Такой поворот событий встревожил Пия V и Филиппа II. Первый опасался излишней самостоятельности Франции в религиозной политике и победы веротерпимых сил. Межконфессиональный брак означал крушение вековых религиозных канонов, открывая дорогу другим подобным союзам, и позволял не особо прислушиваться к мнению Святого престола. Филипп II со своей стороны всеми силами стремился не допустить согласия в стране своего потенциального соперника. Однако, казалось, во Франции вновь возрождается политическое единство, ради которого французы были готовы поступиться религиозной враждой и примириться символическим актом — бракосочетанием принца Наваррского и принцессы Валуа, сплотившись из-за внешней опасности — агрессивных претензий Австрийского дома на мировое господство. Единая и сплочённая Франция могла и должна была бросить вызов Габсбургам, взяв реванш за унижения последних лет и неудачу в Итальянских войнах. Папа и испанский король попытались спасти положение, добившись от Себастьяна нового посольства во Францию — Гомеса да Сильвы.
Посла в Париже встретили весьма холодно, и он сумел попасть на аудиенцию только к королеве-матери (8 октября 1571 г.). Гомес да Сильва попытался разыграть спектакль удивления в связи с решением о предполагаемом браке и напомнить об обязательствах Франции перед Португалией, на что ему было жёстко отвечено, что брак сорвался только по вине Себастьяна и его родственников. В это же время пришло сообщение о победе испанского флота над непобедимыми до того турками в битве при Лепанто, что означало ещё большее усиление Филиппа II. Последние колебания и сомнения французов развеялись. До сведения португальского, а заодно и испанского монархов было доведено, что Франция никогда прежде не была связана семейными узами с португальским домом и никогда их не искала, а также что португальцы оскорбительно затягивали переговоры о браке в течение 12 лет. Такой срок ожидания был немыслим даже для королевских семей в XVI веке.
Трудности, с которыми столкнулась Екатерина Медичи при обустройстве нового союза, можно разделить на внешние и внутренние. Внешние состояли из изнурительных прошений Папе Пию V, а затем сменившему его Григорию XIII разрешить бракосочетание. Она им обещала, что Франция не будет воевать с Филиппом II, убеждала в преданности французской короны устоям католической религии, объясняя в то же время, что намечаемый альянс вполне равноценен, поскольку в будущем Маргарите достанется корона Наварры, а также оправдан, так как он принесёт «мир и спокойствие» во Францию. Одновременно королева-мать сумела организовать мощную группировку давления на Святой престол. Помимо энергичного посла Франции в Риме Фераля, при папском дворе действовали в пользу брака три влиятельных кардинала — Гиз-Лотарингский (этот, правда, скорее делал вид, что хлопочет, на деле всячески пытался противодействовать), Феррарский и д'Эсте. Перед Папой хлопотали итальянские родственники Екатерины, в частности, герцог Тосканский. Несмотря на то что Григорий XIII был более склонен к компромиссу с Парижем, чем его предшественник, собственные интересы Папы и негативная позиция Филиппа II давали основание для колебаний и проволочек. Молчание Рима, которое Карл IX воспринимал как косвенное проявление интриг Испании, заставило короля в июле 1572 г. довести до сведения Григория XIII, что намечаемая свадьба состоится в любом случае.
Церемонию бракосочетания должен был осуществить кардинал де Бурбон, родной дядя Генриха Наваррского и единственный католик в этой семье. Однако он также откладывал свою миссию, ожидая разрешения из Рима. В августе, когда все приготовления к свадьбе были закончены, Париж был переполнен приехавшими гостями, а общая ситуация во Франции вновь становилась нестабильной, стало ясно, что откладывать дальше церемонию невозможно. Екатерина Медичи решилась на крайние меры — по её приказу было сфабриковано подложное разрешение Григория XIII, позволявшее католичке выйти замуж за гугенота. Настоящее пришло много позже. Брачная жизнь Маргариты де Валуа началась с обмана — этот факт вспомнят неоднократно, когда впоследствии пойдёт речь о её разводе с королём.
Что касается внутренних проблем с заключением брака, то в действительности таковая была одна: Екатерине Медичи нужно было убедить в необходимости свадьбы лидеров гугенотов, прежде всего Жанну д'Альбре. Письма королевы Наваррской за 1571–1572 гг. представляют собой самое яркое свидетельство хода переговоров между Валуа и Бурбон-д'Альбре. У Жанны д'Альбре, с одной стороны, не было причин доверять французской королевской семье, особенно королеве-матери, своей давней противнице, с другой стороны, союз её сына с принцессой царствующей фамилии сулил не только закрепление религиозного мира, но также усиление суверенных прав и привилегий Бурбонов и Наваррского дома. В письме к Комону от 1571 г. она пишет: «Я… отправляюсь ко двору, где Господь поможет руководить моими действиями, да послужит это к Его славе. Дело, которое меня туда влечёт, имеет столь большое значение, что о нём стоит позаботиться». Речь идёт о завершающей стадии переговоров, которые проходили с февраля 1572 г. в тогдашней резиденции двора в Блуа.
Подозрительной и полной предубеждений суровой протестантке Жанне д'Альбре французский двор казался олицетворением порока и всеобщего лицемерия. Она жалуется в письмах к сыну, что её силой принуждают подписывать брачный контракт, а Екатерина Медичи, с которой она «не может общаться», всячески над ней издевается, наконец, её устраняют от встреч с королём и Маргаритой: «Что касается Мадам [Маргариты], то я вижу её только у королевы — месте не слишком достойном, откуда она не выходит. Она отправляется в свои апартаменты только в те часы, которые неудобны для беседы». Вместе с тем королева Наваррская не скрывает своей радости от первых впечатлений о будущей невестке: «Я Вам скажу, что Мадам [Маргарита] оказала мне столько почестей и доброжелательства, сколько было возможно, и говорила мне чистосердечно, как она Вами довольна»; «Я сказала ей о Вашем письме, и она была очень деликатна, отвечая, как обычно, в выражениях великодушной покорности к Вам и ко мне, как будто она уже Ваша жена». Судя по всему, на Жанну большое впечатление произвели безупречные манеры и такт принцессы, её ум и рассудительность. Вместе с тем королева Наваррская почувствовала в ней реальную соперницу за влияние на Генриха Наваррского, которого предупреждала позднее, что твёрдая преданность Маргариты католической религии и своему дому может подорвать всё гугенотское движение, добавляя: «Принцесса красива, но прошла школу разложения». Наконец, в письме к воспитателю Генриха Бовуару уже слышатся интонации раздражённой свекрови: «Говоря о красоте Мадам, я признаю, что она прекрасно сложена, однако сильно затягивается; что касается её лица, то оно излишне накрашено, что меня выводит из себя, поскольку это портит её облик. Но при здешнем дворе красятся почти все, как в Испании».
Долгожданный брачный договор Жанна д'Альбре подписала 11 апреля 1572 г. после долгих колебаний и сомнений. Адмирал Колиньи сыграл в этом деле большую роль, так как Екатерина Медичи, по словам венецианского посла, обещала в случае успеха не препятствовать его сближению с Карлом IX. Неожиданная кончина в Париже королевы Наваррской (от туберкулёза) 9 июня была воспринята двором с облегчением. Отныне внутренних препятствий для совершения бракосочетания почти не было, если не считать непримиримую позицию ультракатоликов герцогов Гизов, находившихся в то время в немилости.
