Решение о вводе войск во Фландрию также отчасти проистекало из опасения нидерландского руководства по поводу сложной ситуации на северо-востоке. Еще не прошло достаточно времени, чтобы починить и укрепить крепости, захваченные Морицом, и создать стойкий защитный барьер. Не прекращающиеся политические сложности в Гронингене были, очевидно, опасными. Генеральные штаты, не сумев остановить конфликт между Оммеландами и Гронингеном, в марте 1599 г. установили ещё одну комиссию по пересмотру штапельных прав Гронингена, которая рекомендовала сократить привилегии Гронингена в пользу Оммеландов. В этот момент Гронинген прекратил любое сотрудничество с Генералитетом, штатами своей провинции и штатгальтером
. Встревоженные тем, что Гронинген может снова, как в 1580 г., послужить мостом для восстановления испанской силы на северо-востоке, Генеральные штаты, побуждаемые Голландией (и с одобрения Оммеландов), весной 1600 г. отправили в город войска, чтобы разоружить гражданское население и построить в нем цитадель, которая будет внушать благоговейный страх простому народу
. Иронично то, что эта цитадель, укомплектованная гарнизоном в 800 человек под руководством оммеландского йонкера Каспара ван Эвсума, была построена на том самом месте, где тридцать лет назад была крепость Альбы, служившая той же самой цели.
Тем временем Фрисландия раскалывалась все сильнее. Два богатых района Остерго и Вестерго поддерживали рордистов и жестоко враждовали с Зевенволденом и 11 городами, которые поддерживали штатгальтера. Зевенволден и города возмущались превосходством других регионов, что, как они боялись, могло быть использовано (помимо остального) для того, чтобы свалить несправедливо большую часть налоговой квоты провинции на них
. В1600 г. штаты Фрисландии разделились на две части. Одна часть, собиравшаяся в Леувардене, поддерживала Вильгельма-Людвига и обвиняла фризскую знать в попытках поработить города, в то время как другая, собиравшаяся в Франекере, была против штатгальтера и обвиняла города в стремлении поработить сельскую местность. Таким серьёзным был конфликт, что Альбрехт и его советники в Брюсселе стали надеяться, что в Фрисландии начнется гражданская война. В то же самое время в Дренте произошёл конфликт между Вильгельмом-Людвигом и знатью провинции с одной стороны и дростом Каспаром ван Эвсумом и состоятельными фермерами с другой
. Кроме того, Генеральные штаты были встревожены позицией нового графа Восточной Фрисландии Энно III (1599–1625 гг.), который был ещё более воинствующим лютеранином, антикальвинистом и испанофилом, чем его отец
.
На этом фоне Республика вторглась во Фландрию. Переправив войска через Шельду, на сторону противоположную Флиссингену, Мориц продвигался вдоль берега по направлению к Дюнкерку. Но не успел он напасть, как мятежи, парализующие Фландрскую армию, закончились, что позволило эрцгерцогу собрать 10 тыс. отборных солдат и двинуться в сторону Нидерландов с устремлением (élan), которое сильно напугало нидерландцев. Мориц оказался в совершенно непривычной для него ситуации. Его офицеры впали в почти паническое состояние. Если их заставят сражаться под открытым небом, что теперь казалось вероятным, они знали, что их войска проиграют из-за отсутствия самых современных орудий и умений, которые были у испанцев. Теперь стало очевидно, как сильно рисковал Олденбарневельт, подвергая опасности армию, а с ней и судьбу Республики, ради цели, которая теперь казалась недостижимой.
Во время кампании Олденбарневельт и комитет Генеральных штатов проживали в Остенде, последнем оставшемся на западе от Кадзанда анклавом мятежников. Их целью был наблюдение за армией и тактикой Морица. В течение всей своей истории Республика настаивала на том, что ключевые военные решения, влияющие на жизненно важные для Республики интересы, были слишком значимы, чтобы командовал лишь кто-то один. Но когда выяснилась вся серьезность ситуации, страсти накалились и произошла ссора между Олденбарневельтом и Морицем, их первый открытый конфликт. Фландрская кампания 1600 г. была не единственным случаем в истории Республики, когда регенты Голландии, против своих обыкновений, чудовищно рисковали. Они сделали так же в 1688 г. Но еще никогда с 1574 г. Республика не была так близко к катастрофе, как летом 1600 г.
