Наиболее важной проблемой было командование ополчением. В нем практически не оказалось знати. Среди руководителей ополчения были два боярина — Дмитрий Трубецкой и Иван Заруцкий, но боярство их было липовое: в бояре их произвел «тушинский вор». Прокопий Ляпунов имел более низкое звание — думный дворянин, но он получил его законным путем. По уму и энергии Ляпунов существенно превосходил обоих «тушинских бояр». После долгих споров решено было сделать главными воеводами ополчения всех троих. Такое решение существенно ослабило ополчение как с военной, так и с политической точки зрения.
В апреле 1611 года Ляпунов, Заруцкий и Трубецкой привели ополчение к присяге, в которой говорилось: «Стоять заодно с городами против короля, королевича и тех, кто с ними стакнулся; очистить Московское государство от польских и литовских людей; не подчиняться указам бояр с Москвы, — а служить государю, который будет избран землей».
В ополчении возник постоянно действующий Земской собор. Собором было выбрано «правительство», которое, естественно, возглавили три главных воеводы ополчения. В противовес бездействующим московским Приказам при ополчении были созданы свои Приказы (нечто вроде современных министерств).
Власть «подмосковного правительства» признали 25 городов, в том числе Нижний Новгород, Ярославль, Владимир, Переславль-Залесский, Ростов, Кострома, Вологда, Калуга и Муром.
К сожалению, ни Земский собор, ни «правительство» не смогли не только предложить достойного кандидата на московский трон, но даже определить порядок избрания царя.
Прокопий Ляпунов оказался в чрезвычайно сложном положении. Он прекрасно понимал, что его, простого рязанского дворянина, никогда не выберут в цари. Выбирать на престол кого-нибудь из бояр, сидевших в Москве, то есть фактических врагов ополчения, не хотели ни Ляпунов, ни большинство ополченцев.
Трубецкой активно лез в цари, но ему тоже не хватало, знатности, да еще не было ни ума, ни способностей. К трону рвался и «боярин» Заруцкий. Лихой казак хотел получить шапку Мономаха через постель. Заруцкий поселил свою «подругу» Марину Мнишек в Коломне и часто наведывался к ней. Свою же законную супругу «боярин» упек в монастырь. Заруцкий понимал, что агитация за себя самого или даже за Марину вызовет возмущение ополчения. Поэтому он через подставных лиц начал агитировать за «воренка» Ивана, сына Марины и «тушинского вора».
Узнав о планах Заруцкого, патриарх Гермоген немедленно разразился «обличениями». Он написал несколько грамот к воеводам ополчения, чтобы они не выбирали на царство «проклятого Маринкина паньина сына». На всякий случай патриарх продублировал это предостережение в грамотах в Нижний Новгород, Казань и другие города, добавив призыв «отвергнуть воренка», если казаки выберут его на царство «своим произволом».
В такой ситуации Ляпунов решил вступить в сношения со шведским королем, чтобы прозондировать возможность возведения на престол его сыновей — старшего Карла-Филиппа или младшего Густава-Адольфа. К шведам поехал воевода Василий Иванович Бутурлин.
Вблизи Новгорода состоялись переговоры Бутурлина со шведским командующим Делагарди. Бутурлин заявил: «Мы на опыте своем убедились, что сама судьба Московии не благоволит к русскому по крови царю, который не в силах справиться с соперничеством бояр, так как никто из вельмож не согласится признать другого достойным высокого царского сана». Поэтому вся земля просит шведского короля дать на Московское государство одного из сыновей. Переговоры затянулись, так как шведы, подобно полякам, требовали прежде всего денег и городов.
А между тем в Новгороде происходили явления, которые давали Делагарди надежду легко овладеть им. По шведским данным сам Бутурлин, ненавидевший поляков и подружившийся с Делагарди еще в Москве, дал ему теперь совет занять Новгород. По русским данным между Бутурлиным и воеводой князем Иваном Никитичем Одоевским Большим было несогласие, мешавшее последнему принять деятельные меры для безопасности города. Бутурлин общался со шведами, торговые люди возили к ним всякие товары, и когда Делагарди перешел Волхов и стал у Колмовского монастыря, то Бутурлин продолжал общаться с ним и здесь. В довершение всего между ратными и посадскими людьми не было единогласия.
8 июля 1611 года Делагарди попытался взять Новгород штурмом, но понес большие потери и вынужден был отступить. К шведам попал в плен Иван Шваль — холоп дворянина Лухотина. Шваль знал, что город плохо охраняется, и обещал провести туда шведов. И действительно, в ночь на 16 июля холоп провел шведов через Чудинцовские ворота так, что никто этого не заметил. О присутствии шведов в городе стало известно только тогда, когда они напали на сторожей.
Первое сопротивление шведы встретили на площади, где находился Бутурлин со своим отрядом. Но сопротивление это было непродолжительным — вскоре Бутурлин отступил за стены города, а его казаки и стрельцы ограбили все встретившиеся им на пути лавки и дворы под тем предлогом, чтоб добро не досталось шведам.
Было еще сильное, но бесполезное сопротивление в двух местах. Стрелецкий голова Василий Гаютин, дьяк Анфиноген Голенищев, Василий Орлов и казачий атаман Тимофей Шаров с отрядом из сорока казаков решились защищаться до последнего. Шведы уговаривали их сдаться, но они предпочли погибнуть за православную веру. Софийский протопоп Аммос заперся на своем дворе с несколькими новгородцами, они долго отбивались от шведов, перебив многих из них. Аммос был в это время под запрещением у митрополита Исидора. Митрополит служил молебен на городской стене, видел подвиг Аммоса, заочно простил и благословил его. Шведы, озлобленные сопротивлением, подожгли двор протопопа, и он погиб в пламени со своими товарищами: ни один не дался живым в руки шведам.
Это были последние защитники Новгорода. Митрополит Исидор и князь Одоевский, видя, что ратных людей нет в городе, послали договариваться с Делагарди. Первым условием была присяга новгородцев шведскому королевичу. Делагарди со своей стороны обязался не разорять Новгород и был пущен в кремль. До прибытия королевича новгородцы должны были повиноваться Делагарди.
В находившемся рядом Пскове царило безвластие. Но, как говорится, свято место пусто не бывает. 23 марта 1611 года в Иван-городе появился «вор» Сидорка, назвавшийся царевичем Димитрием (Лжедмитрий III). Самозванец рассказал горожанам, что он якобы не был убит в Калуге, а «чудесно спасся» от смерти. В Иван-городе на радостях три дня звонили в колокола и палили из пушек.
Лжедмитрий III вступил в переговоры со шведским комендантом Нарвы Филиппом Шедингом. Когда шведский король узнал из донесения Шединга о явлении спасенного Димитрия, то направил в Иван-город своего посла Петрея, в свое время бывшего в Москве и видевшего Лжедмитрия I. Прибыв в Иван-город, Петрей увидел перед собой явного проходимца, после чего шведы прекратили всякие контакты с ним.
Идея возвести на престол шведского королевича вызвала яростное сопротивление казаков. Им куда интереснее было иметь на престоле своего царя, например, того же «воренка» с регентом Заруцким или даже самого Заруцкого. А поведение шведов в Новгороде давало возможность взыграть «патриотическим чувствам казачества».
