Да вскоре же услышал в ночи плач монашеский: просила братия Всевышнего вразумить Антония встать игуменом. Он же внял этому плачу, взял на себя отцовские заботы. И простоял преподобный Антоний игуменом до конца дней своих, почитаемый и любимый братией.
Добравшись в лодке до острова Дудинцы, Филарет нашёл келью. Она уже подгнила местами, но жить в ней ещё можно было. Осмотревшись, Филарет выбрал неподалёку холм, с коего далеко всё окрест виднелось. Место для часовни пришлось по душе, и инок взялся рубить лес, заготовил дубовых колод на поставы. А вскоре положил на них первый тоже дубовый венец часовни в честь преподобного Антония.
Филарет работал усердно. Вставал он чуть свет, а по летней поре северному дню и конца не видно, заря с зарею сходятся, и не выпускал топора из рук, пока из монастыря не приезжали служки и не привозили ему пищу. Покончив с трапезой, Филарет снова брался за топор, рубил углы, выбирал пазы в тяжёлых сосновых брёвнах. Часовня росла споро, и к осени стены её поднялись под кровлю. И подгоняло Филарета честолюбие. Хотелось ему утвердить своё имя в Антониево-Сийском монастыре. Знал инок, что в том его желании таился грех, а совладать с ним не мог, но молился усердно.
Ещё в молодости князь Фёдор Романов узнал, что честолюбие есть родовое достояние всех Захарьиных, Кошкиных, Романовых, начиная от князя Андрея Кобылы. Да сию толику в ту пору Фёдор не считал греховной. Ему же лично быть всегда в числе первых меньше всего помогала сия родовая черта. Заслугой тому были ум и деловитость Романова. В отличие от многих московских сверстников, у Романова не было ни лукавства, ни пронырства, дабы достичь державных высот, но во всех деяниях торжествовала честь. Он не позволял себе кого-то оттолкнуть с пути, и уж тем паче — перешагнуть чё рез кого-то, как сие делал Борис Годунов.
И здесь, в монастыре, желание быть во всём первым, но по чести, не осталось незамеченным. После того как Филарет поставил на острове Дудинцы часовню, игумен Ареф приблизил Филарета к себе, и на четвёртом году пребывания в обители он был рукоположен в сан священника.
После трёх голодных лет Россия вновь ожила. И снова из Москвы стали следить за ссыльными Романовыми. И грамоты поступали в места их заточения, в коих приставам приказывали «береженье держать большое». Но приставы, корысть имея, чинили Романовым многие мерзости. В Антониево-Сийский монастырь они только наезжали, да и то изредка. Но всякий раз, видя чинное житьё священника Филарета, они, однако, искажали суть его поведения и докладывали дьякам Разбойного приказа чёрную ложь.
В марте 1605 года явился в обитель некий мздоимец Щёкин. Он добивался, чтобы Филарет отдал ему нательный золотой крест. Но Филарет не поощрил кощунства пристава Щёкина. Уехал пристав ни с чем, а боярину Семёну Годунову нажаловался: «Живёт старец Филарет не по монастырскому чину, всегда смеётся неведомо чему и говорит всуе про мирское житьё, про птицы ловчие и про собаки, какой в мире жил, а к старцам жесток, лает их и бить хочет, а говорит старцам Филарет: увидят они, пинков впредь будет».
