На рубеже XVI и XVII столетий казаки обосновались в низовьях Днепра — такие же дикие, как и сам водный поток. Казаки Запорожской Сечи почитали идеалом удалую задиристость и агрессивность. Но, вынужденная подчиниться главенству Москвы, самобытная военная организация первой половины столетия начала распадаться. Повторялась старая история: старшины, атаманы и гетманы в целях личного обогащения позволили Москве себя подкупить. Они подчинились и подвергли казаков безудержной централизации. Казачья верхушка предала традиционные вольности. Простой казак постепенно был низведен до социального уровня крепостного крестьянина. Петр Великий ускорил этот процесс, когда гетман Мазепа перебежал на сторону Карла XII Шведского, и многие из его сторонников бежали в Турцию. Однако ослабление казачьей военной демократии в Запорожской Сечи еще не было ее концом. Только когда появился Потемкин и нанес казачьим вольностям смертельный удар, казакам поневоле пришлось с этим согласиться. Потемкин мастерски сумел завуалировать свои цели — хитрые запорожские казаки попались в расставленные им сети.
Очень похожая картина разворачивалась с XVI столетия и у донских казаков: социальное расслоение, возрастающая несвобода низших чинов и растущие привилегии старшин приводили к ощутимому уменьшению усердия казаков при защите юго-восточных границ.
Потемкин командовал также всеми вооруженными силами, которые не входили в регулярную армию, — иррегулярными частями. Казаки также относились к этой категории. Потемкин хотел возродить их боевую мощь, укрепить их экономическую независимость и ввести при сохранении традиционных привилегий военную организацию казаков в общую систему вооружения и обеспечения охраны границ.
В первый мирный год после Кючук-Кайнарджийского договора восстание Емельяна Пугачева потрясало империю. Мятеж давал повод укротить процесс интеграции непокорных казаков. Приобретение новых земель на Юге Украины и в Новороссии, а также военные походы против турок и татар делали решение проблемы особенно срочным. При этом надо отметить, что донские казаки в большинстве своем не сражались на стороне Пугачева. Но случай, казалось, помог правительству завершить подчинение донских казаков воинской имперской дисциплине. Южная Украина оказалась в полной зависимости от централизованной системы управления. Так же должна была быть ограничена мешающая центру автономия донских казаков.
Это стремление к автономии порождало сложные проблемы. Правительство к началу 70-х годов переселило два казачьих полка с Дона в Азов и Таганрог и поставило над буйными вояками в качестве командира «наказного атамана». Казаки взбунтовались: в 1772 году Военная коллегия была вынуждена вернуть полки обратно на Дон.
Правительство потерпело неудачу, хотя донские казаки в XVIII веке уже явно подверглись растущей социальной дифференциации своих внутренних структур. Старшина требовал таких пожизненных привилегий, которые до сих пор ему предоставлялись только на определенное время. Казачья верхушка требовала уравнивания их званий с чинами регулярной армии, а нередко она уже владела даже крепостными крестьянами. Кроме того, наряду со старшиной и обыкновенными казаками имелись атаманы, которые добивались личного могущества, лавируя между троном и казачьим войском. Правительство пыталось использовать конфликты между казаками, старшиной и атаманами в свою пользу и поставить все конфликтующие группы под властью единого государственного разума.
В этом деле организационно-политическая виртуозность Потемкина выступала на первый план. Он решал возникающие проблемы, не предоставляя преимущество одной из сторон, а достигая сбалансированного компромисса в интересах государства. Он выполнил свое первое политическое задание и открыл путь к ненасильственному покорению всего Дона.
14 февраля 1775 года императрица передала всю Донскую область Азовской губернии и ее генерал-губернатору Потемкину. Четырьмя днями позднее Потемкин отдал приказ о разделении военного и гражданского управления. Он назначил «войсковое гражданское правительство» для решения военных и гражданских задач, которые он лично формулировал. Потемкин ввел в состав этого органа наказных атаманов, двух выбранных генерал-губернатором постоянных старейшин и четырех других старейшин, которые определялись казаками на ежегодных выборах. Все чины и сословия были достойно представлены в правительстве, которое занималось наряду с финансовым управлением «отправлением остальных дел в общих государственных институтах». Это правительство ничего не решало. Правительственная канцелярия руководила его деятельностью и подчиняла ее законам и предписаниям русского государственного права. Из пяти судей генерал-губернатор назначал главного, постоянно пребывающего в должности, в то время как другие четверо судей выбирались казаками. Атаман возглавлял руководство вооруженными силами войска Донского. Его полномочия были равны полномочиям командира регулярной армии. Гражданские учреждения могли избираться казаками путем общественных выборов.
Таким образом, хитрому Потемкину удалось не только выполнить свое политическое задание, но и показать свое дипломатическое мастерство. Традиционная структура казачьих боевых частей была сохранена, так же как и социальная иерархия: атаман — старшина — казак. Общественное мнение находило свое выражение в выборах и сохранении казацких традиций, которые почитались высшей моральной заповедью, наряду с естественным долгом на службе матушке-царице приносить свою жизнь на алтарь Отечества. Казак должен был бережно хранить своего коня, саблю и нагайку. Чтобы казаки поменьше думали о своих привилегиях, Потемкин закрепил все это в правительственном уложении.
Тем не менее казаки не желали полностью воспользоваться автономией. Вопреки планам правительства, донцы, очевидно, не до конца осознавали значение своей автономии и крепко держались за сохранение «традиций». Вначале личность Потемкина гарантировала относительно прочную стабильность. До тех пор пока он был жив, созданная им система сохранялась. Но уже в 1792 году, когда через год после смерти Потемкина Екатерина приказала трем казачьим полкам отправиться на Кубань, сразу же снова вспыхнуло восстание. Императрица вынуждена была отозвать указ назад, изменить его и несколько отодвинуть срок его исполнения.
Потемкин, активно взявшись за дело, достиг в отношении донских казаков трех важных результатов. Он устранил мирным способом военно-политический фактор риска и создал дееспособную модель для всеобщей колонизации Южной Украины. Он обеспечил безопасность границ и усилил подвластные ему южнорусские области — всегда с выражением верноподданнических чувств по отношению к императрице. Не все проблемы можно было решить, используя верховную власть, так же легко. То, чего удалось достичь в отношении донских казаков, применяя достаточно «мягкое» давление, от их братьев-казаков из Запорожской Сечи приходилось добиваться только применением грубой силы.
В 1775 году центр «Запорожской республики» находился в устье реки Подпольной (на Днепре). Запорожские казаки наслаждались там своими правами и напоминали России о ее обязанностях. Они еще не достигли той меры социальной дифференциации, которая была уже привычна на Дону. Гетман, генеральный судья и генеральный писарь избирались народным собранием на год. Необузданная коллективная свобода считалась высшей заповедью. И на защиту этой свободы все были готовы встать как один в любое время. Такая дикая вольница не могла нравиться Екатерине. Потемкин знал уже с первой турецкой войны, когда он командовал как донскими, так и запорожскими казаками, что методы общения с запорожцами должны быть иными, чем такие методы по отношению к донским казакам.
