Страшному состоянию души Иоанновой соответствовало и средство, им придуманное или им принятое, ибо, по некоторым известиям, план опричнины принадлежал Василию Юрьеву и Алексею Басманову с некоторыми другими. Напуганный отъездом Курбского и протестом, который тот подал от имени всех своих собратий, Иоанн заподозрил всех бояр своих и схватился за средство, которое освобождало его от них, освобождало от необходимости постоянного, ежедневного сообщения с ними. Положить на них на всех опалу без улики, заточить, сослать всех, лишить должностей, санов, и на их место набрать людей новых, незначительных, было невозможно: прежнего любимца своего, Алексея Адашева, Иоанн не мог провесть дальше окольничего, не мог далеко вести он и новых своих любимцев. Если нельзя было прогнать от себя все старинное вельможество, то оставалось одно средство – самому уйти от него; Иоанн так и сделал. Дума, бояре распоряжались всем, только при вестях ратных и в делах чрезвычайной важности докладывали государю. Старые вельможи остались при своих старых придворных должностях; но Иоанн не хотел видеть их подле себя и потому потребовал для себя особого двора, особых бояр, окольничих. Но он не мог бы совершенно освободиться от старого вельможества, если б остался жить в старом дворце, и вот Иоанн требует нового дворца; он не мог не встречаться со старыми вельможами при торжественных выходах, если б оставался в Москве, и вот Иоанн покидает Москву, удаляется на житье в Александровскую слободу. Но легко понять все гибельные следствия такого удаления главы государства от государства, или земли, как тогда называли: напрасно Иоанн уверял гостей и простых горожан московских, что он против них ничего не имеет, чтоб они оставались спокойны; эти гости и простые люди очень хорошо понимали, что правителями над ними остаются прежние вельможи, и в то же время слышали, что царь торжественно называет этих вельмож своими изменниками, удаляется от них, окружает себя толпою новых людей. Несмотря на обнадеживание в милости, эта вражда необходимо должна была обнаружиться если не прямо через особу царя, то через его новую дружину, через этих опричников. Как произведение вражды, опричнина, разумеется, не могла иметь благого, умиряющего влияния. Опричнина была учреждена потому, что царь заподозрил вельмож в неприязни к себе и хотел иметь при себе людей, вполне преданных ему; чтобы быть угодным царю, опричник должен был враждовать к старым вельможам и для поддержания своего значения, своих выгод должен был поддерживать эту вражду к старым вельможам в самом царе. Но этого мало: можно ли было поручиться, что в таком количестве людей если не все, то по крайней мере очень многие не захотят воспользоваться выгодами своего положения, именно безнаказанностию; кто из земских правителей, заподозренных, опальных, мог в суде решить дело не в пользу опричника? Кто из заподозренных, опальных мог решиться принести жалобу на человека приближенного, доверенного, который имел всегда возможность уверить подозрительного, гневливого царя, что жалоба ложная, что она подана вследствие ненависти к опричникам, из желания вооружить против них государя, которому они преданы, которого защищают от врагов. После этого неудивительно встретить нам от современников сильные жалобы на опричнину. Опричнина с своей стороны не оставалась, как видно, безгласною: говорили против бояр, что они крест целуют да изменяют; держа города и волости, от слез и от крови богатеют, ленивеют; что люди приближаются к царю вельможеством, а не по воинским заслугам и не по какой другой мудрости и такие люди суть чародеи и еретики, которых надобно предавать жестоким казням; что государь должен собирать со всего царства доходы в одну свою казну и из казны воинам сердце веселить, к себе их припускать близко и во всем верить.
Неудовольствием, возбужденным опричниною, хотели воспользоваться враги Москвы, и неудавшиеся попытки их повели к новым казням, содействовали еще более утверждению опричнины. Какой-то Козлов, родом из московских областей, поселился в Литве, женился здесь, отправлен был гонцом от Сигизмунда-Августа к Иоанну и дал знать королю, что успел склонить всех вельмож московских к измене. Отправленный вторично в Москву, Козлов вручил от имени короля и гетмана Ходкевича грамоты князьям Бельскому, Мстиславскому, Воротынскому и конюшему боярину Ивану Петровичу Челяднину с приглашением перейти на сторону короля. Грамоты были перехвачены; Иоанн велел написать или, вернее, сам написал от имени означенных бояр бранчивые ответы королю и гетману, которые и были отправлены с Козловым. Бельский, Мстиславский, Воротынский успели выпутаться из беды; не успел старик Челяднин и был казнен вместе с женою и соумышленниками: князем Иваном Куракиным-Булгаковым, Дмитрием Ряполовским, троими князьями ростовскими, Петром Щенятевым, Турунтаем-Пронским, казначеем Тютиным. Мы видели, что этот Челяднин участвовал в возмущении народа против Глинских после пожара; князья ростовские возбудили против себя гнев Иоанна с тех пор, как хотели всем родом отъехать в Литву после болезни царя; во время этой болезни князья Петр Щенятев и Турунтай-Пронский выказали себя явными приверженцами князя Владимира Андреевича.
