Итак, происхождение и авторство манускрипта Войнича неизвестно. Первые упоминания о манускрипте относятся к его появлению в Праге во время правления короля Рудольфа II. Вильфрид Войнич считал, что манускрипт был продан Рудольфу алхимиками Джоном Ди или Эдвардом Келли, хотя факт их обладания книгой не подтвержден.
Первым точно установленным владельцем книги был упомянутый выше Якоб Хорчицки. Он служил химиком, лекарем и алхимиком при дворе Рудольфа II, и его подпись можно увидеть на первой же странице. Как книга попала к нему, пока не выяснено. Еще одним точно установленным владельцем книги является упомянутый в письме Марци «близкий друг». Первоначально им считали Дионисия Миссерони, ювелира из знаменитой в то время миланской династии, который действительно был дружен с Марци. Однако позже, после изучения переписки Кирхера, установили, что им является чешский алхимик Георг Бареш. После смерти Бареша книга и попала в руки Марци. Несмотря на то, что из письма Марци явствует, что он посылает Кирхеру книгу для расшифровки, нет точного свидетельства того, что книга дошла до Кирхера.
Начиная с момента написания письма Марци Кирхеру и до того времени, когда книга была найдена в иезуитском владении, расположенном на вилле Мондрагоне, ее точное местонахождение не установлено, хотя есть все основания полагать, что книга попала-таки к Кирхеру, который затем передал ее иезуитам. В 1912 году иезуиты, владевшие виллой, решили ее отреставрировать. Средства на реставрацию было решено получить за счет продажи части коллекции из примерно тысячи старинных манускриптов. Войнич конкурировал за право их приобретения еще с одним человеком, имя которого неизвестно, и выиграл. Всего он приобрел около тридцати книг. При этом одним из условий сделки было неразглашение информации о том, у кого были куплены книги. Войнич действительно сохранил эту информацию в тайне.
А жизнь Келли при императорском дворе складывалась замечательно. В своих опытах перед императором Келли пользовался скорее ловкостью своих рук и хитростью, нежели познаниями в металлургии, а молва и сплетни раздували его эфемерные успехи, как ветер раздувает пламя, и о нем в Праге знали все. Рудольф выплачивал ему огромное жалованье как придворному алхимику и пожаловал ему обширные земли. Он возвеличил этого интригана и шарлатана, провозгласив его рыцарем Богемского Королевства. Королевский патент, датированный 23 февраля 1590 года, провозглашал сэра Эдварда Золотым Рыцарем (Eques Auratus). Разрабатывая свои схемы алхимических трансмутаций, чтобы обмануть императора, Келли создал собственный рецепт, который сочетал в себе простоту, безопасность и оригинальность. Он заявил своему покровителю, что должен совершить проекцию августейшими руками самого императора; что он, Келли, не притронется к тиглям, углям и ингредиентам и даже не будет ассистировать своему господину в поддержании пламени в атаноре. Келли сконструировал большой деревянный ящик, достаточно крепкий, чтобы выдержать алхимический аппарат. В одном из отделений этого ящика он спрятал своего брата, который был весьма мал ростом и худощав, а также умел расположиться в самом ограниченном пространстве. Когда наступил день великого опыта, тяжелый ящик был по приказу Келли внесен в императорскую лабораторию, и из него доверенные алхимики Рудольфа извлекли тигли, щипцы, кузнечные мехи, уголь, а также глет, кристаллы сульфида мышьяка, буру и соль, необходимые для эксперимента. Рудольф, для которого эта работа не была в новинку, приступил к церемонии, и по его указанию пламя было разожжено до белого каления, а затем, как было условлено, все покинули лабораторию, дабы духи, которых призвал сэр Эдвард, могли свободно проявить свою волю. После того как император лично запечатал двери лаборатории, младший Келли выбрался из своего укрытия, разбил тигель, швырнул в него пригоршню золотых слитков, еще сильней раздул мехами пламя, а затем возвратился в ящик. В указанный час королевские слуги распечатали дверь, вошли в лабораторию и обнаружили, что в ней ничего не изменилось. Пламя продолжало гореть с необычайной силой, но вскоре после того, как дверь была открыта, угасло; тигель был разбит тяжелым молотом, а на дне его лежало несколько сияющих золотых слитков, восхитивших свидетелей. Император был теперь уверен, что в лице Золотого Рыцаря он созерцает чудо, а сам Келли сумел оценить блестящие конспиративные умения своего брата. При первой представившейся возможности деревянный ящик был возвращен в дом Келли, и узник был освобожден из этой своеобразной камеры.