Когда эта ложь доходила до Филарета, сие не угнетало его, он только улыбался и был выше той клеветы. Да была в грамотах приставов и доля правды: давно вышел он из уныния и радовался жизни. Филарет предвидел время перемен. Он хорошо помнил, сколько лет отвели ведуны Борису Годунову на царствие. Однажды, после вечерних молитв, Филарет высчитал, что роковая черта на пути Годунова пролегла через апрель 1605 года. Филарет не сомневался, что за этой чертой Годунова ждёт не отлучение от трона, а скорая смерть. Причин этой убеждённости Филарет не ведал и мысли о том считал кощунственными, греховными, много молился, дабы изгнать беса, толкающего на грех. И ничего не помогало. Филарет радовался каждому минувшему дню, торопил приход апреля. Ругая беса: ах какой упрямец, Филарет улыбался. Что ж, у него было на то основание. Слишком жестоко расправился царь Борис с родом Романовых. За проведённые в изгнании годы в Антониево-Сийском монастыре Филарет узнал немало печального и трагического о судьбе своих братьев. Келари монастыря, кои ходили за товарами в Москву и далее, приносили немало разных слухов. Они же известили Филарета о том, что в Наробе от мук и голода скончался средний брат, богатырь Михаил. Он все пять лет был прикован к стене камеры цепями, и кормили его только овсом и чечевицей. В зиму пятого года келари принесли новую жестокую весть. Неведомо как, сказывали они, погиб второй брат Филарета, погодок Александр. Пропал и Василий, умница и гулёна. Филарет страдал за братьев, молился Всевышнему, просил, чтобы взял их души в Царство Небесное. Здравствовал пока лишь младший брат Иван. И о нём просил Филарет Господа Бога, чтобы сохранил ему жизнь.
Дошли до Филарета вести и о том, в каком жестоком притеснении отбывали заточение князья Черкасские, при которых возрастал сын Филарета Миша-отрок. Мальчик много болел. Приставы часто запугивали его страстями, он рос нервным и трепетал от каждого шороха.
Не было у Филарета причин жалеть царя Бориса. И потому он молился Господу и просил Его исполнить начертанное судьбой. Для себя Филарет в случае кончины царя Бориса желал лишь одного: поскорее увидеть родных и близких, вернуться в родовой дом, вздохнуть полной грудью свободы — вот и всё. В нём не было желания пуститься в какие-либо дворцовые игры-интриги. Знал Филарет, что монашеский клобук, прибитый к его голове, не снять и он лишён права быть царём. А если бы не клобук... Он же, Филарет, в родстве с покойным царём Фёдором, всё-таки брат двоюродный. Да сказывали, что, умирая, царь Фёдор завещал престол старшему Романову. Теперь сие кануло в Лету. Потому и вынашивал Филарет желание увидеть на престоле российском царевича Дмитрия. Филарет уже знал, что Дмитрий объявился в Северской земле. Знал и то, что Дмитрий собрал войско в Путивле, что многие воеводы к нему прибились и бояре, дворяне, служилые люди крест ему целовали. Вскоре же и новые вести прилетели на Михайлово озеро: Дмитрий отправился в поход на Москву, дабы взять по праву принадлежащий ему трон. Сказывали, что шёл Дмитрий споро, почти не встречая сопротивления царского войска. Оно, рать за ратью, переходило на сторону Дмитрия. В Москве по этой причине весь царский двор, а прежде всего царь Борис, пришли в панику, в стольном граде стояла неразбериха, хаос.
Новые вести приносили Филарету не только монастырские келари и богомольцы. За три ночи до Светлого Христова Воскресения пришёл в полночь к Филарету Дух святого Учителя покаяния Ефрема Сирина и спросил Филарета: «Страдаешь ли ты душою за царя Бориса?» «Страдаю», — ответил без сомнений Филарет. «А сердце твоё отверзает его?» «Отверзает», — честно сказал Филарет. «Вот он преставился в день святого Мартина-исповедника, ушёл без покаяния и причащения Святых Тайн. Как мне быть, Учителю покаяния?»
Удивился Филарет тому, что мудрый Ефрем Сирин просит у него совета. Ответил: «Помолись за раба Божия Бориса, и я помолюсь. Да тщетно: гореть ему в геенне огненной». — «Всё так, — согласился Ефрем Сирин. — Да он помазанник Божий, и ангелы-судьи сказывают, что ему быть в чистилище. Но не возьмёшь из ада, потому как покаяния не было». — «И не тщись брать, Учитель, пусть пройдёт очищение в преисподней через все круги ада». — «Оно так и будет, — согласился Святой Дух. — Прощай, страстотерпец». — И Учитель обернулся голубем, улетел.
