В самый разгар событий в кремль прибыли архимандрит Феодорит и игумен Савватий. В тот день они оба служили обедню в одном монастыре. Феодорит и Савватий попытались остановить самосуд. Они «ухватили» жену Битяговского с дочерьми «и отняли их и убити не дали».
Феодорит и Савватий видели в церкви рядом с телом царевича «за столпом» Осипа Волохова, сильно израненного. Но они не смогли, а скорее всего не захотели спасти Осипа. Зато Василиса Волохова отчаянно боролась за жизнь сына. Она просила Марию Нагую «дати ей сыск праведной». Но царица была неумолима. Едва только Савватий и Феодорит вышли из церкви, она выдала Осипа на расправу толпе, сказав: «То деи убоица царевича». Обратим внимание, что убийство Осипа Волохова произошло через несколько часов после того, как Мария Нагая увидела труп сына. И за это время ни она, ни ее братья не задумались о том, чтобы учинить «сыск праведной». А ведь Осип по версии Нагих и был убийцей царевича. Если бы Осип убил Димитрия, то его ожидали бы жесточайшие пытки, а затем мучительная казнь. Это было прекрасно известно как Марии Нагой, так и Василисе Волоховой. Если бы Осип был убийцей, то мать обрекала бы на дикие муки не только его, но и самою себя. В Средние века известны десятки случаев, когда матери подкупали палачей и других людей, чтобы те быстро убили их сына и тем самым избавили его от квалифицированной казни. А тут все наоборот — концы в воду прячет Мария Нагая с братцами.
Позже противники Годунова будут утверждать, что Василису Волохову направил в Углич Борис Годунов. Это подхватят падкие до сенсаций писатели. Вспомним драму А. К. Толстого «Царь Федор Иоаннович». На самом же деле Волохова много лет служила «постельницей» при Иване Грозном — ведала бельем в царской опочивальне. Она пользовалась полным доверием подозрительного царя. После смерти Грозного Василиса осталась при его вдове. Уже в Угличе Василиса выдала свою дочь замуж за Никиту Качалова, племянника ненавистного царице дьяка Михайлы Битяговского. Мария Нагая сочла это предательством, и Василиса из любимиц превратилась в предмет ненависти царицы.
Всего 15 мая по приказу Нагих толпа линчевала пятнадцать человек. Трупы их были брошены в ров у стен угличского кремля. На третий день в Углич должна была прибыть следственная комиссия из Москвы. Лишь теперь до Нагих дошло, что за убийства придется отвечать. Ночью накануне приезда комиссии Михаил Нагой и его сторонник в администрации приказчик Русин Раков решили сфабриковать улики, свидетельствовавшие о виновности убитых. В этом им помогали слуга Григория Нагого Борис Афанасьев и холоп Михаила Нагого Тимофей. В частности, Тимофей принес живую курицу и зарезал ее. Кровью курицы были измазаны несколько длинных ногайских ножей и железных палиц, которые Русин Раков отнес в ров и положил на трупы Битяговских и их сторонников.
Руководить следствием в Угличе Боярская дума, а не один Борис Годунов, назначила Василия Ивановича Шуйского. К этому времени он был возвращен из ссылки и занял свое место в Боярской думе. Позже ряд историков и особенно писателей будут утверждать, что-де Шуйский стал зависимым клиентом, чуть ли не агентом Годунова. На самом деле Василий Иванович Шуйский был самым хитрым и изворотливым из бояр Шуйских. Ни о какой рабской зависимости Василия Шуйского от Годунова не могло быть и речи. Хотя с братьев Василия Шуйского и не была снята опала, они сохранили большинство своих вотчин. Богатейшими вотчинниками и членами думы оставались Скопины-Шуйские, которых опала вообще не коснулась. В такой ситуации расправа Годунова над руководителем следственной комиссии Василием Шуйским могла стоить Борису головы.
От церковных властей в состав комиссии вошел митрополит крутицкий Геласий. Заметим, что Годунова безоговорочно поддерживал патриарх Иов, но в церковных верхах была сильна оппозиция Годуновым. Мы увидим, что она сохранится, даже когда Борис станет царем. Никому из противников Годуновых не пришло в голову обвинять Геласия в прислужничестве Борису Годунову.
Важную роль в комиссии играли окольничий Андрей Петрович Клешнин и думный дьяк Елизар Вылузгин. Клешнин действительно поддерживал хорошие отношения с Годуновым, но, что гораздо более важно, он был зятем Михаила Нагого. Елизар Вылузгин заведовал Поместным приказом и среди приказных чиновников занимал одно из первых мест. В Угличе он имел в своем распоряжений штат подьячих, на которых и лежала вся практическая организация следствия. Члены комиссии принадлежали к различным придворным группировкам. Все они шпионили друг за другом, пристально следили за всеми действиями своих «коллег», чтобы использовать в своих интересах любую малейшую их оплошность. Таким образом, утверждение, что-де все члены комиссии были приверженцами Годунова, является досужим вымыслом.
Ряд историков XIX века, пристрастно относившихся к Годунову, выступали с утверждением, что дошедшее до нас следственное дело о смерти царевича представляет собой подделку. Сразу же бросались в глаза следы поспешной обработки «углицкого дела». Кто-то разрезал и переклеивал листы, придавая им неправильный порядок. Начало вообще исчезло.
Реконструировать следственное дело взялся его издатель В. К. Клейн. Он обратил внимание на ржавые пятна, покрывавшие многие страницы. Пятна были различной величины, но имели одинаковую конфигурацию. Это дало основание Клейну предположить, что документ пострадал от влаги еще в то время, когда хранился в архиве свернутым в свиток. Больше всего пострадали наружные листы, ближе к центру размер пятен уменьшался, а внутренние листы были и вовсе чистыми, так как влага туда не проникла. Учитывая размеры пятен, Клейн уложил разрезанные листы в нужном порядке, и сразу появился связный и полный текст. Отсутствовали лишь первые листы, которые, очевидно, намокли больше всего и затем просто отвалились. В Средние века на Руси принято было рукописи скатывать в свитки, и последние листы оказывались наружными. В «углицком деле» почему-то, наоборот, наружными были первые листы. Это и не удивительно. Ведь чтобы прочитать свиток, его надо было перемотать, чтобы начало оказалось снаружи. И в архивах рукописи всегда хранились уже подготовленными для чтения, то есть перемотанными. Это и объясняет, почему подмокли именно первые листы, а не последние. Во времена царствования Петра I архивы перешли на новую систему хранения документов. Большие и неудобные для чтения свитки архивариусы перекомпоновывали в тетради. Они-то и разрезали угличское дело на отдельные листы, которые потом оказались перепутанными.
Есть мнение, что сохранившееся угличское дело — это беловик, составленный в Москве канцелярией Бориса Годунова, а черновики допросов, написанные в Угличе, не дошли до наших дней. Палеографическое исследование рукописи опровергает эту версию. «Углицкое дело» написано многими писцами, можно выделить шесть основных почерков писцов. Кроме того, в тексте документа имеется не менее двадцати подписей свидетелей из Углича. Все подписи строго индивидуализированы и отражают степень грамотности писавших. Не могли же все эти свидетели приехать из Углича в Москву, чтобы подписать беловик.
По прибытии в Углич комиссия подробно опросила сотни людей. Первым делом члены комиссии тщательно осмотрели трупы царевича Димитрия и жертв самосуда Нагих. Естественно, ни у кого не возникло и тени сомнения, что погиб именно царевич Димитрий, а не какой-то другой мальчик. Отпевание царевича вел лично митрополит Геласий в присутствии других членов комиссии.
