Несмотря на очевидный провал всех попыток использовать ПЛ против надводных кораблей противника, в плане операции по оккупации атолла Мидуэй и о-вов Алеутской гряды предполагалось участие двух эскадр (третьей и пятой), 13-го ДПЛ и новейшей I-11. Ими руководил командующий Шестым флотом. Лодки должны были быть развернуты в три завесы на предполагаемых курсах движения соединений противника. Однако, корабли пятой эскадры (I-59, I-60, I-62, I-64, I-65 и I-66) морально устарели и не могли прорвать противолодочное охранение американских авианосцев, о чем вице-адмирал Комацу неоднократно докладывал в MГШ. Кроме того, не все ПЛ, назначенные в завесы, вышли на исходные позиции к 4.06.1942 г. — к моменту начала операции. В результате, ни одна из них даже не смогла обнаружить противника. Удалось отличиться лишь I-168, которая возвращалась на базу после обстрела атолла Мидуэй. Утром 5.06.1942 г. адмирал Ямамото направил ее в район, где предположительно находился поврежденный в бою американский авианосец Yorktown. Лодке удалось его обнаружить и выйти в торпедную атаку. Из четырех выпущенных торпед, одна попала в авианосец, а две — в стоявший рядом ЭМ Наmmаnn. Оба корабля затонули. Сражение за атолл Мидуэй стало последней операцией, где для японских ПЛ главной целью являлись боевые корабли противника.
После начала боев эа Соломоновы о-ва МГШ приказал сосредоточить в этом районе большую часть боеспособных лодок Шестого флота. Первоначально они использовались позиционным методом. Во главе группы находилась I-9, командир которой должен был организовывать атаки против соединений противника. В качестве главной цели командирам рекомендовалось выбирать войсковые транспорты и танкеры. Действия лодок не согласовывались с операциями Объединенного флота и армейских частей. Такая тактика не принесла существенных результатов. 31.08.1942 г. I-26 к северо-западу от о. Эспириту Санто торпедой тяжело повредила американский АВ Saratoga. Командир лодки передал флагману группы координаты соединения противника, но тот атаку организовать не смог. В начале сентября 1942 г. командование Объединенного и Шестого флотов провели совещание с участием командующего 17-й армии, в ходе которого была согласована операция по полному захвату о. Гуадалканал. В результате 3.09.1942 г. было сформировано Соединение "А", предназначенное для пресечения коммуникаций противника между о-вами Фиджи и Гуадалканалом. Им непосредственно руководил штаб Шестого флота, получавший информацию от других сил флота и армии. Лодки соединения крейсировали в ограниченных районах, которые могли оставить только по приказу командующего Шестым флотом. Изменение тактики незамедлительно сказалось на результатах деятельности ПЛ. Уже 6.09.1942 г. I-11 на подходах к Гуадалканалу обнаружила и атаковала американский авианосец Ноrnеt. Корабль спас один из его палубных противолодочных самолетов, глубинными бомбами уничтоживший идущую торпеду. 15.09.1942 г. штаб Шестого флота навел часть лодок Соединения "А" на американские авианосцы. I-19 удалось выйти в торпедную атаку, потопить авианосец Wasp, эсминец O'Brien и повредить новейший линкор North Carolina. Одновременно I-15 выпустила шесть торпед по авианосцу Ноrnеt, но промахнулась. Успех заставил вице-адмирала Комацу сформировать Соединение "Б", призванное блокировать о. Гуадалканал. Организация его использования была такой же как и у Соединения "A". К октябрю 1942 г. японцам удалось сосредоточить в районе Соломоновых о-вов около 30 лодок. Часть из них (имевшие авиационное вооружение) находилась в самостоятельном крейсерстве, а остальные использовались позиционным методом или патрулировали в ограниченном районе. Во время крупных сражений между надводными кораблями, лодки отводились из районов, где оперировали соединения Объединенного флота. Это объяснялось тем, что на них не было аппаратуры опознавания "свой — чужой". Шестой флот, например, не смог принять участие в бою 25–26.10.1942 г. у о. Санта Круз. В этот момент его корабли находились в 200 милях к северо-востоку и противника даже не обнаруживали. После боя японские лодки получили приказ уничтожить поврежденные американские корабли. 26.10.1942 г. I-21 у о. Санта Круз потопила зсминец Porter, спасавший пилотов сбитых самолетов с авианосца Hornet. Аналогичным образом сложилась ситуация после сражения у о. Гуадалканал в ночь на 13.11.1942 г. После ее завершения японские лодки начали самостоятельный поиск поврежденных кораблей противника на вероятных маршрутах их движения к о-вам Фиджи или Гавайям. 13.11.1942 г. I-26 в проливе Индиспенсейбл обнаружила американские крейсера San Francisco и Junеаu. Последний был поврежден и больше 13 узлов дать не мог. Лодка вышла в атаку и двумя торпедами потопила Juпеаu. Кроме того, в 1942 г. японским подводникам удалось повредить американский тяжелый крейсер Chester (20.10.1942 г. I-176 к востоку от о. Сан Кристобаль) и ошибочно потопить советсую лодку Л-16.
