При этом по приказу командования штабы произвели ряд существенных организационных изменений и кадровых перестановок. В 1-й эскадре и соединении разведывательных кораблей были вновь введены и, соответственно, заняты должности младшего флагмана. В 1-й эскадре эту должность занял командир линкора «Эльзас» капитан 1-го ранга Поль, в соединении разведывательных кораблей – командир линкора «Виттельсбах» капитан 1-го ранга Винклер. Они подняли свои флаги на борту линкора «Кайзер Фридрих III» и броненосного крейсера «Принц Генрих». Сменили также младшего флагмана 2-й эскадры. Контр-адмирал Брёйзипт стал командующим крейсерской эскадрой. Его пост перешёл к флагману крейсерской эскадры контр-адмиралу фон Гольтцендорфу.
В корабельном составе флота произвели следующие изменения: флагманский корабль 2-й эскадры «Кайзер Фридрих III» перевели флагманским кораблём в 1-ю эскадру, а вошедший в состав 2-й эскадры линкор третьей серии «Прёйссен» стал её флагманским кораблём. Кроме того, в состав 2-й эскадры ввели ещё проходящий ходовые испытания линкоры «Гессен» и только что прошедший модернизацию «Курфюрст Фридрих Вильгельм».
Из состава соединения разведывательных кораблей вывели устаревший лёгкий крейсер «Амазоне», заменив его лёгким крейсером «Берлин». Одновременно этому соединению (правда только тактически, поскольку он ещё проходил ходовые испытания) придали броненосный крейсер «Йорк». Наконец, само соединение разведывательных кораблей с этого времени разделили на две группы.
С вводом в строй линкора третьей серии «Эльзас» и модернизированных линкоров типа «Бранденбург», а с другой стороны, с передачей «Кайзер Вильгельм дер Гроссе» в состав 1-й эскадры 2-я эскадра осталась в своей прежней численности из шести кораблей.
Вновь возобновившаяся реорганизация флота в этот раз только в небольшой мере снова коснулась линкора «Кайзер Фридрих III». Она выразилась в передаче от него функции флагманского корабля эскадры вновь построенному линкору «Прёйссен» и переходу корабля в состав 1-й эскадры, где линкор стал флагманским кораблём младшего флагмана.
Эти изменения полностью осуществили к 1 октября. На пост младшего флагмана 1-й эскадры назначили капитана 1-го ранга Поля (офицер морского генерального штаба капитан- лейтенант Крах).
В октябре 1905 г. корабли эскадры проводили подготовку по программе одиночного корабля. Впервые в распоряжение флота передали две флотилии миноносцев, чтобы период содержания их в готовности к использованию продлить и на зимние месяцы.
Так называемая «учебная» флотилия миноносцев под командованием корветтен-капитана Нордмана имела задачу обучать новый командный и рядовой состав. В то время как «тактическая» флотилия под командованием корветтен-капитана Мааса имела задачу в текущем году больше заниматься практикой с уже обученным командным и рядовым составом и возможно больше действовать совместно с флотом.
В ноябре соединение флота в составе 1-й эскадры и крейсеров совершило поход в Балтийское море, в то время как 2-я эскадра осуществляла мероприятия по вводу в строй и подготовку по программе одиночного корабля для построенных линкоров.
В начале декабря все три соединения действующего линейного флота раздельно совершали выходы в Балтийское море, провели ещё одно крупное учение и 12 декабря вновь соединились в Данциге. Совершенное по приказу адмирала фон Кёстера возвращение в Киль снова использовали для проведения тактических учений. В нём также приняла участие «тактическая» флотилия миноносцев. В Киле обе флотилии миноносцев распустили, а крупные корабли вернулись в места своего постоянного базирования.
На баке "Кайзера Барбаросса”
1906 г.
Как и прошедший, 1906 г. проходил привычным порядком. В начале года произошли некоторые изменения в корабельном составе флота. В январе после окончания модернизации и ходовых испытаний в состав 2-й эскадры снова вошёл «Курфюрст Фридрих Вильгельм», и на его борту поднял свой флаг младший флагман.
Когда в начале марта новый линкор третьей серии «Гессен» также занял место в составе 2-й эскадры, впервые, в соответствии с законом 1898 г. о флоте, обе эскадры полностью состояли из новейших или, по крайней мере, модернизированных кораблей. В её составе ещё не хватало числившегося отдельно флагманского корабля флота, поскольку «Кайзер Вильгельм II» лишь тактически всё ещё относился к 1-й эскадре. В начале июля в составе 2-й эскадры «Вёрт» сменили новым линкором третьей серии «Лотаринген».
Важную инициативу проявил кайзер Вильгельм II. Она состояла в том, что в марте только для экипажа флагманского корабля флота император учредил фонд в 15000 марок, проценты от которого должны были идти для его офицерского и рядового состава.
Более существенные изменения произошли в соединении разведывательных кораблей. В апреле новым флагманским кораблём соединения вместо броненосного крейсера «Фридрих Карл» стал броненосный крейсер «Йорк», в то время как новый броненосный крейсер «Роон» втупил на место выведенного из строя броненосного крейсера «Принц Генрих» и стал флагманским кораблём младшего флагмана. Среди лёгких крейсеров недавно построенный «Любек» являлся первым турбинным крейсером германского флота.
В 1906 г. ставшая уже привычной учебная деятельность действующего линейного флота становилась всё более обширной и многосторонней. Подготовка по программе одиночного корабля сменялась постоянными учениями в составе соединения и эскадры и продолжалась до состоявшихся с 13 мая по 8 июня в Северном море первых в этом году манёвров всего флота, закончившихся походом вокруг мыса Скаген.
Учебные походы весной (с 8 мая по 7 июня) в Северном море и летом (с 12 июля по 10 августа) в Северном и Балтийском морях прошли без особых происшествий. В середине июля 1906 г. предприняли длительный летний поход действующего линейного флота, сначала в среднюю, а затем в северную часть Северного моря к берегам Норвегии. Во время этого похода корабли 1-й эскадры во главе с флагманским линкором «Виттельсбах» и учебной флотилией миноносцев заходили сначала в Мольде, затем в Берген, 2-й эскадры в Аальзунд, затем в Дронхейм. В ходе похода «Кайзер Фридрих III» посетил с 20 по 26 июля Мольде, а с 27 июля по 2 августа Берген.
Салют на Кильском рейде
21 июля у Мольде «Кайзер Вильгельм II» и корабли 2-й эскадры встретили и приветствовали пароход «Гамбург» компании «Хапаг», на борту которого в этот год кайзер проводил северный круиз в сопровождении лёгкого крейсера «Лейпциг». Во время своего посещения флагманского корабля флота кайзер от имени собравшихся командиров кораблей поблагодарил уходящего осенью в отставку командующего флотом гросс-адмирала фон Кёстера за его заслуги перед германским военно-морским флотом. В своей очень выразительной речи кайзер охарактеризовал его как «rocher de Ьгопсе» (бронзовый рыцарь) германского флота.
