В 1997 году Литвиненко устроил пьяный дебош в ресторане «Прага», за что его ненадолго понизили в должности, но вскоре перевели в 7-й отдел Управления по разработке и пресечению деятельности преступных организаций (УРПО) ФСБ на должность старшего оперативного сотрудника, замначальника 7-го отдела. В начале 1998 года Александр Вальтерович попал в разработку Управления собственной безопасности ФСБ за служебные злоупотребления и «недопустимое для сотрудника контрразведки систематическое употребление спиртного», а также за недопустимые методы ведения следствия. 13 ноября 1998 года Борис Березовский опубликовал в «Коммерсанте» открытое письмо Владимиру Путину, в котором утверждал, что его «заказало» ФСБ. Об этом ему 20 марта 1998 года поведал Литвиненко. Будто бы в ноябре 1997 года руководители самого засекреченного в ФСБ Управления по разработке и пресечению деятельности преступных объединений (УРПО) генерал-майор Евгений Хохольков и капитан 1-го ранга Александр Камышников отдали своему подчиненному подполковнику Александру Литвиненко и другим офицерам устный приказ на физическое устранение Березовского, но те отказались его выполнять. Тогда им стали угрожать за отказ «убить еврея, обворовавшего полстраны». А через две недели на Литвиненко около его дома было совершено покушение, и ему пришлось применить табельное оружие.
17 ноября того же года офицеры расформированного к этому времени Управления по разработке и пресечению деятельности преступных объединений ФСБ провели беспрецедентную пресс-конференцию в здании «Интерфакса». Пять офицеров УРПО (в том числе начальник 7-го отдела УРПО подполковник Александр Гусык, сотрудники этого же отдела — подполковник Александр Литвиненко и майор Андрей Понькин) и примкнувший к ним подполковник Михаил Трепашкин, в свое время уволенный из ФСБ и опротестовавший это решение в суде, заявили, что им поручались и другие грязные дела, а после отказа на них началось давление. Будто бы им приказали захватить в заложники с целью получения выкупа брата гендиректора СП «Интурист Радамер — гостиница и деловой центр» Умара Джабраилова и проломить голову подполковнику ФСБ Михаилу Трепашкину, выигравшему суд у тогдашнего директора ФСБ Николая Ковалева. После этого все офицеры были уволены из контрразведки.
В 1999 году подполковник Литвиненко уволился из ФСБ и устроился руководителем службы безопасности Березовского, являвшегося в тот момент исполнительным секретарем СНГ. В марте 1999 года он был арестован по обвинению в превышении полномочий и помещён в следственный изолятор ФСБ «Лефортово». В ноябре 1999 года его оправдали, но прямо в зале суда, после зачитанного ему оправдательного приговора, Литвиненко арестовали сотрудники ФСБ и поместили в СИЗО Бутырской тюрьмы по новому уголовному делу аналогичного содержания. В 2000 году оно тоже было прекращено прокуратурой за отсутствием состава преступления, но в тот же день против Литвиненко было начато третье уголовное дело, а он сам освобождён под подписку о невыезде. Близкий друг Литвиненко и Березовского Александр Гольдфарб так описал роль Владимира Путина в деле Литвиненко: «На следующий день (22 апреля 1999 года. — Б.С.) Борис (Березовский. — Б.С.) отправился на встречу с Путиным в его новый кабинет в здании ФСБ. Бориса встретил ничем не примечательный человек — копия Путина, который проводил его в новенький директорский кабинет на четвертом этаже. В кабинете сделали ремонт, чтобы он соответствовал аскетическим вкусам Директора: светлая деревянная мебель, весьма функциональная — вероятно, влияние лет, проведенных Путиным в Восточной Германии. Прежний кабинет руководителя ФСБ, в котором его бывшие хозяева, такие как Берия и Андропов, занимались планированием холодной войны, был превращен по приказу нового директора в комнату-музей.
Небольшая фигура Путина казалась еще меньше за огромным столом, на котором Борис заметил бронзовый бюст Феликса Дзержинского, создателя советской тайной полиции.
Путин приложил палец к губам, призывая к молчанию, и жестом пригласил Бориса следовать за ним в заднюю дверь. Они прошли через личную столовую и вышли в маленький коридорчик.
Борис оглянулся. Они находились в маленькой комнатке без окон напротив двери лифта. Очевидно, это был задний выход из кабинета к личному директорскому лифту.
— Это самое безопасное место для разговора, — сказал Путин.
Борис собирался говорить с ним о двух вещах: Примакове и Литвиненко…
До выборов 2000 года оставалось восемь месяцев. Очевидно было, что Примус (Евгений Примаков, в 1998–1999 годах — глава правительства России. — Б.С.), семидесятилетний реликт советской эпохи, за которым стояла клика коммунистов, бывших аппаратчиков и ветеранов разведки, был вовсе не тем, в ком нуждалась страна в преддверии XXI века… У “преемника” должно было быть одно обязательное качество: способность побить кандидата коммунистов, по всей видимости, самого Примуса, в последние недели быстро набиравшего популярность. Но и Борису, и Путину было понятно, что из списка имевшихся претендентов выбор невелик…
— Володя, как насчет тебя? — внезапно спросил Борис.
— Что насчет меня? — не понял Путин.
— Ты мог бы стать президентом?
— Я? Нет, я не тот человек. Не этого я хочу в жизни.
— Ну, а чего ты хочешь? Оставаться здесь на всю жизнь?
— Я хочу… — замялся Путин. — Я хочу быть Березовским.
— Не может быть, — рассмеялся Борис.
Они сменили тему.
Следующий вопрос Бориса был о Саше.
— Послушай, — сказал Путин, — скажу тебе честно. Ты знаешь, что я думаю о Литвиненко. Он тебя использовал. Он предатель. Но, если ты просишь, я попробую помочь. Проблема в том, что я не контролирую ситуацию. Всё в руках скуратовских (Юрий Скуратов в 1995–1999 годах был генеральным прокурором и в 1999 году в союзе с московским мэром Юрием Лужковым и Юрием Примаковым боролся против Ельцина. — Б.С.) военных прокуроров. Сначала давай избавимся от Скуратова, а потом посмотрим, как можно помочь Литвиненко.
Борису это показалось разумным. Но было что-то в выражении лица Путина, что ему не понравилось.
— И, Борис, — продолжал Путин. — Что бы ты о нем ни думал, он замазан. Он много чего нехорошего натворил.
— Я не верю тебе, — сказал Борис. — Я его знаю.
— Я видел улики.
Последовала неловкая пауза. Как странно, думал Борис. Путин и Саша — единственные два человека в ФСБ, которые не берут взяток, и так друг друга ненавидят.
— Он предатель, — повторил Путин. — Но я сделаю, что смогу.
Как-то в конце августа 1999 года Борис ехал к себе на дачу, когда позвонил Путин и попросил о немедленной встрече. Борис развернулся и поехал прямо в Белый дом. Путин принял его в прежнем кабинете Примакова. Все здесь было, как и раньше, но только Борис заметил, что небольшой бюст Дзержинского, основателя КГБ, который он видел в кабинете Путина в ФСБ, теперь стоял на столе премьер-министра.
Путин был в ярости.
— Твой друг был здесь. Гусь (Владимир Гусинский, до 2000 года — владелец холдинга «Медиа-мост», контролировавшего канал НТВ. В июне 2000 года был арестован по обвинению в мошенничестве в особо крупных размерах, но вскоре освобожден за согласие передать НТВ под контроль «Газпрома» и уехал из России. — Б.С.). Он мне угрожал.
