1570 г. французский двор заговорил о её близости с герцогом Генрихом де Гизом, блестящим кавалером, будущим главой Католической Лиги и претендентом на трон. Хотя Маргарита в своих мемуарах отрицает всякую связь с герцогом и Гизами вообще, её тщательно продуманное объяснение, похожее на оправдание, можно подвергнуть сомнению: «Я никогда не говорила о замужестве, и меня никогда не посвящали в этот замысел, иначе я сразу бы известила о нём королеву-мать». Мемуаристы того времени запечатлели эти события в ином свете. Семья Гизов, видимо, делала неофициальную попытку посватать принцессу из королевского дома, так как при благоприятном исходе родство с Валуа изменило бы социальный статус этой фамилии, усилило бы её амбиции и стало бы важным аргументом в борьбе за трон. К тому моменту Гизы стали самой могущественной и влиятельной фамилией Франции, связанной родством с шотландским королевским домом (Мария де Гиз, тётка Генриха де Гиза, была замужем за Иаковом V Шотландским и являлась матерью Марии Стюарт) и иными владетельными иностранными домами, и поэтому полагали, что наступило время осуществить долгожданные планы и породниться с правящей французской династией, тем более что Генрих де Гиз и Маргарита де Валуа любили друг друга. Кардинал Лотарингский Шарль де Гиз, главный инициатор их союза, уже по-свойски называл Маргариту в своей переписке «наша малышка».
Растущие претензии этой семьи, которая была уже достаточно облагодетельствована двором, вызвали беспокойство у Екатерины Медичи и Карла IX. Дом Валуа, стараясь не обидеть столь сплочённый и влиятельный клан, всё же ясно дал ему понять, что брак принцессы из королевского дома Франции не может быть заключён с одним из подданных короля, не имеющим суверенных прав. Впервые со времен Франциска I Гизам чётко указали их место в иерархии. Такое решение королевской семьи было во многом продиктовано чувством фамильного самосохранения. Маргарите, в свою очередь, было запрещено думать о браке с герцогом де Гизом, которого вскоре заставили жениться на Екатерине Клевской. Вместе с тем, судя по мемуарам Маргариты и последующим событиям, она была готова принести себя в жертву политической необходимости ради благополучия своего дома и набраться терпения в ожидании династического альянса.
В том же 1570 г. Екатерина Медичи делает последнюю попытку завязать отношения с Португалией. Она использует посредничество Папы Пия V, который летом этого года отправляет своего посланца Луиса де Торреса для ведения переговоров в Португалию. Папа в то время собирал Священную Лигу для борьбы с экспансией турок, поэтому для него было важно присоединение к Лиге и Франции, которая дружила с Константинополем в противовес Испании и не желала расставаться с таким выгодным союзником. Цели Екатерины в отношении «португальского брака» отличались от целей Папы и к тому же изменились. В случае успеха королева-мать хотела вовлечь Португалию в русло французской политики и, питая несбыточные надежды, пыталась организовать равный баланс сил в Европе для противостояния Австрийскому дому. Главной темой её переписки летом и осенью были переговоры с Себастьяном. В Рим для давления на Папу был отправлен кардинал де Рамбуйе, а в Мадриде посол Франции барон де Фуркево делал всё возможное, чтобы выяснить настроения и замыслы испанцев. Его содержательные депеши ко двору позволяют понять, что португальцы хотели главным образом заручиться согласием Филиппа II на брак, который, в свою очередь, предпочитал замалчивать этот вопрос. Такая позиция, конечно же, означала «нет». Испанскому королю важно было сохранить статус-кво и не допустить, чтобы Португалия сблизилась с Францией. В ноябре 1570 г. Фуркево информировал, что переговоры Луиса де Торреса зашли в тупик. Терпение Карла IX и его матери истощилось. Они уже не стеснялись обвинять во всём Филиппа II, происки которого представляли собой неприкрытое оскорбление Франции. В январе 1571 г. французский двор резко обрывает тему португальского альянса. В секретной инструкции барону Фуркево Карл IX приказывает хранить молчание о будущем Маргариты де Валуа и прекратить все разговоры об отношениях Франции и Португалии. Именно в это время вновь всплывает идея брака с Генрихом Наваррским, тем более что 8 августа 1570 г. был подписан Сен-Жерменский мирный договор между католиками и гугенотами, который можно было бы закрепить брачным союзом. Одновременно это был бы великолепный акт мести Филиппу II за причинённые унижения и разжигание гражданской войны. Весь свой дипломатический талант Екатерина Медичи бросила на подготовку «наваррского брака», который обещал стать беспрецедентным событием — союзом католической принцессы и протестантского принца. В июле 1571 г. Карл IX представил официальные предложения о браке своей сестры и принца Наваррского Жанне д'Альбре.
