Мятежники, лишившись ногайской помощи, потеряв Мамич-Бердея, должны были выдержать нападения боярина Петра Морозова; последний весною 1556 года с детьми боярскими, козаками, стрельцами, новокрещеными инородцами выступил к Чалымскому городку и сжег его, повоевавши и побивши многих людей, которые встретили его на реке Меше и потерпели совершенное поражение; после этого Морозов воевал десять дней, опустошил все арские места, побил многих людей, пленных вывел бесчисленное множество. Это было в мае; в июне Морозов вместе с воеводою Феодором Солтыковым выступил в новый поход, за 50 верст только не дошел до Вятки; ратники его брали в плен одних женщин и детей, мужчин всех побивали. Кроме того, князь Петр Шуйский из Казани отпускал еще другие отряды, вследствие чего Арская и Побережная стороны опустошены были вконец; спасшиеся от меча и плена при шли в Казань и добили челом. Весною следующего года князь Петр Шуйский велел арским и побережным людям поставить на Каме город Лаишев, который должен был служить обороною против ногаев; в городе посажены были новокрещены и стрельцы, у которых головами были дети боярские. Но в то же самое время луговые люди продолжали волноваться: под начальством богатыря Ахметека они напали на Горную сторону, но были поражены князем Ковровым; другие толпы луговых, приходившие на арские места, были также побиты, а между тем из Казани, Свияжска и Чебоксар ежедневно выходили русские отряды опустошать Луговую сторону. Наконец в мае государь получил известие, что луговые прислали бить челом о своих винах; Иоанн послал в Казань и на Свиягу стряпчего Ярцева приводить луговых к присяге. Ярцев возвратился с известием, что вся Казанская земля успокоилась.
Таким образом, после взятия Казани нужно было еще пять лет опустошительной войны, чтоб усмирить все народы, от нее прежде зависевшие. В борьбе этих народов против Москвы, так же как и в последней борьбе самой Казани, принимают деятельное участие ногаи, с которыми до тех пор не было у Москвы явно враждебных столкновений. Послы и купцы ногайские часто приезжали в Москву, приводя с собою на продажу большие табуны лошадей, станы этих кочевников раскидывались под Симоновым на берегу и в других подгородных местах. Купцы ногайские при удобном случае не могли удержаться от хищных привычек, из людей торговых становились разбойниками. Надобно было поддерживать дружеские сношения с ногайскими князьями, посылать им подарки, чтоб они не мешались в дела казанские, не соединялись с Крымом. Потомки Едигея обыкновенно так писали к белому князю московскому: «Ты бы прислал нам те деньги, которые обещал; доведешь нам свою правду – и мы Казани не пособляем, а от Крыма бережем, потому что крымский хан – нам недруг. Деньги пришли, а не пришлешь, то правда на твоей шее. Большого моего посла ты сухо отпустил, а меньшому послу мало поминков дал; и если бы ты нам друг был, то ты так ли бы делал? Ты всякий год нам лжешь. Если назовешь нас себе друзьями, то пришли те куны, которые посулил. А казанский царь ежедневно присылает нас звать, чтоб мы с ним Москву воевали». Иоанн приказывал отвечать на это: «В грамоте к нам писал ты многие непригожие слова, и за такими словами непригоже в дружбе быть. Если же вперед станешь к нам дружбу свою делать, то пришлешь к нам большого посла, а мы с ним пошлем к тебе своего боярина, и что у нас случится, то мы к тебе пошлем». Хотя за непригожие слова и не следовало быть в дружбе, однако вражда была опасна, и обещались подарки, если придет большой посол. За подарки ногаи готовы были писать Иоанну: «Я твой козак и твоих ворот человек; братству моему знамя то: захотят младшие мои братьи или дети в вашу сторону войною идти, то я, если смогу их унять, уйму; если же не смогу их унять, то к тебе весть пошлю». Но мы видели, какое важное значение имела Казань для всей Средней Азии и для всего магометанского мира, который теперь благодаря турецкому оружию был не менее