Но Василий Иванович не успокоился, он надеялся вернуть себе утраченную власть, собирал своих приверженцев, подкупал стрельцов. Да и обстоятельства благоприятствовали Шуйскому: тушинцы обманули москвичей. Москвичи свергли Шуйского, тушинцы же только посмеялись над москвичами: «Вы не помните государева крестного целования, потому что царя своего с царства ссадили, а мы за своего помереть рады». Тогда Гермоген стал требовать возвести Шуйского опять на престол. Настроение горожан постепенно менялось в пользу Шуйского. Это заставило заговорщиков пойти на крайние меры. 19 июля Ляпунов с князьями Засекиным, Тюфякиным, Мерином-Волконским, Михаилом Аксеновым и другими, позвав с собой монахов Чудова монастыря, пошли к Василию Шуйскому и велели ему принять монашеский сан. Но бывшему царю одна мысль отказаться навсегда от престола была невыносима, особенно теперь, когда обстоятельства складывались в его пользу. Шуйский отчаянно сопротивлялся, поэтому Ляпунов и еще несколько человек держали его во время пострига, а князь Тюфякин произносил за Шуйского монашеские обеты, бывший царь же всё твердил, что не хочет пострижения. Это насильственное пострижение патриарх не признал, а называл монахом князя Тюфякина. Тут же насильно была пострижена и жена Шуйского Мария под именем Елена. Бывшего царя, а ныне «инока Варлаама» в крытой повозке отвезли в Чудов монастырь. Братья Шуйские были заключены под стражу.
Вскоре после ввода польских войск в Москву гетман Жолкевский потребовал от семибоярщины удалить Василия Шуйского с братьями из Москвы. Патриарх Гермоген по-прежнему не признавал его монахом, а многие москвичи всё еще считали Василия законным православным царем.
Бояре отправили бывшего царя в Иосифо-волоколамский монастырь, а его братьев — в крепость Белую, откуда удобнее было переправить их в Польшу. Гермоген, кажется, догадывался о намерениях Жолкевского и добивался переправки Шуйского в Соловецкий монастырь, но гетман не согласился. Царицу Марию отправили в Суздаль в Покровский монастырь.
В конце октября, покидая Москву, гетман Жолкевский взял с собой царя Василия, его брата Дмитрия с женой и брата Ивана Пуговку.
20 октября король Сигизмунд писал московским боярам: «По договору вашему с гетманом Жолкевским велели мы князей Василия, Дмитрия и Ивана Ивановичей Шуйских отослать в Литву, чтоб тут в господарстве Московском смут они не делали, поэтому приказываем вам, чтоб вы отчины и поместья их отобрали на нас, господаря». Как видим, для удаления Шуйского у поляков были причины не только политические, но и вполне меркантильные.
30 октября 1610 года гетман Жолкевский торжественно въехал в королевский стан под Смоленском. Жолкевский представил Сигизмунду сверженного царя Василия и его братьев Дмитрия и Ивана. По свидетельству поляков, когда от Василия потребовали, чтобы он поклонился королю, тот ответил: «Нельзя московскому и всея Руси государю кланяться королю: праведными судьбами божиими приведен я в плен не вашими руками, но выдан московскими изменниками, своими рабами».
