В феврале 1642 года принц Карл со своим гувернером Херефордом бежали на север вслед за королем и примкнули к армии роялистов. Принца формально назначили командовать полком, но ни по возрасту, ни по характеру он не подходил для этого, и в сражении при Эджхилле он и его младший брат Яков оказались в окружении и едва не попали в плен. После этого ему уже не доверяли командования, а оставили при отце. Вместе с королем он осенью 1643-го совершил неудачный поход на Оксфорд и при отступлении заболел корью, от которой едва не умер. После этого он остался в Оксфорде, где новый гувернер, граф Беркшир, пытался продолжить его прерванное обучение. К этому времени относится анекдот: как-то принц столкнулся на улице с пленным парламентским офицером и узнал, что его ведут на допрос к королю. «Лучше повесьте его скорее, пока отец его не помиловал», — посоветовал Карл. Королева Генриетта не верила в победу роялистов и не раз пыталась добиться отъезда принца из Англии, для чего собиралась женить его то на дочери принца Оранского, то на португальской инфанте. Однако Карл уклонялся от всех предложений — то ли из нежелания покидать отца в трудную минуту, то ли из отвращения к брачным узам, которое он всегда проявлял.
Роялистская армия терпела поражения, и король ради безопасности сына отослал его в Бриджуотер, номинально поручив ему командование войсками в западных графствах. 4 марта 1645 года отец и сын расстались навсегда, и Карл с тремя сотнями всадников и верным советником Эдвардом Хайдом покинул Оксфорд. По словам Хайда, принц вначале действовал разумно и пытался с помощью своего военного совета наладить оборону на западе, но позже «попал под дурное влияние» и начал грубо обращаться с членами совета и принимать решения без совета с ними. В итоге король отстранил его от командования, и принц уехал в маленький городок Барнстейпл. Там его и застало известие о разгроме королевской армии при Нэсби. В июле победоносные войска Фэрфакса двинулись на запад, и принц бежал в Корнуолл и получил там письмо отца, где ему приказывалось в случае опасности немедленно уезжать во Францию и находиться там вместе с матерью, «которая пользуется полной властью над вами во всем, кроме религии».
Однако военный совет возражал против отъезда принца, поскольку это лишало роялистов их знамени. Девонширские дворяне считали, что Карл должен вступить в переговоры о мире с парламентом; он попытался это сделать, но вождям парламентских сил нужна была только безоговорочная капитуляция. Однако военные действия пока обходили запад стороной, и даже поле взятия Бристоля в сентябре военный совет роялистов не терял надежды сохранить на этой территории власть короля. Вскоре вспыхнула ссора между роялистскими генералами Горингом и Гринвиллом, и один из них бежал во Францию, а другой сдался противнику. Несмотря на поступающие от короля требования отъезда, Карл продолжал оставаться в Англии, надеясь сплотить разрозненные отряды роялистов и с ними освободить Эксетер, осажденный армией парламента. В конце концов он обосновался в замке Пенденнис на самом западе Корнуолла; 2 марта, когда армия Фэрфакса уже подошла на расстояние двадцати миль, принц сел на ждущий его фрегат и отплыл на острова Силли. Остатки его армии под командованием Хоптона тут же разбежались.
Больше месяца Карл вместе с Хайдом и Калпеппером прожил на уединенных островах, время от времени получая письма от парламента, который «со всей любовью и терпимостью» приглашал его приехать в Лондон. В то время большая часть депутатов еще надеялась сохранить монархию и была не прочь сделать принца конституционным королем. Но Карл всякий раз отвечал, что не может приехать без согласия отца, который воевал на севере. В апреле острова были окружены сильным парламентским флотом, но, к счастью для принца, налетел шторм и рассеял вражеские корабли. Советники решили больше не испытывать судьбу, и скоро принц уже был на острове Джерси, откуда он собирался отправиться во Францию. Надо сказать, что он был не таким уж одиноким изгнанником, как сам рассказывал позже, — на Джерси с ним было триста человек свиты, включая прачек, портных и ювелиров. 5 мая король сдался шотландцам в Ньюарке, и положение роялистов стало бесперспективным. Только тогда Карл покинул Джерси и отплыл в Париж, где его ожидала мать. Хайд и другие сторонники принца не последовали за ним, а отбыли на север, чтобы до конца быть с королем. Так закончилась первая глава политической карьеры Карла.
В Париже королеву-изгнанницу с сыном ждал вежливый, но достаточно холодный прием. Кардинал Мазарини, фактический правитель Франции, вовсе не желал быть вовлеченным в войну с английским парламентом на стороне короля. Не хотел он и принимать тысячи роялистов, которые неизбежно должны были явиться во Францию вслед за принцем. Сначала Карлу отказали в пособии, о котором просила мать, потом не взяли в кавалерийский полк Карла Орлеанского; тут он заболел малярией и долгое время мучился от ее последствий. Два года его жизни в Париже пролетели довольно весело в компании молодых друзей — герцога Бэкингема (сына бывшего фаворита) и лорда Перси. Там он получил первые уроки любви и другие уроки — политики, которой его учил знаменитый философ Гоббс; взойдя на трон, Карл назначил ему пенсию.
В 1648 году началась новая гражданская война, и принц тут же покинул мирные забавы Парижа. С армией эмигрантов-роялистов он в июле высадился в устье Темзы и взял множество трофеев, но при приближении парламентской армии был вынужден вернуться в Голландию. Там его приняли радушно; особенно скрашивала его жизнь красотка Люси Уолтерс, любовница генерала Сидни. Вскоре она родила сына Джеймса, который после восшествия Карла на трон стал герцогом Монмутом и принес много неприятностей и королю, и его наследнику. Несмотря на ласки Люси, следующие несколько месяцев выдались довольно мрачными. В бездействии Карл выслушивал известия о все новых поражениях шотландских сторонников Стюартов, об аресте короля и подготовке суда над ним. Позже Карл говорил об отце с таким же веселым цинизмом, как и обо всем остальном, но в те дни он был по-настоящему взволнован. Он требовал вмешательства от голландских Генеральных штатов, обращался за помощью к Фэрфаксу и другим умеренным генералам; наконец, отослал в парламент чистый лист со своей подписью, предложив вписать любые условия, на которых депутаты готовы пощадить жизнь отца. Однако Карл был казнен, и 5 января шотландцы провозгласили его сына королем Карлом II. Его признали также в Ирландии, и даже из Англии приходили известия о поддержке и сочувствии.
Карл долго раздумывал, стоит ли полагаться на шотландских лордов, дважды предавших его отца. Сначала он вернулся во Францию к матери. Все планы вторжения в Англию разбивались о нехватку денег и вооружения, которые правительство Мазарини не собиралось давать. Карл, правда, попытался утвердить свою власть на Нормандских островах, но парламентский флот снова прогнал его в Голландию. Там его и нашли лорды Гамильтон и Лодердейл, посланцы шотландского парламента. Как раз в те дни в Шотландии вспыхнуло победоносное восстание герцога Монтроза, и эмиссары приглашали своего нового короля присоединиться к нему. Взамен они потребовали признать Ковенант и власть шотландского парламента. Карл согласился и в конце мая отплыл на север с тремя кораблями. Он так и не получил денег ни от Франции, ни от Испании, к которым обращался за помощью. По данным Хайда, какие-то деньги были посланы ему из Польши и даже из России (видимо, от английских купцов), но он их тоже не получил.
