Еще не вступившие в строй корабли, продолжая интенсивные испытания (включая прогрессивные на Лукульской мерной миле и 42-часовые пробеги в море) и доделочные работы в Севастополе и на Николаевском заводе, часто привлекались к маневрам и учениям флота. Вместе или порознь они совершали плавания в Николаев. Ялту, Феодосию, Одессу, участвовали в конвоировании царской яхты "Штандарт", а "Лейтенант Шестаков" под императорским брейд-вымпелом 3 сентября принимал смотр миноносцев флота. 18 сентября 1909 г. председатель приемной комиссии капитан 1 ранга И.Г. Васильев (он же начальник образованного кораблями дивизиона строящихся эскадренных миноносцев) подписал акт о приеме в казну "Лейтенанта Шестакова", за ним 30 сентября были приняты "Капитан Сакен" и "Капитан-лейтенант Баранов", а 3 октября "Лейтенант Зацаренный". Надежность их конструкции и доброкачественность работ лично в Севастополе проверяли председатель МТК генерал-майор по адмиралтейству А.Н. Крылов и товарищ морского министра контр-адмирал И.К. Григорович, под брейд-вымпелом которого "Лейтенант Шестаков" 17 октября 1909 г. совершил 20-узловой скоростью переход из Севастополя в Ялту и обратно.
И.К. Григорович, согласившись с предложением А.Н. Крылова принять миноносцы в казну, в своем докладе морскому министру подчеркивал, что на кораблях "исполнение работ отмечается законченностью и тщательностью при общей правильности и рациональности деталей конструкции".
Эскадренный миноносец "Капитан Сакен" в Севастополе.
Приказом по Морскому ведомству от 12 ноября 1909 г. корабли зачислили в действующий флот Черного моря. Они образовали второй дивизион эскадренных миноносцев и вместе с первым дивизионом (миноносцы 350 т серии "3" и "Ж") были сведены в минную бригаду. Но и после этого до конца года продолжалась энергичная "доводка" кораблей силами Севастопольского военного порта. Неоценимой была помощь командированных заводских специалистов, из которых И.К. Коносович, например, бессменно проплавал на "Капитане Сакене" 1,5 года сначала наблюдающим машинистом, потом гарантийным механиком. В течение декабря 1909 г. на каждом из четырех эсминцев взамен 75-мм пушки, временно смонтировали кормовой фундамент, установили по одному 120-мм орудию и приступили к их регулировке и испытаниям стрельбой. Орудия снабдили оптическими прицелами и начали осваивать ручные дальномеры системы Мякишева. Одновременно заканчивали оборудование радиорубок, подогнали в доке запасные винты, окрасились в защитный шаровой цвет, переделывали подачу к 120-мм орудиям, для которых элеваторы были признаны излишними.
В напряженных учениях осваивался широкий круг боевых задач, значительно расширенных с учетом опыта русско-японской войны. Привычными становились приемки мин заграждения в Сухарной балке и последующие учебные минные постановки, траления мин щитовыми тралами, ночные торпедные атаки и залповые торпедные стрельбы, разведывательные завесы и эволюции на полной скорости. Часть задач выполнялась в первых летних плаваниях с флотом у крымских и кавказских берегов и весенних двухсторонних маневрах. Успешными были и повторные прогрессивные испытания механизмов кораблей на предельной скорострельности с измерением упругих и остаточных деформаций. Редкие наблюдения о результатах обрастания кораблей за год были сделаны командиром "Капитана Сакена" капитаном 2 ранга Ф.А. Винтером. Так, при 160 об/мин. скорость составляла 11,82 уз вместо 12,7 уз, а при 220 об/мин. 15,55 вместо 17 уз. В полной мере достоинства кораблей, как первых в Черном море подлинных эскадренных миноносцев, проявились в последующих походах в 1911 г., когда флот, ввиду назревавшей балканской войны, совершил редкий в то время обход всех зарубежных берегов от анатолийского до балканского.
Первые изменения в артиллерийском вооружении кораблей произошли уже в декабре 1910 г., когда сняли броневые щиты с 75-мм орудий, а затем пришла очередь и самих этих орудий, давно признанных неподходящими для настоящих эсминцев. В декабре 1913 г. на "Капитане Сакене" приступили к замене пяти 75мм орудий одним 120-мм. К началу 1914 г. артиллерийское вооружение кораблей составляло по два 120мм орудия, из них носовое было установлено на полубаке, обеспечивая возможность ведения огня на значительном волнении. Ликвидировали и пресловутые спонсоны.
С августа 1911 г. 2-й дивизион миноносцев вошел в состав Черноморской минной дивизии, а в сентябре 1914 г, в связи с вступлением в строй новых эсминцев типа "Новик", корабли прежнего 2-го дивизиона составили 3-й дивизион. В 1914 ("Капитан-лейтенант Баранов") и в 1915 гг. корабли прошли капитальный ремонт. На каждом корабле к двум 120-мм орудиям прибавилось по две 47-мм зенитных пушки с углами возвышения до 80-87°, число принимаемых мин заграждения увеличилось до 50, вдвое больше (1 кВт) стала мощность новых радиостанций, установленных в 1916 г. на "Лейтенанте Зацаренном" и "Капитан-лейтенанте Баранове".
Всестороннюю боевую подготовку кораблей обеспечили командиры предвоенных лет капитаны 2 ранга Н.А. Геринг ("Шестаков", 1911-1913), С.С. Погуляев ("Сакен", 1911-1913), Б.Б. Жерве ("Баранов", 1913-1915), И.И. Подъяпольский ("Зацаренный", 19131914). Умело сохранив школу прежних командиров, они, в силу неизбежно укоренившейся во время войны ротации, передали корабли новым офицерам, сменявшим их уже в 1914-1915 гг. Флот пополнялся новыми кораблями, и прежние командиры миноносцев, как это происходило и на Балтике, получали более высокие должности. С.С. Погуляев в 1913-1916 гг. командовал крейсером "Кагул", затем вступил в командование 1й бригадой линейных кораблей Черного моря. Б.Б. Жерве, герой боя не крейсере "Громобой" в 1904 г., в 1915-1917 гг. командовал одним из первых черноморских "Новиков" – "Поспешным".
Эскадренные миноносцы типа "Лейтенант Шестаков" возвращаются в Севастополь.
Глава II. Корабли особого комитета
Особый, высочайше учрежденный
В изобилии почти фантастических просчетов, допущенных царизмом накануне и во время войны с Японией, главнейшим было, конечно, непонимание той решающей роли, какую в ходе кампании могло сыграть ударное соединение, составленное из пяти строившихся броненосцев типа "Бородино”.
Будь у З.П. Рожественского желание вступить в бой с японцами, он, наверное, принял бы более действенные меры по повышению боеготовности эскадры. Но этого, как мы знаем, не произошло. Поразительна и полная отстраненность ведомства от забот по повышению этой боеспособности. Об эскадре, совершившей исключительно изнурительное плавание и потерявшей всякое доверие к адмиралу, словно забыли. Все усилия были направлены на коммерческие операции, более близкие душе и сердцу русской бюрократии. Немало, наверное, представителей ведомства сумели "безгрешно” заработать на почве безостановочно заключавшихся в те дни сделках с поставщиками, заводчиками и посредниками. Никто до сих пор не сосчитал всех этих расходов и той доли, которая ушла на "вознаграждения” участникам сделок. Факты говорят лишь об одном. Большая часть заказов, сделанных во время войны, существенного влияния не ее результат не оказала.