могуществен, как и во времена первых калифов. Еще при отце Иоанновом крымский хан обратил внимание султана на унижение, какому подвергается магометанский мир, оставляя Казань в зависимости от христианских государей Москвы; еще при отце Иоанновом посол турецкий объявлял в Москве, что Казань есть юрт султанов; в малолетство Иоанново крымский хан необходимым условием мира поставлял то, чтоб Москва отказалась от притязаний своих на Казань. Когда Иоанн, возмужав, показал ясно, что нисколько не думает отказаться от этих притязаний, в Бакчисарае и Стамбуле не могли оставаться равнодушными: крымскому хану по причине отдаления нельзя было непосредственно помогать Казани; он мог только нападением на московские украйны отвлекать царя от Казани, что он и попытался сделать. Султан так писал к ногайским князьям: «В наших бусурманских книгах пишется, что русского царя Ивана лета пришли, рука его над бусурманами высока. Уже и мне от него обиды великие: поле все и реки у меня поотнимал, Дон у меня отнял, в Азове поотнимал всю волю, козаки его с Азова оброк берут, воды из Дону пить не дадут. А крымскому царю также обиду делают великую: Перекоп воевали. Русские же козаки Астрахань взяли, оба берега Волги отняли и ваши улусы воюют; как вы за это стоять не умеете? Казань теперь как воюют! А в Казани ведь наша же вера, бусурманская. И мы все, бусурманы, сговорились: станем от русского царя борониться заодно». Ногаи исполнили султанову волю – посадили в Казани царем астраханского царевича Едигера; защищали ее сколько могли, боролись с русскими и после ее падения. Но главною причиною слабости их при этой борьбе была постоянная усобица владетелей; усилится один из них и обнаружит враждебное расположение к Москве – Москва могла быть уверена, что найдет себе союзников и даже подданных в других князьях, враждебных ему родичах. В то время как один астраханский царевич Едигер бился с русскими насмерть в Казани, родственник его, также астраханский царевич, Шиг-Алей находился в русском стане, другой царевич, Куйбула, владел Юрьевом, изгнанный из Астрахани царь Дербыш-Алей жил в Звенигороде. Незадолго перед тем преемник Дербыша, астраханский царь Ямгурчей, присылал в Москву бить челом государю, чтоб пожаловал, велел ему себе служить и с юртом; когда же вследствие похода Иоаннова на Казань началось между магометанами движение для ее защиты, то Ямгурчею трудно было держаться в Астрахани в качестве союзника московского, и он обнаружил свою вражду к Иоанну тем, что ограбил его посла. Один ногайский князь, Юсуф, тесть Сафа-Гирея, не ладил с Москвою и благоприятно слушал предложения султана, ограбил в 1551 году московского посла, много делал ему докук и бесчестья, много слов говорил жестоких и хвастливых, но другой князь, Измаил, постоянно держался Москвы и говорил Юсуфу: «Твои люди ходят торговать в Бухару, а мои ходят к Москве; и только мне завоеваться с Москвою, то и самому мне ходить нагому, да и мертвым не на что будет саванов шить». Этот Измаил еще до взятия Казани предлагал царю овладеть Астраханью, выгнать оттуда Ямгурчея и на его место посадить Дербыша; после взятия Казани предложение возобновилось. В октябре 1553 года пришли к Иоанну послы от ногаев, от мурзы Измаила и других мурз с челобитьем, чтоб царь и великий князь пожаловал их, оборонил от астраханского царя Ямгурчея, послал бы рать свою на него и посадил бы в Астрахани на его место царя Дербыша. Царь велел Адашеву расспросить хорошенько ногайских послов, чего они хотят, и уговориться, как действовать вместе с ними против Астрахани. Уговорились, что царь пошлет к Астрахани воевод Волгою на судах с пушками, а Измаил будет помогать им сухим путем или детей и племянников своих пришлет к Астрахани; если воеводы Астраханский юрт возьмут, то посадят здесь царем Дербыша. Измаил же после этого должен идти войною на брата своего, князя Юсуфа, который царю и великому князю не прямит, послов его бесчестит.