Мы видели, как духовенство русское могущественно содействовало утверждению единовластия; но когда московские единовластители вступили в последнюю борьбу с остатками старины, с притязаниями князей и дружины, то духовенство приняло на себя священную обязанность – среди этой борьбы сдерживать насилие, не допускать торжествующее начало употреблять во зло свою победу; усердно помогая московскому государю сломить притязания князей и членов дружины, духовенство в то же время брало этих князей и членов дружины под свой покров, блюло над их жизнию как членов церкви; так утвердился обычай, что митрополит и вообще духовенство печаловались за опальных и брали их на поруку. Митрополит Макарий, получивший митрополию вследствие торжества Шуйских, являлся по просьбе молодого Иоанна ходатаем пред Шуйскими за Воронцова; он пережил Шуйских, пережил волнения, последовавшие за их падением, умел не сталкиваться с Сильвестром и, если верить Курбскому, защищал последнего при его падении, видел возобновление казней и умер в 1563 году. Преемником Макария был монах Чудова монастыря Афанасий, бывший прежде духовником государевым. Выговаривая себе неограниченное право казнить своих лиходеев, учреждая опричнину, Иоанн жаловался на духовенство, что оно покрывало виновных, и требовал у него отречения от обычая печаловаться. Афанасий был свидетелем учреждения опричнины, получил позволение отпечаловать боярина Яковлева, князя Воротынского и в 1566 году оставил митрополию по болезни. В преемники Афанасию был назначен Герман, архиепископ казанский; но беседы его, по словам Курбского, не понравились любимцам Иоанновым; Германа отстранили и вызвали соловецкого игумена Филиппа, сына боярина Колычева; Филипп объявил, что он согласится быть митрополитом только под условием уничтожения опричнины; Иоанн рассердился; наконец Филипп уступил убеждениям, что его обязанность нейти прямо против царской воли, но утолять гнев государя при каждом удобном случае. Но, отказавшись от вмешательства в опричнину, Филипп не отказался от права печаловаться. Начались казни вследствие дела Козлова; опричнина буйствовала; вельможи, народ умоляли митрополита вступиться в дело; он знал, что народ привык видеть в митрополите печальника, и не хотел молчать. Тщетно Иоанн избегал свиданий с митрополитом, боясь печалований; встречи были необходимы в церквах, и здесь-то происходили страшные сцены заклинаний. «Только молчи, одно тебе говорю: молчи, отец святый! – говорил Иоанн, сдерживая дух гнева, который владел им. – Молчи и благослови нас!» Филипп: «Наше молчание грех на душу твою налагает и смерть наносит». Иоанн: «Ближние мои встали на меня, ищут мне зла; какое дело тебе до наших царских советов?» Филипп: «Я пастырь стада Христова!» Иоанн: «Филипп! Не прекословь державе нашей, чтоб не постиг тебя гнев мой, или лучше оставь митрополию!» Филипп: «Я не просил, не искал чрез других, не подкупом действовал для получения сана: зачем ты лишил меня пустыни?» Царь выходил из церкви в большом раздумье, это раздумье было страшно опричникам; они решили погубить Филиппа и нашли сообщников между духовными, во владыках новгородском, суздальском, рязанском, благовещенском протопопе, духовнике царском; последний явно и тайно носил речи неподобные Иоанну на Филиппа; отправились в Соловецкий монастырь, привезли оттуда преемника Филиппова, игумена Паисия, доносы которого легли в основание обвинений на суде соборном; защитников Филиппу не было, все молчало. 8 ноября 1568 года опричники с бесчестием вывели Филиппа из Успенского собора, народ бежал за ним со слезами. Местом изгнания для Филиппа назначен был Тверской Отроч монастырь. В 1369 году, проезжая Тверь на походе на Новгород, Иоанн заслал к Филиппу одного из самых приближенных опричников, Малюту Скуратова, взять благословение; но Филипп не дал его, говоря, что благословляют только добрых и на доброе; опричник задушил его. Так пал непобежденным великий пастырь русской церкви, мученик за священный обычай печалования. На место Филиппа возведен был Троицкий архимандрит Кирилл.
