Больше года пробыли Иоанн Антонович и его родители в Риге, не зная ничего о дальнейшей своей судьбе.
В конце 1742 года императрица решила перевезти все Брауншвейгское семейство в другое место. Решение это последовало в связи с предостережением со стороны короля прусского Фридриха II, который писал, что пребывание свергнутого с престола императора и его матери в Риге опасно, потому что они могут оттуда легко бежать за границу и при содействии Швеции добиться провозглашения Иоанна вновь императором. Поэтому в декабре 1742 года все Брауншвейгское семейство перевезли в крепость Дюнамюнде (Двинск), куда проникнуть было труднее. Но и это оказалось недостаточным, и спустя год решено было увезти Иоанна Антоновича и всех его родных вглубь России, избрав для них местом пребывания небольшой городок Раненбург (в нынешней Рязанской губернии).
Городок этот составлял при Петре Великом владение князя Меншикова, построившего в нем в 1702 году небольшую крепость. Впоследствии сам Меншиков жил там в ссылке в 1727 году и оттуда, по приговору Верховного тайного совета, был отправлен в Сибирь.
Поручение отвезти свергнутого императора и его родителей в Раненбург было дано капитану гвардии Вымдонскому. Тот, не подозревая о существовании Раненбурга, едва не отвез пленников в Оренбург.
Пребывание Иоанна III в Раненбурге продолжалось недолго. Слухи, будто какой-то монах решил освободить императора-узника и даже успел будто бы увезти его в Смоленск, заставили правительство Елизаветы Петровны назначить для пребывания Брауншвейгской фамилии другое, более отдаленное место.
27 июля 1744 года один из приближенных к императрице Елизавете, женатый на ее родственнице, барон Н. А. Корф, получил приказ поехать в Раненбург, взять ночью принца Иоанна и отправить его с майором Пензенского полка Миллером, под прикрытием тридцати надежнейших солдат, в Архангельск, а оттуда — в Соловецкий монастырь, где уже было приготовлено помещение как для бывшего императора, так и для его родителей. Все это приказано было обставить большой тайной, так, чтобы никто не мог видеть ни отъезда маленького императора из Раненбурга, ни приезда в Соловецкий монастырь.
Барон Николай Александрович Корф.
Согласно инструкции, Миллер обязан был сесть в коляску с четырехлетним малюткой Иоанном, но называть его не иначе как Григорием, и в сопровождении шести солдат безостановочно везти его в Соловецк, никому, даже извозчикам, ребенка не показывать, а служителю, находящемуся с ним в коляске, строжайше запретить говорить с кем бы то ни было. Туда же, в Соловецкий монастырь, но отдельно, должны были привезти родителей развенчанного императора.
Вследствие очень скверных дорог указ не мог быть точно исполнен, и вместо Соловецкого монастыря все Брауншвейгское семейство было водворено в г. Холмогоры, где оставлено под строгим наблюдением сначала барона Корфа, а затем капитана Измайловского полка Гурьева. Кроме того, при узниках были оставлены капитан Вымдонский и майор Миллер.
В Холмогорах не было ни крепости, ни тюрьмы, где можно было бы поместить узников. Их разместили в разных концах обширного архиерейского дома, но так, что малютка Иоанн не мог видеть ни отца, ни матери, ни сестер своих. Анна Леопольдовна, разъединенная с сыном в Раненбурге, не знала даже, что Иоанн томится в заточении недалеко от нее, а тот, в свою очередь, находился в полном неведении, что в нескольких шагах от него живут и мать, и отец, и Бина Менгден, сестра фрейлины бывшей правительницы, заменившая оставленную в Раненбурге Юлиану.
Спасо-Преображенский собор и Успенский монастырь в Холмогорах — место заточения Брауншвейгской фамилии.
Молодой арестант — под именем Григория — проводил время в Холмогорах в полном уединении, без всякого общения с кем бы то ни было, кроме назначенного для надзора за ним капитана Миллера. К нему не только не допускали никого из чужих людей, но и не разрешали сношений с его родственниками. Запрещено было также учить его грамоте.
Дав обещание при вступлении своем на престол никого не казнить, императрица Елизавета не хотела лишать жизни и свергнутого ею юного императора. Но в Петербурге были убеждены, что хилый, слабый, болезненный, как и другие дети Анны Леопольдовны, Иоанн Антонович не вынесет заточения. Предвидя возможность смерти Иоанна в ссылке, правительство, за подписью самой Елизаветы, приказало: «Если по воле Божией случится смерть принцу Иоанну, то, учиня над умершим телом анатомию и положа в спирт, тотчас то смертное тело прислать в Петербург с нарочным офицером».
Автографы видных исторических деятелей времен Иоанна III Антоновича:
1. Фельдмаршал граф Миних;
2. Генерал-адмирал Остерман;
3. Правительница Анна Леопольдовна;
4. Лейб-медик цесаревны Елизаветы Лесток;
5. Генералиссимус принц Антон-Ульрих;
6. Алексей Бестужев;
7. Генерал Густав Бирон;
8. Полковник Манштейн
Но развенчанный император-малютка, лишенный трона, свободы, даже имени, пережил все невзгоды одинокой жизни в Холмогорах. Скончалась же в Холмогорах мать его, принцесса Анна Леопольдовна, оставив, кроме Иоанна, еще четверых детей: двух дочерей и двоих сыновей, из которых трое родились уже после свержения с престола императора-малютки. Тело принцессы, согласно распоряжению Елизаветы, было перевезено в Петербург и погребено в Александро-Невской лавре.
Иоанну Антоновичу шел тогда шестой год. Он не узнал о смерти матери, как не знал вообще о судьбе, постигшей его родителей, сестер, братьев. Согласно инструкции, они не могли видеть друг друга, не должны были даже знать, что находятся в одной и той же местности.
В Холмогорах Иоанн Антонович пробыл после смерти Анны Леопольдовны еще шесть лет, т. е. всего двенадцать, причем все это время правительство продолжало тщательно скрывать, где именно находится бывший император. Когда же, несмотря на все предосторожности, в столицу все-таки проникли слухи о его пребывании в Холмогорах, императрица Елизавета велела перевезти его «под крепким караулом» в крепость Шлиссельбург, с тем чтобы сам он не знал, куда его везут и где будет находиться. Но к переправке Иоанна в Шлиссельбург был и другой повод: до Петербурга дошли слухи, что находившийся в Пруссии Манштейн (тот самый, который в свое время арестовал Бирона и способствовал Анне Леопольдовне стать правительницей, а затем перешел на прусскую службу) вместе с неким тобольским посадским Зубаревым задумали выкрасть Иоанна, произвести бунт и возвести холмогорского узника на престол. С этой целью предполагали отправить в Архангельск корабль с товаром, под видом купеческого, и на нем вывезти Иоанна, — все это правительство узнало от пойманного Зубарева. И вот сержанту лейб-кампании Савину дано было приказание вывезти ночью узника из Холмогор в Шлиссельбург, куда, как полагали, не будет в состоянии проникнуть никто из сторонников бывшего императора.
