Король пришел в такую ярость, что обозвал присяжных, посмевших оправдать одну из жертв, «сборищем дураков». Сразу по окончании суда он засел за научный труд по демонологии, который вышел в 1594 году и еще больше усилил гонения на ведьм. В 1604 году шотландский парламент принял «Акт против колдовства», установивший процедуру судов над ведьмами. После этого гонения достигли небывалого размаха, что усугублялось общей дикостью страны и глубоко укоренившимися суевериями. В Шотландии использовались особенно жестокие пытки: раздробление ног, стягивание головы веревками, вырывание ногтей, надевание власяницы, вымоченной в уксусе. За каждую пытку жертву заставляли платить, что также было чисто шотландской особенностью. Судьи сочетали физические истязания с психическими. Так, в 1596 году «печально известную ведьму» Элисон Бальфур 48 часов держали в железных тисках в Эдинбургском замке, заставляя смотреть, как ее 81-летнего мужа раздавливали железными балками весом в полтонны, сына одевали в «испанские сапоги», а семилетней внучке ломали пальцы. Как только прекратили пытки, Элисон и ее домочадцы отреклись от своих признаний, однако их все равно отправили на костер.
В то время как в Англии за всю историю ведовских процессов было сожжено не больше тысячи обвиняемых, в Шотландии только в правление Якова на костер взошли многие сотни ведьм. Несомненно, виной тому позиция короля, который лично присутствовал на пытках и судах и настаивал на самых суровых приговорах. Прав историк XIX века Линтон: «Всем кровавым преступлениям, совершенным шотландскими судами, он дал первоначальный импульс, и каждый стон несчастных истязуемых, влекомых своей ужасной судьбой, и каждая слезинка выживших… покрывают память о нем позором и осуждением, нестираемым на все времена». Правда, с течением времени Яков под влиянием таких советников, как Фрэнсис Бэкон и выдающийся врач Уильям Гарвей, пересмотрел свою позицию в отношении ведьм. У короля хватило ума, чтобы прямо связать ужасающие самооговоры обвиняемых с применяемыми против них пытками. В последние годы жизни он, похоже, вообще перестал верить в ведьм и колдунов, что сразу же сказалось на приговорах судов: за девять лет было сожжено всего пять ведьм.
А пока король укреплял свои позиции, продолжая балансировать между лордами и вождями протестантов. Союз с Англией временно укрепил его связи с протестантизмом; в августе 1590 года на всеобщей ассамблее в Эдинбурге он заявил о «вечной приверженности» Шотландии делу протестантской веры, а в 1592 году одобрил решение парламента о замене епископов выборными пресвитерами. Так появилась пресвитерианская церковь, до сих пор господствующая в Шотландии. Правда, Яков был ближе к англиканству и желал сохранения епископов, что выразил в свойственной ему афористичной форме: «Нет епископов — нет короля». При этом он был не прочь обогатить казну церковными владениями — вернее, тем, что осталось от них после многих лет религиозных раздоров. Отношения с протестантами были урегулированы, но лорды продолжали представлять постоянную угрозу для короля. В июле 1593 года неугомонный Босуэлл неожиданно напал со своими людьми на Холируд и захватил короля, который прятался в шкафу. Какое-то время Яков послушно выполнял приказы мятежника, однако вскоре тот был изгнан коалицией лордов. В следующем году он опять подступил к Эдинбургу, но был отогнан выстрелами из пушек и бежал в Англию, где его окончательно упрятали за решетку.
Своей армии у короля не было, и в борьбе с врагами ему приходилось просить помощи у лордов, которые тут же пытались использовать это в своих целях. Так, для борьбы с Босуэллом Яков дал особые полномочия недавнему бунтовщику графу Хантли. Однако тот вместо Босуэлла разгромил и убил своего личного врага, графа Морея. Мгновенно распространились слухи, что убийство организовал сам король, поскольку Морей был якобы любовником королевы Анны. К тому же граф Хантли был вождем католической партии, и столичные протестанты тут же обвинили Якова в сговоре с католиками. Проповедникам было мало оправданий: они требовали, чтобы король пошел войной на Хантли и других католических лордов. Однако их силы были слишком велики; к тому же Яков, никому не признаваясь в этом, надеялся использовать их в борьбе с самим зарвавшимся духовенством.
Скрытный и двуличный король пытался для укрепления своих зыбких прав на английский престол наладить мирные отношения с Римом и с Испанией, против чего резко выступали протестанты. В 1592 году стало известно о так называемых «испанских бланках» — чистых листках бумаги с подписями Хантли и других католических лордов, которые якобы собирались вписать туда обращения к королю Испании с призывом вторгнуться в Шотландию и занять трон. Под шумок и самого короля обвинили в переписке с испанским королем и папой. На этот раз ему пришлось отправиться в поход против Хантли, который в 1595 году вместе со своими сторонниками бежал в Англию. Король отказался от предложенной протестантами конфискации их владений, хотя состояние казны было плачевным. В начале следующего года он созвал комитет из восьми человек (так называемых «октавианцев») для ревизии королевских доходов, но проповедники не дали ему работать, поскольку некоторые его члены были католиками. В августе собрался парламент, который попросил Якова простить изгнанных лордов; в ответ Эндрю Мелвилл пригрозил всем собравшимся проклятием. Вскоре пресвитериане собрали собственную ассамблею в Файфе, которую король объявил незаконной. Мелвилл явился к нему и в самых грозных выражениях заявил о праве проповедников поправлять «неправедные» действия короля. «Помни, что ты лишь нерадивый вассал Господа», — обратился он к озадаченному Якову.
Тем временем граф Хантли нелегально вернулся в Шотландию и попросил короля простить его, заявляя о готовности принять протестантскую веру. Однако пресвитериане продолжали свои нападки. Наконец Яков не выдержал: 16 декабря из Эдинбурга были высланы четыре самых ярых проповедника и 74 их сторонника из числа горожан. На другой день в столице вспыхнул стихийный бунт, который удалось легко подавить. 18-го король уехал в Линлитгоу, заявив на прощанье, что выведет из Эдинбурга двор и королевский суд, которые не могут действовать в условиях давления. Это охладило пыл протестантов и сплотило здравомыслящих горожан. Магистрат решил арестовать наиболее активных возмутителей спокойствия, и им пришлось бежать в Англию. В январе 1597 года Яков вернулся в столицу полным хозяином положения. До конца года он вернул владения всем изгнанным лордам в обмен на принятие ими протестантской веры.
В феврале Яков созвал духовенство на ассамблею в далеком северном Перте. Это был хитрый ход — бедные шотландские священнослужители не могли позволить себе дальние путешествия, и на ассамблею собрались в основном те из них, кто жил на севере и был послушен Хантли и прочим лордам. По их приказу члены ассамблеи быстро приняли решения, угодные королю, и осудили мятежные действия своих южных коллег. Они также запретили проповедникам осуждать в церквях короля или других официальных лиц без королевской санкции. Вдобавок они присвоили королю право вносить на будущих ассамблеях предложения, касающиеся управления церковью. В целом Пертская ассамблея установила конституционные отношения между властью и церковью и тем самым в корне подорвала доктрину «двух царств», которую развивали Мелвилл и его радикальные сторонники. Они в ответ объявили ассамблею незаконной, в чем были поддержаны частью пресвитериан.
