Начальник Генерального штаба
10 мая 1937 г. Б. М. Шапошников был назначен начальником Генерального штаба. В книге «Полководцы и военачальники Великой Отечественной» приводятся следующие слова А. М. Василевского: «В течение своей службы — сначала начальником Штаба РККА, а спустя несколько лет начальником Генерального штаба — Б. М. Шапошников последовательно решал вопросы, связанные с централизацией в руководстве Вооруженными Силами, боролся за осуществление четкой регламентации штабной службы на всех уровнях. Основные мысли, высказанные Б. М. Шапошниковым в труде „Мозг армии“, нашли отражение в ряде его докладов командованию Красной армии и Советскому правительству о реорганизации центрального военного аппарата, в проектах переустройств Генерального штаба РККА накануне и в ходе Великой Отечественной войны, в директивах об организации полевого управления войск. Ими он руководствовался при подборе кадров для Генерального штаба и воспитании у них необходимых качеств советского штабного работника. Б. М. Шапошников был последовательным сторонником объединения управления Вооруженными Силами в Генеральном штабе. В этих вопросах он выступал не только как военачальник, предлагающий реализовать какую-либо частную идею в боевой подготовке или в организационной структуре того или иного войскового организма, но и как государственный деятель, проявляющий заботу о необходимом пересмотре взглядов на всю структуру рабочего аппарата верховного командования и его роль в руководстве жизнью и боевой деятельностью Вооруженных Сил в целом. В практической своей деятельности как командующий войсками округа Борис Михайлович также выступал новатором. Командуя войсками Ленинградского военного округа в 1925–1927 гг., он стал инициатором разработки методики проведения войсковых учений и маневров с участием посредников и нейтральной связью. Этот опыт внедрялся им и в Московском военном округе, а затем стал достоянием всех округов».
Генерал армии А. В. Хрулёв так в своих воспоминаниях оценивал эту деятельность Шапошникова: «Сильной стороной Бориса Михайловича являлось умение организовать подготовку высших начальников и высших штабов. Военные игры он всегда проводил на сложном оперативном фоне, основу которого составлял, как правило, какой-либо исторический факт. На разборе игры он до мельчайших подробностей разбирал ошибки сторон и в заключение указывал, как следовало бы проводить эту операцию в современных условиях с современными техническими средствами. Военные игры, которые организовывал Б. М. Шапошников, были исключительно поучительными…»
Необходимо отметить, что благодаря своей феноменальной памяти Шапошников мог, не пользуясь записями, провести разбор крупных и сложных учений или без карты заслушать доклад о боевой обстановке, наизусть помня расположение войск и важные особенности рельефа местности.
Шапошников стал одним из немногих бывших офицеров царской армии, кому удалось не только не попасть в жернова сталинских репрессий, но и в конце 1930-х годов стать доверенным помощником вождя. Но цену за это пришлось заплатить немалую, выражая свою лояльность к власти и поддерживая осуждение ее жертв. Так, в июне 1937 г. Шапошников входил в состав Специального судебного присутствия, которое приговорило к смертной казни М. Н. Тухачевского, И. Э. Якира, И. П. Уборевича и других.
Перед началом войны с Финляндией Генеральный штаб проделал большую работу — был разработан подробный план боевых действий, предусматривавший быстрый разгром финской армии. Но для этого Шапошников предлагал использование резервов не только Ленинградского военного округа. Сталин выбрал другой, более «оптимистичный» план, разработанный командованием Ленинградского военного округа с участием заместителей наркома обороны командарма 1-го ранга Г. И. Кулика и армейского комиссара 1-го ранга Л. З. Мехлиса. Согласно этому плану, 7-я армия под командованием командарма 2-го ранга К. А. Мерецкова должна была за две недели прорвать «линию Маннергейма» на Карельском перешейке и разгромить главные силы финской армии. После того как попытка реализовать этот план провалилась, что стоило жизни тысячам советских воинов и падения престижа Красной армии на международной сцене, в конце декабря 1939 г. операция («маленькая победоносная война») была приостановлена, Сталин вернулся к плану, разработанному под руководством Шапошникова.
В декабре 1939 г. Б. М. Шапошников был награжден орденом Ленина за успешную работу по руководству оперативной деятельностью Красной армии, а 7 мая 1940 г. ему было присвоено звание Маршала Советского Союза. Но вскоре, в связи с подведением итогов советско-финской войны, в советской военной элите по приказу Сталина начались перемены. Маршал А. М. Василевский в своих мемуарах так описывает отставку Шапошникова в августе 1940 г. с должности начальника Генерального штаба и назначение вместо него генерала армии К. А. Мерецкова: «О том, что предшествовало перемещению Б. М. Шапошникова, я знаю со слов Бориса Михайловича. Как он рассказывал, И. В. Сталин, специально пригласивший его для этого случая, вел разговор в очень любезной и уважительной форме. После советско-финского вооруженного конфликта, сказал он, мы переместили Ворошилова и назначили наркомом Тимошенко. Относительно Финляндии вы оказались правы: обстоятельства сложились так, как предполагали вы. Но это знаем только мы. Между тем всем понятно, что нарком и начальник Генштаба трудятся сообща и вместе руководят Вооруженными Силами. Нам приходится считаться, в частности, с международным общественным мнением, особенно важным в нынешней сложной обстановке. Нас не поймут, если мы при перемещении ограничимся одним народным комиссаром. Кроме того, мир должен был знать, что уроки конфликта с Финляндией полностью учтены. Это важно для того, чтобы произвести на наших врагов должное впечатление и охладить горячие головы империалистов. Официальная перестановка в руководстве как раз и преследует эту цель.
— А каково ваше мнение? — спросил Сталин.
Исключительно дисциплинированный человек, Борис Михайлович ответил, что он готов служить на любом посту, куда его назначат. Вскоре на него было возложено руководство созданием оборонительных сооружений, он стал заместителем наркома обороны и направлял деятельность Главного военно-инженерного управления и управления строительства укрепленных районов.
Для нас, работников Генштаба, причина перевода Б. М. Шапошникова на другую должность осталась непонятной. Не скрою, мы очень сожалели об этом. Каждый из нас отлично сознавал, какой весомый багаж ценных знаний, особенно в области оперативного искусства, и какой богатейший опыт штабной службы приобрели мы, работая с Борисом Михайловичем и повседневно учась у него».
В августе 1940 г. Б. М. Шапошников был назначен на должность заместителя народного комиссара обороны СССР по сооружению укрепленных районов. После того как СССР присоединил страны Прибалтики, западные области Украины, Белоруссии и Бессарабию, прежняя оборонительная «линия Сталина» потеряла свое военное значение. Рубеж обороны был перемещен на 300 км западнее, где и возникла «линия Молотова», простиравшаяся от Балтийского моря до Карпат и состоявшая из 13 укрепленных районов.
Но к началу Великой Отечественной войны было завершено строительство только 880 из 5807 долговременных оборонительных сооружений. Готовность укрепрайонов к обороне составляла порядка 20 %.