Иван, видя возможность «взять под свою руку» земли ближних и дальних соседей, вовсе не желал упускать такой шанс расширить владения, а у тех, кому это грозило, элементарно не хватало сил для противодействия его намерениям. Тогда же слишком многое изменилось в укладе жизни московских «верховников». По наущению княгини при дворе Ивана Васильевича завели этикет, во всем стараясь подражать византийским императорам, насколько это было возможно, а к этому еще не привыкли многие знатные москвичи. Прежде дела княжества обсуждались со «старшой дружиной» — знатными воинами-ветеранами, приглашались «думу думать» бояре, но с появлением в Москве Софьи от этих старых обычаев не осталось и следа, а важнейшие решения князь стал принимать, «держа совет в опочивальне». Верхушка общества негласно разделилась на недовольных «гречанкой» и ее сторонников, в число которых помимо приезжих иноземцев входили и русские, в большинстве своем служилые люди, не очень родовитые и богатые, которые рассчитывали с помощью Софьи Фоминичны «пойти наверх».
Для партии Софьи черные времена наступили зимой 1483 года, когда во время свадебных гуляний по случаю женитьбы наследника князя Иоанна Васильевича, его сына от первого брака княжича Ивана Ивановича Молодого на Елене, дочери молдавского и волшского господаря Стефана IV, после одного из пиров в Кремле захворал и умер татарский князь Карачук, наследник касимовского царевича Данияра, бывшего «в чести» у великого князя. Когда выяснилось, что придворный врач Ивана Васильевича, немецкий доктор Антон, на пиру «для смеху» подсыпал в кубок Карачука какого-то зелья, а когда тому стало худо, не смог спасти его, великий князь страшно разгневался! Смерть первой жены произвела на него очень сильное впечатление, а потому идиотская шуточка немца-доктора, обернувшаяся столь печальными последствиями, пробудила в князе сущего изверга. Изначально он распорядился выдать Антона на расправу касимовскому царевичу, но, узнав, что тот, взяв с доктора большой «окуп», отпустил его, распорядился схватить «шутника» снова и отвести его на двор Данияра, передав тому, что князь хочет смерти виновника. Видя, что спорить с князем не стоит, царевич велел своим людям прикончить лекаря — того вывели на москворецкий лед под мостом и там «зарезали как овцу».
В октябре 1483 года у князя Ивана Ивановича родился сын, при крещении нареченный Дмитрием. Великий князь, несказанно обрадованный рождением внука, по обычаю, собирался одарить невестку, решив поднести ей «саженье» — драгоценное ожерелье из фамильных драгоценностей великих князей Тверских, отданных за первой женой князя в качестве приданого. Но сколько ни искали это ожерелье в кремлевских скарбницах, нигде его не могли найти, а потом выяснили, что княгиня Софья самовольно передала его своей племяннице Марии Андреевне, которую выдали замуж за князя Верейского Василия Михайловича Удалого.
Свою дочь принц Андрей Фомич привез в 1480 году и вскоре уехал обратно в Рим, а приданое племяннице обеспечивала тетка. Тогда же выяснилось, что тверское саженье не единственная пропажа — княгиня тайно переправляла братьям значительные суммы денег и драгоценности, которые те проматывали. В Москве не было секретом, что Андрей Фомич, номинально обладавший правами на византийский престол, вел в Риме вызывающе разгульный образ жизни и совершенно погубил свою репутацию, женившись на знаменитой римской проститутке. Эти родственнички и так были великому князю что бельмо на глазу, а как выяснилось, что они еще и пользовались его сокровищницами, гневу Ивана Васильевича не было предела. Зная его норов, князь и княгиня Верейские не стали рисковать и, бросив все, ударились в бега, найдя убежище в Литве. Московский князь гневался на них еще очень долго и, заключая договоры с соседями, специально оговаривал, чтобы их не принимали в своих владениях. Был он недоволен и женой, но все же помиловал ее, хотя в их отношениях наступило некоторое охлаждение.
