Протокол общего собрания 12 июня 1899 г. был одобрен генерал-адмиралом и 9 июля 1899 г. обнародован в приказе временно Управляющего морским министерством № 129 (“Морской сборник”. 1899, № 8. с. 20 оф. отдел). Замечательно, что из приказа была изъята даже осторожная оговорка протокола общего собрания о допустимости в военное время иной окраски, о которой может распорядиться “Командующий флагман, если того потребуют практические соображения”.
Зато (чтобы флот оценил всю глубину отеческой заботы о нем со стороны его хозяина) было вписано конструктивно-бюрократическое указание генерал-адмирала о том, чтобы при применении белой окраски “направлено все суда эскадры или отряда были выкрашены однообразно в белый цвет”. Безоговорочно введенный черный цвет (к нему обязывали и находившийся в жарком климате Черноморский флот) утвердился на Балтике и в Черном море до 1907 г., когда предлагавшаяся С.О. Макаровым окраска была восстановлена. До той поры черными бортами должны были блистать и минные крейсера.'
Первым минный крейсер “Воевода” был и в применении еще одного новшества — мачтового механического семафора. Это устройство С.О. Макаров считал важным средством для увеличения дальности связи между кораблями. С присущей ему последовательностью он еще в 1896 г. в письме в МТК считал “полезным выработать что-либо по этой части”. Не дождавшись решения, он приступил к экспериментам на эскадре. Лично он разработал азбуку для переговоров с помощью мачтового семафора. Для обозначения букв он предложил применять простейшие фигуры причем часть букв, как это было и в ручной семафорной азбуке, имели вид, повторяющийся их печатные изображения. Под руководством адмирала были разработаны и переносные семафоры, которые на английских кораблях устанавливали в разных местах. Опыты с такими семафорами на “Петре Великом”, “Гангуте” и “Адмирале Лазареве” подтвердили, что дальность переговоров в несколько раз превышает дальность флажных сигналов. Адмирал был готов взять на себя руководство работами по проектированию для флота силами Петербургского Металлического завода штатной конструкции переносного семафора. После испытания на эскадре он мог бы стать образцом для введения на всем флоте. Этот же завод на ассигнованные по инициативе адмирала 1000 руб. разработал и изготовил два комплекта стационарного мачтового семафора. Летом 1896 г. они были установлены на “Петре Великом” и минном крейсере “Воевода”.
При длине крыльев 8 фт и ширине, увеличенной наделками до 15 дм сигналы свободно разбирались с расстояния 11 миль. А когда семафор с "Воеводы” поставили для опытов у маяка Пакерорт, то с броненосца “Петр Великий” сигналы принимали с расстояния 13,5 миль. При ясной погоде дальность приема могла увеличится до 15 миль. В рапорте от 21 января П.П. Тыртову адмирал подчеркивал также и гораздо более широкий диапазон переговоров, так как флажные сигнальные ограничены предусмотренными для них фразами. Важно было снабдить семафором и военное ведомство, чтобы его посты и части могли переговариваться с кораблями, сигналы надо делать по той же азбуке, что и для ручного семафора. Нет сложности в ее освоении. Офицер овладевает ею в течение 1 часа.
В числе предложений адмирала предусматривалось усовершенствование мачтового семафора, в котором для минных крейсеров следовало предусмотреть поворот мачты. Следовало такой же семафор, как на “Петре Великом”, применить для береговых станций, а военному ведомству прислать комиссию, которая могла бы оценить семафоры эскадры в действии.
Проведенные опыты позволяли надеяться, что флот получит новое прогрессивное средство для отдаленных переговоров. Вместе с увеличенной дальностью подтвердилось и такое важное достоинство, как четкость и уверенность связи, которой не мешает штилевая погода, когда флаги висят и не позволяют их разобрать. Усовершенствование и помощь поворотной стеньги позволяло вести переговоры быстрее и надежнее. Испытывалась сигнализация фонарями по системе полковника Миклошевского. Оказалось, что корабль, идущий посреди Финского залива, может одновременно переговариваться и с Ревелем, и с Гельсингфорсом. Дальность доходила до 34 миль, т. е. почти во всю ширину залива.
Вместе с решением обширного круга технических задач и планомерным обследованием прибрежий Моонзундского архипелага и всех его островов продолжалось и техническое усовершенствование кораблей. На "Всаднике” вместе с “Петром Великим” проводились обстоятельные опыты, имевшие целью подтвердить возможность значительно сократить время подъема пара в котлах в сравнении со слишком уж боязливыми нормативами МТК. На “Воеводе” в результате было составлено обстоятельное их описание и представлена динамика изменения температуры в различных участках котла при разводке огня в топках при действии котла в эксплуатационном режиме, при прекращении паров в гавани и на рейде, при разной степени предварительного подогревания паром воды в топках котлов, на чем С.О. Макаров особенно энергично настаивал.
Эти документы подтверждали полную безопасность ускоренной разводки пара и отсутствие опасности чрезмерных напряжений в связях и обшивке котлов. В итоге этих опытов, адмирал писал Управляющему: “Если морской технический комитет и после этих доводов не согласится допустить скорое разжигание угля, то придется все расчеты для войны делать в предположении, что в военное время во всех топках всегда держать огонь”. Вопрос касался всего флота и Управляющий приказал МТК выяснить "действительно ли так вредно предлагаемое средство, что заставило суда отказаться от такого преимущества, как скорая разводка пара без огромной траты угля”. Но Главный инспектор механической части па рапорт адмирала наложил многословную резолюцию, в которой не отрицая пользы предварительного подогревания, уклонялся и от участия С.О. Макарова в обсуждении, на чем он настаивал, и от выработки конкретных пределов сокращения разводки пара. Флоту представляли самому решать, насколько эта операция может быть для котлов безопасна (С.О. Макаров. Документы, т. 2, с. 259–160).
По счастью, адмиралу ие мешали в организации боевой учебы эскадры и па “Воеводе”, как и на других ее кораблях, все лето 1896 г. прошло в напряженном усвоении и отработке тех элементарных требований правил совместного плавания и начальных тактических приемов, но с которыми как ни странно (из-за обычая плавать по одиночке) оставались корабли незнакомы. Уже в приказе № 33 от 19 мая 1896 г. адмирал объявил 15 дополнений к недостаточно четко изложенным наставлениям эволюционной книги. В частности были установлены эскадренные радиус (175 сажень в футовой меры) и расстояние между кораблями и колоннами. Подтверждалась необходимость равнения в строю не столько между собой, сколько по кораблю-уравнителю. Если корабль не мог сохранить эскадренную или отрядную скорость и начал отставать, то он должен был выйти из строя и идти вне колонны.
Приказ № 153 от 18 июля 1898 г. содержал подробные наставления о морской съемке планов береговых укреплений. Работа на каждом корабле распределялась между пятью наблюдателями, результат съемки следовало дополнить фотографическими снимками укреплений с точным указанием момента фотографирования и румба, по направлению, которого делались фотографии.
Во время второй подготовительной стрельбы по щитам, установленном на острове Карлос на Ревельском рейде “Воевода” участвовал в съемках расположения щитов во время четырех галсов эскадры, затем буксировал в гавань шлюпки, спущенные с “Петра Великого" и возвратившись к эскадре занимал положение в стороне от огня, чтоб репетовать сигналы адмирала.