Побежденный в ряде мелких столкновений и загнанный в угол Мориц 2 июля 1600 г. был вынужден поставить всё на битву на берегах у Ньюпорта. Испанская пехота, все еще самая сильная в Европе, планомерно вытесняла врага обратно вдоль дюн. Их военная отвага была такой, что нидерландцы были бы разбиты, если бы не годы непрерывных тренировок сложного манёвра — медленного отступления, не выходя из строя и не уменьшая боевой мощи передних линий. Час за часом нидерландцы медленно отступали, пока от этого не устали испанцы. Следующие две особенности военных реформ помогли в спасении армии Республики
: деревянные подставки, позволяющие нидерландским стрелкам (в отличие от испанских) передвигать артиллерию и стрелять из нее так, что она не утопала в песке, и правило держать часть армии в резерве до решающего момента. Мориц выжидал, когда испанцы устанут, и на закате солнца ударил по ним кавалерией и испанцы разбежались во всех направлениях. Случилось невообразимое — высокомерные испанские ветераны были разгромлены в сражении менее опытными противниками.
Но победа при Ньюпорте не принесла никаких плодов
. Нидерландские войска оказались на неудобной стороне от главной испанской армии и подверглись чрезвычайной опасности. Так же битва доказала, что организованные испанцы все же были сильнее нидерландцев. Морицу не удалось захватить Ньюпорт и, предпочтя благоразумие доблести, он выбрал унизительное отступление, несмотря на настойчивое требование Олденбарневельта, что армия должна что-то захватить, чтобы оправдать масштаб и расходы на вторжение. На этом неудачи Нидерландов не закончились — флот из 12 королевских морских кораблей и каперов отплыл из Дюнкерка и в течение августа грабил рыболовные судна в Северном море. Он уничтожил 36 селёдочных буссов или около 10% из почти 300 буссов, принадлежащих рыболовному флоту южной Голландии. В течение последующих четырёх лет ситуация была тупиковой. Нидерландцы не подпускали испанцев. Но для этого им было необходимо увеличивать свою армию, строить новый дорогие укрепления и во много раз увеличить военные расходы. Альбрехт и испанские командиры со своей стороны решили сначала избавиться от мятежника на их территории — Остенде, а уж затем пойти на север рек. Обе стороны собрали столько людей и ресурсов для осады Остенде, что вскоре она стала стойким символом борьбы Исторических Нидерландов, и чтобы не потерять престиж, ни в коем случае нельзя было сдавать город. К марту 1602 г. англо-нидерландский гарнизон увеличился до 5 675 человек. Амброзио Спинола — великолепный новый командующий Фландрской армии пренебрег остальными фронтами и поставил все на новую осаду Трои, как она стала позже называться. Знать со всех уголков Европы приезжала, чтобы разведать новшества военных техник в этом «военном университете под открытым небом». Осада длилась три года и восемьдесят дней. Наращивая свои военные силы, нидерландцы могли извлекать пользу из поглощенности Спинолы Остенде, и одновременно следить за действиями графа Энно. Нидерландская армия увеличилась с 35 тыс. человек в 1599 г. до 51 тыс. человек в 1607 г.
В 1602 г. Энно, поддерживаемый Испанией и императором Рудольфом, окружил Эмден. Нидерландцы отправили туда больше войск и заставили графа отступить. По новому договору, подписанному в 1603 г. он снова был обязан согласиться на бессрочную оккупацию Эмдена Нидерландами, а также признать главенство реформатской церкви в городе. Тем временем в сентябре 1602 г. Мориц захватил город-крепость Граве в северном Брабанте. Его попытка по наставлению Голландии захватить Хертогенбос в 1603 г. провалилась, но в следующем году, перед падением Остенде, он успешно провел операцию в устье Шельды, захватив Слёйс и испанские форты вокруг него до того, как Спинола успел помочь городу, а также Эйзендийк и Арденбург.
