Высшим административным медицинским органом в России XVIII в. была Медицинская канцелярия, учрежденная в 1725 г. и переименованная в 1763 г. в Медицинскую коллегию. Она ведала всеми вопросами медицинского дела. В ее ведении находились и вопросы судебно-медицинского характера.
Деятельность медицинских учреждений и врачей по судебно-медицинской линии далеко выходила за рамки требования Воинского устава и инструкций физикатам. Врачи вызывались: 1) для исследования трупов при подозрении на насильственную смерть; 2) исследования трупов новорожденных при подозрении на детоубийство; 3) судебно-медицинских освидетельствований живых лиц по различным поводам: осмотра телесных повреждений, определения возраста, судебно-медицинского освидетельствования в делах о половых преступлениях, установления симуляции, установления бывших родов и беременностей; 4) исследования психического состояния обвиняемого или потерпевшего; 5) определения годности к военной службе, выявления притворных болезней и членовредительства; 6) экспертизы по делам о незаконном врачевании (знахарство, шарлатанство) и по делам о врачебных ошибках; 7) исследования вещественных доказательств, в частности ядов, различных трав и лекарственных веществ при подозрении на отравление.
Судебно-медицинское исследование трупов начиналось с известия или рапорта воеводских, полицмейстерских, полицейских канцелярий и ратуш как учреждений, в обязанности которых входило наблюдение за общественным порядком, а также по требованию высших судебных инстанций – Сената, магистратов, Юстиц-коллегии.
Когда в судебные или полицейские органы поступали сведения об обнаружении трупа, к месту его нахождения командировался один из чиновников для описания мертвого тела и осмотра следа. При осмотре должны были присутствовать понятые из местных жителей; число их было неограниченно (иногда свыше десяти).
Когда поступали сведения о насильственной смерти, для осмотра трупа вместе с чиновником посылался врач. Мертвое тело отсылалось с письменным уведомлением в госпиталь или в полицейский покой оператору или штадт-физику для анатомирования.
Полицейские учреждения имели свои секционные покои для исследования трупов.
Иногда мертвые тела вскрывались не в секционных покоях, а на месте их нахождения. Наружные повреждения всегда записывались в протоколах осмотра места происшествия.
До середины XVIII столетия приглашения врачей на место происшествия были случайными; во второй половине XVIII в. вызов врачей стал обязательным во всех случаях, когда было подозрение на насильственную смерть.
Данные медицинского освидетельствования на месте обнаружения трупа включались в полицейский протокол.
Вещественные доказательства проводилось аптекарями казенных или частных аптек. Химическое исследование оформлялось специальным документом, который с остатками вещественных доказательств доставлялся в физикат.
Для проведения акушерско-гинекологических исследований, как правило, приглашались врачи. Все зависело от самого характера преступления. Нередко освидетельствование проводилось повивальными бабками, в Сыскном приказе беременных женщин осматривали «колодничьи старостихи».
Нехватка специалистов акушерско-гинекологического профиля заставила директора Медицинской канцелярии архиатора П. З. Кондоиди подать в Сенат проект об учреждении «бабичьих школ». Было предложено содержать в столичных городах по две повивальные бабки. В 1757 г. в Москве открылась подобная школа, которой руководил доктор медицины И. Эразмус, ставший впоследствии профессором Московского университета.
К 1799 г. в Москве в городских полицейских участках на службе состояли восемнадцать повивальных бабок. На них была возложена обязанность освидетельствования женщин по судебным и следственным делам. Результаты своих освидетельствований они доносили штадт-физику. Последний посылал акты в судебные учреждения, по запросу которых было проведено освидетельствование.
В ходе освидетельствования живых лиц устанавливалось наличие телесных повреждений у пострадавшего. В Москве подобные освидетельствования проводились в физикатах. Данные врачебного осмотра писарь вносил в протокол допроса. В отдельных случаях осмотры потерпевших проводили чиновники без врачей. С середины XVIII в. освидетельствования живых лиц проводились только врачами.
Освидетельствование живых лиц проводилось также для определения возможности привлечения их к трудовой повинности. Чаще всего это касалось беглых крестьян, солдат-дезертиров, нищих, бродяг. Врачи должны были установить, может ли данное лицо выполнять ту или иную физическую работу. Врачебное освидетельствование в административном порядке широко применялось к лицам, состоящим на государственной службе, в случае отказа от несения службы по болезни.
Высшим административным органом в области медицины вообще и судебно-медицинской экспертизы в частности в России в XIX столетии являлся Медицинский совет, учрежденный в 1803 г. при разделе Государственной медицинской управы (упраздненной Медицинской коллегии). Медицинский совет составляли председатель, члены (непременные и совещательные) и ученый секретарь. Председателем совета был врач, имеющий степень доктора медицины, а совещательными членами избирались лица с медицинским, ветеринарным и фармацевтическим образованием, известные своими знаниями и опытом, в том числе четыре врача, «сведущие особенно в медицинской полиции и судебной медицине».
В 1805 г. «для установления дальнейшего надзора по части практической, судебной и полицейской медицины» была учреждена должность генерал-штаб-доктора по гражданской части, в 1812 г. генерал-штаб-доктор получил звание главного инспектора практической, судебной и полицейской медицины империи. В 1836 г. вместо канцелярии генерал-штаб-доктора были учреждены два медицинских департамента при МВД: один был предназначен для управления медицинскими чиновниками и учебными медицинскими заведениями, другой заведовал «делами судебной медицины и медицинской полиции». К судебно-медицинским функциям департамента относилось «рассмотрение судебно-медицинских рапортов и свидетельств по жалобам мест и лиц на неправильность или неудовлетворительность оных».
Согласно Положению о Медицинском совете (1841 г.) он являлся высшим в государстве «врачебно-ученым, врачебно-полицейским и врачебно-судебным местом». В судебно-медицинские обязанности Медицинского совета входило рассмотрение причин скоропостижной смерти в сомнительных случаях в уголовных и гражданских делах, а также «химическое испытание разных составов при судебных следствиях» и составление таксы оплаты за судебно-химические исследования.
Во второй половине XIX в. Главное управление гражданской врачебной частью при МВД, которое просуществовало до 1917 г., составляли Медицинский департамент, Медицинский совет и Совещательный Ветеринарный комитет.
В функции Медицинского департамента МВД входило управление гражданской медицинской частью, судебной медициной и медицинской полицией. Судебно-медицинские функции заключались в рассмотрении судебно-медицинских рапортов и свидетельств по жалобам врачебных управ и лиц на их неправильность или неудовлетворительность. В 1904 г. Медицинский департамент был упразднен, а все его дела были переданы в Медицинский совет вместе с двумя должностями экспертов по судебно-медицинской части.