И тем не менее война началась внезапно. В ночь с 21 на 22 июня командующему Краснознаменным Балтийским флотом вице-адмиралу В.Ф. Трибуну поступили донесения береговых постов и воздушной разведки об обнаружении у островов Хнйумаа и Нартен неизвестных кораблей с погашенными бортовыми огнями. Оперативная готовность по Балтийскому флоту № I была введена по распоряжению Народного Комиссара ВМФ Н.Г. Кузнецова в 23 ч 37 мин. В отличие от сухопутной армии, флот с его более совершенными средствами связи оказался готов к первой атаке врага и не попес потерь в первый день войны.
Но крайне неудачный для СССР начальный этап войны очень быстро начал сказываться и на положении флота. Уже 23 июня на развернутом до войны (21 июня 1941 года) у входа в Финский залив немецком минном заграждении "Апольда" погиб эсминец "Гневный" и был тяжело поврежден крейсер "Максим Горький". Обстановка на фронтах и особенно в Прибалтике быстро ухудшалась, где за первые две педели войны гитлеровская армия продвинулась на 500 километров. Продвижение её было настолько стремительно, что возникла реальная угроза захвата ряда ремонтируемых кораблей прямо в Либавской (Лиепайской) гавани.
Имея разобранные механизмы, эскадренный миноносец "Ленин" и шесть подводных лодок, находящихся в Лиепае на судоремонтном заводе "Тосмаре", не смогли выйти из гавани. В итоге в ночь на 24 июня эсминец вместе с другими кораблями был взорван у причалов. Но оборона Лиепаи продолжалась ещё неделю, и не было ли решение об уничтожении кораблей поспешным?
В период оккупации "Ленин" был поднят, но затонул в гавани при попытке буксировки. Остов его осенью 1953 года был поднят аварийно-спасательной службой Балтийского флота и разобран на металл.
А в это время четыре из шести остающихся в составе флота "новиков" в числе других сил флота прикрывали развертывание "центральной минной позиции" на входе в Финский залив. "Операция по развертыванию", с блеском проведенная царским Балтийским флотом под руководством адмирала Эссена в первые часы войны 1914- 1918 годов, теперь заняла целую педелю и, тем не менее, не была завершена окончательно в связи со стремительным продвижением немецких войск.
В конце июня в связи с продвижением противника на сухопутном фронте, создавшим угрозу на флангах центральной минно-артиллерийской позиции в устье Финского залива, было принято решение о быстрейшем образовании такой позиции в восточной части залива на линии о. Гогланд - Большой Тютерс - бухта Кунда. Для минных постановок сформировали специальный отряд кораблей под командой контр-адмирала Ю.Ф. Ралля. в состав которого вошел и эскадренный миноносец "Калинин".
27 нюня дивизион эсминцев в составе: "Яков Свердлов". "Артем", "Карл Маркс", "Володарский" выходят из Кронштадта в Таллин, куда прибывают 29 июня 1941 г. Уже 30 июня "Яков Свердлов", вместе с "Володарским", прикрывают минный заградитель "Марти". выходящий на минную постановку.
1-2 июля 1941 года "Яков Свердлов", "Артем" "Володарский", находясь в составе многочисленного боевого охранения, прикрывают переход в Кронштадт из Таллина линкора "Октябрьская революция".
Для боевых действий на Балтике бои надводных кораблей оказались не характерны, хотя первый такой бой произошел 6 июля 1941 года, в 13 ч 19 мин, когда вышедшие на минную постановку эсминцы "Сердитый", "Сильный", "Энгельс" и сторожевой корабль "Туча" в районе мыса Овиши вступили в перестрелку с двумя немецкими тральщиками и плавбазой. По её окончании советской стороной было заявлено о повреждении двух кораблей противника. (25). В свою очередь один из советских эсминцев получил попадание в кормовую часть "с возгоранием мин, приготовленных к постановке" и был спасен лишь "героическими действиями краснофлотцев"
Шли первые месяцы войны. Положение на фронтах продолжало ухудшаться. Флот нес потери. 7 августа на рейде Рогокюля в бухте Мухувейн тяжелые повреждения получил эскадренный миноносец "Энгельс". Авиационный налет застиг корабль в 18 ч 50 мин, в момент приемки топлива. На "Энгельсе" успели прекратить заправку, выбрать якорь, но не успели начать движение. Атаковав не набравший хода корабль с обоих бортов, авиация противника добилась одного попадания вблизи борта эсминца 250-кг бомбой, причинив ему тяжелые повреждения.
Набор корпуса между машинным и котельными отделениями был поврежден, правая турбина вышла из строя, сместились с фундаментов кормовые орудия, были выведены из строя машинный телеграф, привод рулевой машины, магнитные компасы. Тем не менее потери в личном составе отсутствовали.
Гораздо хуже обстояло дело с нефтеналивной баржой-заправщиком "Спиноза", получившей попадание такой же авиабомбой в кормовую часть. Она тонула, на ней было много раненых. Приняв пострадавших со "Спинозы", "Энгельс" своим ходом пришел на ремонт в Таллин и стал в док для предварительного ремонта перед уходом в Кронштадт.
Не прошло и суток, как в бухте Локса при авиационном налете был потоплен "Карл Маркс".
В ходе последнего перед войной ремонта со "Свердлова " сняли функции штабного корабля, и во многом размещение экипажа было приближено к первоначальному проекту.
Эсминец "Ленин" в Лиепае. 1941 г.
Эсминец "Калинин" в различные периоды службы
Эсминец "Карл Маркс". Август 1941 г.
Выйдя из Таллина в залив Харалахт 4 августа 1941 года, корабль под командованием Л.В. Дубровицкого получил приказ на оказание поддержки дозорных судов (Линия о. Вайдло – о. Кери) и поддержки огнем фланга отступающих сухопутных сил.
Около 13 ч дня 8 августа "Карл Маркс" был атакован у пирса, но успел сняться со швартовых. Личный состав занял боевые посты, но интенсивный зенитный огонь не смог помешать прицельному бомбометанию – две авиабомбы поразили корабль, в том числе машинное отделение. На корабле возник сильный пожар. Несмотря на самоотверженные действия экипажа, корабль лег на грунт, погрузившись в воду по верхнюю палубу. На следующий день подошедшее спасательное судно "Нептун" и два торпедных катера под стрелковым огнем немецких частей сняли остатки экипажа, и отступая, взорвали эсминец.