Из-за небольшой высоты надводного борта (носовая часть верхней палубы 7,3/6,8 м, кормовая часть батарейной палубы 4/3,5 м) корабль идеально подходил для плавания в Средиземном море. "Гебен" был единственным немецким линейным крейсером, который не входил в состав 1-й разведывательной группы, и из всех крупных немецких кораблей его служба в Средиземном и Черном морях в 1914-18 гг. была наиболее богата событиями.
1 ноября 1912 г. в связи с осложнением политической обстановки,вызванной болгаро-турецкой войной,распоряжением германского правительства был определен состав Средиземноморской дивизии. Из состава флота Открытого моря в качестве флагманского корабля в неё вошли линейный крейсер "Гебен" под командой капитана 1-го ранга Филиппа и легкий крейсер "Бреслау" под командой фрегатен-капитана Клитцинга. Командиром дивизии назначили 2-го флагмана 1-й эскадры контр-адмирала Трюмлера.
В Киле оба корабля снабдили всем необходимым для выполнения этой специальной задачи. "Гебен" был так срочно направлен в Средиземное море, что перед этим пришлось ускоренно завершить его сдаточные испытания. 4 ноября 1912 г. корабли покинули родную гавань и, как оказалось, навсегда. Переход от Вильгельмсхафена до Мальты "Гебен" совершил со средней скоростью 21,35 узла; до него с такой скоростью не совершал переходы ни один крупный военный корабль.
В этот период на Балканах шла Первая Балканская война(9 октября 1912 г. — 30 мая 1913 г.) за освобождение балканских народов от турецкого ига между странами Балканского союза (Болгария, Греция, Сербия, Черногория) и Османской империей. В ходе успешных боёв болгарская армия вышла на подступы к Константинополю. В такой обстановке 15 ноября 1912 г. "Гебен" бросил якорь в Константинополе, сюда же было приказано прибыть и находящемуся у острова Корфу немецкому учебному крейсеру "Винета".
18 ноября 1912 г. туда же прибыли военные корабли крупных морских держав, а также Испании, Нидерландов и Румынии и для поддержки турецких войск высадили десантный корпус в количестве 2 634 человек. "Гебен" выделил в десант 450 человек и 6 пулеметов, учебный крейсер "Винета" 126 человек и 1 пулемет. 3 декабря 1912 г. между воюющими сторонами было заключено перемирие. В середине декабря 1912 г. выступившие на стороне турок интернациональные войска смогли вернуться на свои корабли. После этого "Гебен" ещё некоторое время оставался в Константинополе.
После освобождения греческими войсками от турок города Солоники 18 марта 1913 г. там в результате покушения душевнобольного террориста был убит король Греции Георг I. Тело короля 25-27 марта 1913 г. в сопровождении интернационального почетного эскорта кораблей во главе с "Гебеном" перевезли на яхте "Амфитрита" в Пирей.
Линейный крейсер "Гебен".
Схема бронирования, продольный разрез, план машинного и котельного отделений, поперечное сечение и наружный вид на 1913 г.
Апрель 1913 г. для "Гебена" начался походом по восточному побережью Средиземного моря. В июне он вместе с легким крейсером "Страссбург" посетил Бриндизи и Венецию. Кроме крейсерских походов по различным районам Адриатического моря, в начале августа 1913 г. он посетил ещё и воды на севере Албании и затем зашел в австрийский порт Пола, где с 21 августа по 16 октября 1913 г. на нем произвели текущий ремонт.
23 октября 1913 г. контр-адмирал Вильгельм Сушон сменил контр-адмирала Трюмлера на посту командира Средиземноморской дивизии. "Гебен" снова пошел в восточную часть Средиземного моря, сначала в Эгейское море и под Новый год встал на якорь у Смирны. 2 января 1914 г. "Гебен" прошел вдоль всего западного побережья Италии вплоть до Генуи, как это раньше было проделано им у восточного побережья, поскольку эти походы имели большое значение для ознакомления нового командира дивизии с будущим театром военных действий на случай конфликта со странами Антанты.
Именно ввиду присутствия "Гебена" и "Бреслау" в Средиземном море Великобритания и прислала сюда в 1913 г. три линейных крейсера "Индефатигебл", "Индомитейбл" и "Инфлексибл", которые составили основную ударную силу Мальтийской эскадры, подчиненной командующему военно-морскими силами Великобритании на Средиземном море контр-адмиралу Мильну. Эти корабли были старше "Гебена", слабее по вооружению и поодиночке значительно уступали ему, но какая-либо пара, действуя совместно, была сильнее. Их недостатком являлась меньшая скорость, практически не превосходящая 24 узлов.
27 марта 1914 г. "Гебен" и "Бреслау" сопровождали августейшую чету германского императора во время их поездки на яхте "Гогенцоллерн" из Венеции на остров Корфу. Затем с 4 мая 1914 г. последовали проводы яхты с императорской четой до Генуи. После этого 9 мая 1914 г. в Неаполе "Гебен" встретил легкий крейсер "Кенигсберг", который во время перехода в Восточную Африку по Средиземному морю находился в распоряжении командира дивизии. Затем линейный крейсер доставил в Константинополь германского посла. 24 мая 1914 г. 300 моряков экипажа корабля принимали участие в тушении пожара казармы в Константинополе, причем после этого три моряка скончались от полученных ожогов и травм. После похода в Эгейское море 5 июня 1914 г. в Александрии "Гебен" вновь соединился с легким крейсером "Бреслау".
В Хайфе контр-адмирал Сушон получил известие об убийстве 28 июня 1914 г. в Сараево наследника австро-венгерского престола эрцгерцога Франца-Фердинанда. Он увидел в этом повод для политических осложнений и решил немедленно идти в австрийский порт Пола, чтобы заменить сильно изношенные трубки котлов, так как к середине 1914 г. крейсер значительно снизил скорость из-за их протечек. В июле 1914 г., по свидетельству Сушона, "Гебен" мог давать только 24 узла, да и то ненадолго. Котельные трубки на нем были в таком плачевном состоянии, что его действительная скорость на длительный промежуток времени не превышала 18 узлов. Но британское Адмиралтейство не имело сведений об этих неисправностях.