С июля 1774 года он в течение целого года вел переговоры с запорожцами. Эти переговоры не привели ни к какому результату, который отвечал бы интересам империи. И тогда власти стали использовать другие средства. В июне 1775 года русские войска захватили Сечь. Удивительно, насколько просто казаки дали захватить себя врасплох и сдались без серьезного сопротивления.
Прежде чем Екатерина II в августе 1775 года официально издала приказ о ликвидации Сечи, Потемкин уже в июне запретил употреблять название Запорожская Сечь и провозгласил основание «Днепровской провинции». Он открыл казачьи области для всеобщего заселения, он позволил прогонять казаков с их земель. Большая часть казаков отошла на контролируемые татарами и турками территории, и никакие пограничные посты не смогли остановить их исход. Оставшихся казаков поселяли вдоль больших трактов или передавали в подчинение русских линейных полков. По существу, Потемкин организовал насильственную массовую депортацию казаков.
В течение следующих лет он по военно-политическим интересам предпринимал несколько попыток возвратить изгнанников на их земли. Возвращающимся тем не менее ставили такие жесткие условия, что лишь немногие соглашались вернуться. Они могли выбирать только между военной службой и крепостным правом! Только после объявленной амнистии 1784 года желающие вернуться находили в некоторой степени приемлемые условия для повторного поселения; заметьте, на своей исконной земле. Тогда речь шла уже о подготовке ко второй турецкой войне. Характерной для самодержавия того времени гибкостью было то, что тот же князь Потемкин, который в 1775 году причислял запорожцев к военным противникам, обращался в 1787 и 1789 годах к ставшим турецкими подданными запорожским казакам, убеждая, что они не должны забывать общую православную веру и должны снова возвратиться на родину. Запорожские казаки поддались уговорам и, подгоняемые тоской по родине, вернулись в далекие южнорусские степи. Потемкин был «благодарен»: они получили назад родные поля и пастбища и должны были привлекать людей для объединения в особое Черноморское казачье войско на войну против турок.
Потемкин добился уравниванием казачьих воинских званий с офицерскими чинами регулярной армии, а также причисления казачьих старшин к российскому дворянству. Этот процесс ускорил путь простых казаков в закабаление, в то время как новое казачье дворянство больше не видело причин бунтовать против центрального правительства. Но и простые казаки получили в результате большую безопасность. Свято хранимые мелкие, повседневные традиции можно было соблюдать и дальше. С экономической точки зрения казаки выигрывали. Их служба для императрицы была бесценной, и поэтому молодое казачье дворянство получило право покупать земли и крепостных. Широкие массы казаков сохраняли личную свободу и право на общинную землю. Привлечение к отбыванию трудовой повинности регулировалось по мере необходимости, оставалось гибким и шло навстречу желанию казаков. Переселение на Кубань или Терек приносило дальнейшие привилегии. Потемкин в самом деле справился со своим первым заданием. Подчинением Запорожской Сечи он в короткое время сделал второй важный шаг к захвату земель между Каспийским морем и польской границей. Затем он определил три географическо-стратегических направления, по которым хотел ускорить дальнейшее освоение территории: от Волги до Кавказа; от старых границ к Азовскому морю и вдоль Днепра на юго-запад. Он не хотел терять времени и планировал проводить экспансию одновременно во всех направлениях. Борьба против Турции была все еще на повестке дня, и России были необходимы военные базы на южных границах.
Двумя решающими действиями Россия усилила свое положение на границе Черного моря. Инженерно-саперные подразделения и гражданский мастеровой люд построили крепость Керчь, а войска под командованием Румянцева выдвинулись в 1776 году на линию от Перекопа до Ахтияра. Внимательные наблюдатели могли бы уже тогда сделать вывод о том, что присоединение заселенного и управляемого татарами Крыма для России стало реальностью.
Для обеспечения безопасности Астрахани от беспокойных кавказских народов и постоянной турецкой опасности Потемкин расположил между Кизляром и Моздоком Астраханское казачье войско, которое состояло из астраханских, хоперских и волжских казачьих полков.
На Днепре генерал-губернатор заложил крепости Херсон и Славянск. Форты, крепости и военные поселения создавали фундамент для обширной программы колонизации. Крепкий пояс оборонительных поселений возник между Моздоком на востоке и самым западным форпостом — Донское. Между крепостями, как краеугольный камень этой военизированной южной границы, располагалась более или менее плотная сеть укрепленных казачьих станиц, защищающих города, военных лагерей и постоянно патрулирующих местность казачьих отрядов.
Города Георгиевск и Ставрополь образовывали в северных предгорьях Кавказа центры развивающейся военной машины. Отсюда казаки и регулярные воинские подразделения выдвигались по степным просторам в предгорья Кавказа.
В Ставрополе находилась резиденция главнокомандующего регулярными и иррегулярными войсками (в 1783–1787 годах им был родственник князя, генерал-поручик Павел Сергеевич Потемкин). Он приказал направить все соединения Кавказской армии на строительство горных дорог и в Тифлис. Эти работы заложили фундамент известной Военно-Грузинской дороги. Была возведена крепкая стена перед исстари вольнолюбивыми чеченцами и лезгинами. Вытягивалась пограничная линия; как явный символ русской императорской власти поднялась мощная крепость Владикавказ.
Вокруг фортов, городов, укрепленных деревень и казачьих станиц селились крестьяне изо всех частей России. Они должны были не только осваивать земли, но и снабжать солдат продуктами. Гражданская сторона колонизационной политики, которую, конечно, также организовывал Потемкин, приносила с собой большие и часто неожиданные проблемы. Русским противостояло незначительное по численности местное население, настроенное к ним по большей части отрицательно или даже враждебно. Но завоевателям эти люди нужны были для обеспечения тыла войск — как строители, поставщики провианта или для пополнения подразделений, уменьшающихся по причине болезней или эпидемий. Они находили средства использовать этот потенциал: принуждением и социальными привилегиями — кнутом и пряником.
Уже тогда Екатерина II и Потемкин испробовали метод, который позже снова использовался в русской истории: более или менее добровольное переселение русских, украинцев, жителей Кавказа, а также крестьян, ремесленников и торговцев других национальностей в Новороссию. Дополнительно колонистов рекрутировали за границей — даже в Германии. Уже в 1776 году Потемкин лично интересовался поселением албанцев в Крыму и в районах вокруг Азова. Усилия не остались безуспешными. Самого сильного притока переселенцев правительству удалось достичь, однако, только в 1785–1787 годах, спустя достаточно большое время после начала кампании, непосредственно к началу второй турецкой войны.
Переселенцы прибывали, движимые нуждой, отчасти восторженным духом первооткрывателей и с несомненной жаждой приключений. В отдаленных краях они сталкивались со сложными условиями жизни. Смелость экономических начинаний часто омрачалась трагическими потерями.