В 1943 г. МГШ продожал использовать лодки для блокады отдельных участков побережья или о-вов (например, Новой Гвинеи), где армия вела боевые действия. Их командирам рекомендовалось атаковать любые цели. Из-за развития американских противолодочных сил, к марту 1943 г. японские лодки не могли успешно решать поставленные перед ними задачи. 3десь уместно привести в качестве примера оборону о-вов Джилберта. В ноябре 1943 г. МГШ сделал вывод о предстоящей оккупации противником архиппелага и для противодействия ей сформировал Специальное Соединение, которое возглавил капитан 1 ранга Ивагами. Он должен был организовать подготовку кораблей к предстоящей операции, но, когда американская морская пехота высадилась на о. Тарава, лодки Соединения продолжали оставаться в распоряжении командующих эскадр. В результате I-19, I-21, I-35, I-39, I-40, I-169, I-174, I-115 и Ro-38 вышли в море без соответствующей подготовки, не имея конкретных приказаний. При этом командующий Шестым флотом вице-адмирал Такаги (сменил вице-адмирала Комацу в ноябре 1943 г.) начал издавать многочисленные и противоречивые приказы, что, по его мнению, должно было запутать противника. Корабли непрерывно и хаотически перемещались из одного района в другой, порой получали бессмысленные радиограммы и длительное время находились на поверхности в ожидании очередных приказов. В результате были потеряны шесть лодок. Лишь одной I-175 удалось потопить 24.11.1943 г американский эскортный авианосец Liscome Вау, что ни как не могло повлиять на ход борьбы за о-ва в центральной части Тихого океана. 16.11.1943 г. однотипная I-176 на подходах к атоллу Трук обнаружила в надводном положении и двумя торпедами потопила Corvina — единственную американскую субмарину, ставшую жертвой японских лодок. Кроме того, 20.07.1943 г I-11 на подходах к о. Нью-Джорджия двумя (из шести выпущенных) тяжело повредила австралийский легкий крейсер Hobart.
Как казалось, в 1944 г. перед японскими лодками наконец открывалась возможность выполнить свое предназначение. Вице-адмирал Такаги планировал стянуть их к месту сражения главных сил флотов и нанести противнику максимально возможный ущерб до начала боевого соприкосновения. С этой целью было создано Специальное Соединение из 25–30 кораблей, которые разворачивались в три завесы на наиболее опасных направлениях. Когда американцы высадились на Марианские о-ва, сам Такаги оказался на Сайпане (с инспекционной проверкой) и не мог руководить деятельностью своих сил. Его заместитель контр-адмирал Уада был вынужден сосредоточить у Марианских о-вов все боеготовые ПЛ, имевшиеся на тот момент в центральной части Тихого океана или на атолле Трук. Характерно, что из них только три (Ro-36, Ro-43 и Ro-114) были заранее развернуты на позициях, а остальные 17 вышли в море только тогда когда японское морское комадование поняло, что рейд американских авианосцев к Марианским о-вам не являлся простой демонстрацией силы. Эта реакция оказалась запоздалой, и Шестой флот не повлиял на ход сражения в Филиппинском море, а слабая подготовка большинства экипажей привела к потере девяти кораблей.