29 октября 1611 года король устроил себе в Варшаве триумф по образцу римских императоров. Через весь город в королевский замок проследовала пышная процессия, во главе которой ехал гетман Жолкевский. За ним следовало рыцарство. В открытой карете, запряженной шестеркой лошадей, сидел бывший московский царь Василий Шуйский, одетый в белую парчовую ферязь и меховую шапку. Этот седой старик смотрел сурово исподлобья. Напротив Василия сидели два его брата, а посередине — пристав. Братьев Шуйских вывели из кареты и подвели к королю. Они низко поклонились, держа шапки в руках. Жолкевский произнес длинную речь об изменчивости счастья, о мужестве короля, восхвалял его подвиги — взятие Смоленска и Москвы, поговорил о могуществе московских царей, последний из которых теперь стоял перед королем и бил челом. Тут Василий Шуйский, низко склонив голову, дотронулся правой рукой до земли и потом поцеловал эту руку, Дмитрий Шуйский поклонился до самой земли, а младший брат Иван трижды поклонился и заплакал. Жолкевский продолжал свою речь. Он говорил, что вручает братьев Шуйских королю не как пленников, но для примера счастья человеческого, и просил отнестись к ним благосклонно. И братья Шуйские в ответ опять низко кланялись. Когда гетман закончил речь, Шуйских допустили к королевской руке. По словам современников, это было великое зрелище, вызывающее удивление и жалость. Тут в толпе панов послышались голоса, требовавшие отомстить Шуйскому как виновнику смерти многих поляков. Юрий Мнишек требовал мести за свою дочь. Понятно, что Сигизмунду невыгодно было омрачать свой триумф, и он не допустил расправы, а приказал достойно содержать пленников и отпустить им на содержание на всех по двести золотых ежемесячно. Очевидец итальянский художник Долабелла красочно изобразил на картине унижение Шуйских и торжество Сигизмунда. Эта картина долго оставалась в Варшаве, а затем была подарена Петру Великому польским королем Августом II. Любопытно, где она сейчас?
Братьев Шуйских заключили в Гостынском замке в двух верстах от Варшавы. Василия Шуйского поляки держали в тесной камере над воротами замка. К нему не допускали ни братьев, ни русских слуг. Дмитрий Шуйский жил в каменном нижнем помещении. Кормили братьев Шуйских плохо — то ли король врал про двести золотых, то ли приставы все разворовывали.
12 сентября 1612 года Василий умер, пять дней спустя умер его брат Дмитрий. Поляки объявили, что князья Шуйские умерли естественной смертью. Однако факты говорят об умышленном убийстве братьев. Василию Шуйскому не исполнилось еще шестидесяти лет, а Дмитрий был на несколько лет его моложе. Тела покойных похоронили тайно, и никто не знал, где находятся их могилы.
Младшего брата Ивана поляки пощадили, он говорил позже: «Мне вместо смерти наияснейший король жизнь дал». Ивана Шуйского ждала судьба таинственного узника. Он должен был забыть свое имя и происхождение. Отныне он звался Иваном Левиным. Расходы на его содержание составляли три рубля в месяц, имевшиеся при нем дорогие вещи были отобраны в королевскую казну.
Слухи об убийстве братьев Шуйских достигли России. Московские летописцы нисколько не сомневались, что братья Шуйские погибли в Литве «нужной» (насильственной) смертью.
В 1619 году князь Иван Иванович Шуйский при обмене пленных возвратился в Россию. Там он вступил в брак с княжной Марфой Владимировной Долгорукой, родной сестрой первой жены царя Михаила Федоровича. Увы, его брак был бездетным. Иван занимал довольно видное место при дворе и заведовал московским Судным приказом. Умер И. И. Шуйский в 1638 году. На нем пресекся знатный род Шуйских.
Останки царя Василия, а также его брата Дмитрия с женой в 1620 году были перевезены в Варшаву и торжественно погребены в католической часовне. На месте этой часовни игрою случая в 1893 году была построена православная церковь, на византийском куполе которой возвышался крест, отлитый из бронзовых пушек, отнятых в 1612 году у поляков, сидевших в московском Кремле.
Вопрос о прахе братьев Шуйских был поднят русскими в июне 1634 года в селе Полянове в ходе переговоров. В Москве считали обидным, чтобы тело русского царя покоилось в Польше. Царь Михаил поручил послам боярам Федору Ивановичу Шереметеву и князю Алексею Михайловичу Львову выпросить у короля тела Шуйских — царя Василия и его брата Дмитрия с женой. В наказе говорилось: «Если за тело царя Василия поляки запросят денег, то давать по 10000 и прибавить, сколько пригоже, смотря по мере, сказавши однако: „Этого нигде не слыхано, чтоб мертвых тела продавать“, а за тело Дмитрия Шуйского и жены его денег не давать: то царскому не образец».