Три полных года сэр Эдвард был фаворитом при дворе императора, с утра до ночи занимаясь работой в лабораториях, а также сплетнями и дебошами с шумными компаниями в «Золотом шаре». Ему было позволено наносить редкие визиты в резиденцию фон Розенберга неподалеку от Крумлова, и историки утверждают, что Келли выманил у чеха огромную сумму — около трех сотен тысяч флоринов. Это отчасти подтверждается тем фактом, что иностранец вскоре завладел ценными землями в Чешском государстве. Келли поселился в роскошных апартаментах и регулярно дарил дорогие подарки тем, кто сомневался в его благосостоянии. После свадьбы с одной из своих служанок Келли пожертвовал на благотворительность золотые кольца, стоившие четыре сотни фунтов.
Фортуна, которая так благоволила сэру Эдварду, неожиданно одарив его благосостоянием и благородными титулами, столь же внезапно отвернулась от него, и произошло это из-за одного непредвиденного события. Ссора с одним из слуг императора обернулась дуэлью, и Келли по несчастливой случайности убил своего противника. Рудольф осуждал дуэли и запрещал их и не сделал исключения даже для своего любимого алхимика. На самом деле император, похоже, боялся, что Келли сбежит из страны со всеми своими алхимическими секретами — королева Елизавета I убеждала Келли вернуться на родину. И Рудольф, и Елизавета, видимо, не сомневались в способности Келли производить золото в больших количествах, а император еще и надеялся, что тюремное заключение сможет склонить Келли к сотрудничеству. Испуганный яростью своего патрона, Келли попытался бежать, но был пойман драгунами и заключен в Белую башню на Градчанах; позже его перевели в Пурглитц и бросили там в страшную темницу. С человеком, упавшим с небывалых высот, обходились, как с обычным преступником: еду ему подавали через отверстие в двери его камеры, отказав ему в просьбе писать в камере книги. Но худшее ожидало его впереди: император, получив над ним безраздельную власть, решил выпытать у него секрет изготовления чудесного порошка, превращающего основные металлы в золото. Сэра Эдварда подвергли жесточайшим пыткам, а комендант крепости допрашивал его, пока он бился в агонии. В письме императорского секретаря к коменданту, датированном 8 февраля 1592 года, указаны вопросы, ответы на которые император желал вырвать у истерзанного узника. Ответов, естественно, не последовало.
Заключенный, потеряв надежду на спасение, решился на побег. Его друзья подкупили тюремщиков, опоили стражей отравой, раздобыли хороших лошадей и спрятали их в удобных укрытиях. Келли выбрался из своей камеры, но, спускаясь по веревке по стене темницы, упал с большой высоты, сломал ногу и повредил внутренние органы; он был тотчас схвачен и снова замурован в крепости, где смерть вскоре освободила его от страданий.
Вскоре после его смерти о Келли начали появляться легенды. Его яркая биография и в некотором смысле скандальная известность среди англоязычных историков — главным образом из-за связи с Ди, — возможно, сделали его прототипом традиционного образа алхимика-шарлатана. Любопытно, что Эдварда Келли обычно изображали умудренным жизнью старцем с длинной бородой, хотя умер он довольно молодым, в возрасте 42 лет.