По прошествии семи лет Москву потряс новый скандал, разразившийся после смерти объявленного наследником княжеского титула Ивана Иванович Молодого. К концу 80-х годов он стал прихварывать, жалуясь на боли в ногах. Мачеха Софья, имевшая некоторые познания в медицине, пользовала его, и молодому князю делалось легче, но полного выздоровления не наступало, и тогда великая княгиня предложила привезти итальянского врача. Отправленные в 1488 году для набора мастеров разного профиля греки из свиты Софьи, братья Дмитрий и Мануил Ралевы, получили с гонцом приказ пригласить доктора и сговорились с венецианским врачом евреем Леоном, который приехал в Москву зимой 1490 года. После первичного осмотра лекарь Леон диагностировал «камчуг» — так тогда называли подагру и ревматизм. Немощи это болезненные и нудные, но совсем не смертельные и вполне поддающиеся лечению. Уверенный в том, что он справится, Леон твердо обещал вылечить княжича и принялся за дело, применяя известные в то время средства. Он ставил пациенту банки — «жег ноги скляницами с горячей водой», давал какие-то лекарства внутрь… Но такое лечение княжичу никак не шло на пользу, а даже наоборот — ему становилось все хуже, и 7 марта 1490 года он умер, не дожив до 33 лет. Гибель пациента стоила жизни и его лекарю: справив сороковины по сыну, великий князь приказал казнить Леона Жидовина — 22 апреля того же года за Москвой-рекой, на Болвановке, палач отсек венецианскому врачу голову.
По Москве пополз глухой слух, что к смерти наследника причастна Софья, у которой сложилась устойчивая репутация главной покровительницы всех московских знахарок и чародеек, да и сама она, по уверению современников, умела варить зелья. Также все уже могли оценить наследственную склонность византийки к интригам, да и принцип «кому выгодно» указывал именно на нее.
К моменту смерти князя Ивана Ивановича княгиня Софья родила мужу десятерых детей — пять мальчиков и пять девочек. Две дочки умерли во младенчестве, но все мальчики были живы-здоровы, однако что их ждало в будущем? При живом сыне князя от первого брака, объявленном наследником и уже принимавшем участие во многих военных и государственных делах, перспективы детей, рожденных Софьей, были весьма невеселыми. С рождением сына у наследника, внука великого князя, возможность наследования княжеского престола отпрысками древа Палеологов становилась и вовсе призрачной.
Смерть молодого князя и сейчас выглядит более чем странной. Кто был медик, который его пользовал? Медицинская иерархия тогда подразделялась так: низший класс — «цирюльник»; средний — «хирург», он же «лекарь»; высший класс — «физик» или «врач». В Италии хирургов звали «маэстро» или «мистро», а доктора «мессере». В старых документах Леона Жидовина устойчиво титулуют «мистро» — он был хирургом, лекарем средней руки, а не врачом. Почему же наследнику великого князя не привезли «мессере»? Выбор был за Софьей Фоминичной. По канонам медицинской науки доктору Леону надлежало посоветоваться с местными врачами, у которых его пациент «наблюдался» прежде. Но дипломированных врачей в Москве не было, посоветоваться ему было не с кем, кроме той же великой княгини, которая пробовала лечить пасынка. Под ее влиянием мистро Леон стал лечить камчужную болезнь, а ведь описанные княгиней симптомы — ломота и онемение в ногах — могли быть не следствием подагры или ревматизма, а результатом отравления. Возможно также, что «камчужная хворь» была фоном, на котором не так были заметны симптомы действия яда долгого действия. Княжича могли подтравливать под предлогом лечения. Приехавший в Москву мистро Леон, не обладая должной квалификацией и не зная, как действуют местные яды, в простоте душевной, столкнувшись с внешне знакомыми симптомами банальной болезни ног, стал лечить, как его учили, в то время как яд убивал пациента. Может даже, его лечение и поспособствовало ускорению процессов: лекарства, которыми Леон потчевал княжича, могли усиливать действие яда. Одно безвредное лекарство, принятое совместно с другим, может вызвать негативную реакцию — любой аптекарь приведет множество примеров такого рода. Если что-то такое Леон и понял, то уже потом, когда все произошло, и это мало ему помогло.
