Во время удара командир линкора капитан 1-го ранга Тиле находился на мостике. Была пробита водяная тревога, сразу же задраили непроницаемые люки и двери. В то время, когда на аварийном корабле под командованием старшего офицера корветтен-капитана Мейера производили заделку пробоин, стараясь не допустить деформации переборок, командиру доложили о возникновении пожара в кочегарках правого борта.
В трёх кочегарках загорелся гудрон, попавший через лопнувший при аварии трубопровод из топливной цистерны в двойном дне на настил кочегарок и с увеличением уровня воды в котельных отделениях, достигшей горячего основания топок котлов. На поверхности воды образовалась горящая плёнка гудрона. Ввиду этого пришлось остановить паровые машины, а эти котлы погасить. Машинная команда не покидала своих постов, пока жар не выгребли из топок, а пар не стравили, благодаря чему и удалось избежать взрыва котлов.
Несколько кочегарок пришлось совсем затопить водой для погашения огня. То же пришлось сделать с погребами боезапаса, находившимися рядом с котельным отделениями. Несмотря на поступление воды в эти помещения, температуру ближайших к месту пожара переборок не удавалось понизить ниже 80°С. Принц Генрих лично распоряжался спасением корабля, и, благодаря его энергии и высокой дисциплине экипажа, удалось избежать гибели линкора.
Ради предосторожности с линкора «Кайзер Фридрих III» спустили катера и спасательные шлюпки, и в то же время для оказания помощи терпящему бедствие экипажу срочно подошедшей «Кайзер Вильгельм II» также спустил свои шлюпки. Но вскоре удалось потушить пожар, так что спасательные средства снова подняли на борт.
«Кайзер Вильгельм II» предпринял попытку буксировки аварийного корабля, но буксирные канаты каждый раз рвались. Между тем. на аварийном корабле экипажу удалось поднять пары в неповреждённых передних котельных отделениях, бортовые паровые машины заработали, и можно было начать переход в Киль со скоростью не более 5 уз., при этом два высланных навстречу спасательных судна в любой момент были готовы оказать помощь.
В сопровождении линкора «Кайзер Вильгельм II», который при сближении с аварийным кораблём также несколько раз слёгка коснулся грунта, «Кайзер Фридрих III» на малой скорости направился к близлежащей бухте Прорер-Вик.
У плавучего маяка Гьедсер остальные корабли эскадры присоединились к своему тяжёло повреждённому флагманскому кораблю. Теперь эскадра в полном составе направилась дальше в Киль, где «Кайзер Фридрих III» 3 апреля в 11 ч. пришвартовался к бочке, а затем его ввели в док для ремонта.
По получении донесения о случившемся, император Вильгельм II телеграфировал принцу Генриху Прусскому, выражая офицерам и экипажу линкора свою благодарность за доблестное поведение при спасении корабля.
Лишь 23 апреля повреждённый корабль смог перейти в Вильгельмсхафен, где 4 мая его временно вывели из состава эскадры – ремонт должен был продлиться не менее 6-7 месяцев.
Затем последовало подробное обследование повреждений и выяснение причин аварии. Техническое расследование – непосредственно через статс-секретаря имперского морского министерства фон Тирпица – самым неожиданным образом поручили молодому конструктору-судостроителю, тогда строительному советнику конструкторского отдела, а впоследствии начальнику конструкторского бюро имперского военно-морского флота Бюркнеру, поскольку он уже тогда являлся опытным строителем кораблей.
Повреждения оказались значительными. Обследование показало, что у линкора «Кайзер Фридрих III» на подводной обшивке правого борта на 2/3 длины корпуса проходили вмятины общей длиной до 25 м и шириной 60-70 см. с трещинами и разрывами. Часть шпангоутов была повреждена, но настил внутреннего дна, в основном, уцелел. Удивительным было то, что небольшие участки корпуса между трещинами не были повреждены, как будто бы кораблю во время касания отмели, длившегося всего около одной минуты, пришлось совершать прыжки. Котлы имели повреждения в тех кочегарках, где возник пожар.
Вторым местом тяжёлых повреждений являлась кормовоя оконечность корабля, где была сломана пятка руля и в двух местах перебит ахтерштевень. Однако каких-либо конструктивных ошибок не нашли. Из этого сделали оптимистические выводы, что применяемые в германском судостроении британские нормы допустимых нагрузок (например, прочности соединений элементов корабельных конструкций) тем самым были подтверждены и уточнены, так что их с уверенностью можно было использовать уже при проектировании линкоров типа «Дёйчланд».
Непосредственной причиной аварии явилось то, что эскадра для выигрыша времени проложила курс южнее острова Борнхольм, а этот фарватер вообще не рекомендовался для прохода кораблей с большой осадкой.
На место аварии была послана следственная комиссия. Первые же произведённые гидрографические обследования банки Адлер-грунд показали, что линкор оказался на неизвестной отмели с глубиной 9,5 м, на которой местами лежали крупные выступающие камни, так что фактическая глубина моря там едва составляла 8,2 м, а плавучий маяк Адлер-грунд оказался не на месте на 700 м.
В доке
Тем самым с командования были сняты все обвинения. Последующее расследование подтвердило правильность действий командира корабля и проводимых офицерами и командой мероприятий. На основании этого командующий эскадрой (принц Генрих также был обвинён в происшедшем) просил управляющего морским кабинетом оставить в должности своего флаг-капитана, капитана 1-го ранга Тиле, которого посчитали главным виновником аварии.
«Кайзер Вильгельм II» также несколько раз слегка коснулся грунта. Но повреждения линкора оказались такими незначительными, что командующий эскадрой через короткий промежуток времени, когда держал свой флаг на борту броненосного крейсера «Виктория Луиза», 23 апреля снова вернулся на борт «Кайзера Вильгельма II», временно ставшего флагманским кораблём.
К этому времени 1-я эскадра имела следующий состав: линкоры «Кайзер Вильгельм II» (флагманский корабль командующего эскадрой). «Кайзер Вильгельм дер Гроссе» (с 5 мая проводил ходовые испытания), устаревшие броненосцы «Баден» (флагманский корабль младшего флагмана), «Вюртемберг», «Саксен», броненосные крейсера «Виктория Луиза», «Фрейя» (проведение ходовых испытаний) и авизо «Яагдт».
В состав штаба эскадры входили: командующий эскадрой вице-адмирал принц Генрих Прусский, начальник штаба корветтен-капитаи Рииве (до прибытия капитана 1-го ранга Боркенхагена), офицер морского генерального штаба корветтен-капитан Рииве, флаг-лейтенант обер- лейтенант Рихтер, младший флагман контр-адмирал Фишель. флаг-лейтенант обер-лейтенант фон Хиппель.
18 апреля произошло важное для императорской семьи событие. В этот день на борту линкора «Кайзер Вильгельм II» в присутствии кайзера состоялось приведение к присяге его младшего сына принца Адальберта, при этом на корабле впервые подняли флаг гросс-адмирала.
Начиная с 27 апреля, существенными составляющими элементами весенних учений явилось выполнение под командованием младшего флагмана учебных артиллерийских стрельб и манёвров с высадкой десанта у Апепраде. Эти манёвры с высадкой десанта провели в первый раз со времён нахождения генерала фон Каприви во главе германского адмиралтейства.