Значительную роль в отражении первого штурма сыграли личный состав и артиллерия эскадры, возвратившейся в базу после неудачной попытки прорыва во Владивосток. Именно накануне и в начале штурма особенно остро встал вопрос о максимальном использовании сил эскадры для дальнейшей обороны крепости. В это время командир броненосца «Ретвизан» капитан 1-го ранга Э.Н. Щенснович представил временно исполнявшему обязанности командующего эскадрой контр-адмиралу П.П. Ухтомскому докладную записку, в которой говорилось о невозможности прорыва эскадры в полном составе. Автор записки полагал целесообразным организовать прорыв отдельных кораблей. В случае отказа от дальнейших попыток прорыва Щенснович предлагал блиндировать корабли и примкнуть их к мелям, оставив на них минимальные команды для организации перекидной стрельбы, а остальными силами оказать помощь сухопутным войскам.
Совещание флагманов и командиров кораблей 1-го ранга, состоявшееся 6(19) августа, единогласно признало, что эскадра не сможет прорваться во Владивосток. Большинство участников совещания отрицательно отнеслись и к возможности прорыва отдельных кораблей. Совещание приняло решение использовать личный состав эскадры, ее артиллерию и боеприпасы на сухопутном фронте, а сами корабли подготовить для ведения боя на якоре.
Исходя из этого, перед кораблями были поставлены задачи по обстрелу сухопутных позиций противника перекидным огнем непосредственно из гавани и с моря (для чего планировались выходы отдельных кораблей), по постановке мин в районе действия блокирующих кораблей противника, посылке миноносцев для разведки и атак японских кораблей30.
В последующие дни с кораблей и из порта было передано на фронты сухопутной обороны крепости 120 орудий различных калибров, включая 6-дюймовые, и значительное количество боеприпасов. Для обслуживания переданных орудий были выделены команды из состава экипажей кораблей.
На кораблях началось формирование десантных рот, которые направлялись на усиление различных участков сухопутной обороны. Во время первого штурма крепости 8(21) августа с эскадры было свезено на берег и направлено на передовые позиции 7 десантных рот общей численностью 2267 человек.
Корабли приняли также непосредственное участие в отражении японских атак, обстреливая позиции и штурмовые колонны. Перекидной огонь с броненосцев, стоявших в гавани, корректировался с берега и наносил противнику большие потери. Артиллеристы броненосца «Ретвизан», например, своим огнем взорвали японский пороховой погреб и подавили несколько батарей. Весьма эффективным был огонь и с других кораблей.
Оказывая помощь гарнизону Порт-Артура, командование эскадры принимало меры и по борьбе с блокирующими кораблями противника. Так, 6(19) августа миноносец «Скорый» поставил 14 мин в районе острова Кэп, который часто посещался японскими кораблями31.
С 12(25) августа в районе Порт-Артура наступило относительное затишье. Обе стороны прекратили атаки. Японская артиллерия вела лишь методический обстрел русских оборонительных позиций, города и порта. Провал первого штурма вынудил японское командование перейти к длительным осадным работам на всем протяжении сухопутного фронта обороны.
В качестве главного направления постепенной атаки был избран участок Восточного фронта от батареи литера «Б» до укрепления № 3. В деревне Тюйдатунь сосредоточивались большие запасы различных строительных материалов и шанцевого инструмента. Уже 12(25) августа японцы заложили первую параллель против промежутка между фортами № II и III.
Во всех деревнях в тылу армии и в непосредственной близости от передовых позиций были устроены склады боеприпасов, продовольствия и другого военного имущества. Телефонное сообщение связывало все батареи, штабы и наблюдательные пункты между собой и со штабом армии. В начале сентября в 3-ю японскую армию прибыло около 15 тыс. новобранцев и резервные батальоны. Таким образом, потери, понесенные во время августовских боев, были восполнены. Пополнился также и парк японской осадной артиллерии.
Гарнизон Порт-Артура в это время проводил усиленные работы по восстановлению и укреплению своих позиций и усилению крепости артиллерией. Генерал Кондратенко лично осмотрел наиболее пострадавшие от огня вражеской артиллерии укрепления Восточного фронта и наметил ряд мероприятий по их исправлению и улучшению. Защитники крепости, используя временно наступившее затишье, заделывали бреши в Китайской стенке, утолщали бруствера, устраивали проволочные заграждения, сооружали новые траншеи, окопы и укрытия для личного состава. Перед укреплениями, где имелись мертвые пространства, закладывались фугасы. Кроме того, начались инженерные работы впереди Китайской стенки с целью задержать продвижение подкопов противника в этом направлении.
Широкое распространение среди гарнизона крепости получило в это время изобретательство. Оборонявшиеся приступили к изготовлению ручных гранат, в эффективности которых гарнизон крепости убедился на собственном опыте во время первого штурма. В артиллерийской мастерской Порт-Артура в августе были сконструированы первые образцы минных мортир. Для их изготовления использовались метательные минные аппараты, состоявшие на вооружении паровых катеров и метавшие с помощью пороховых зарядов мины калибром 225 мм и весом 75 кг, а также гладкоствольные медные гаубицы, стволы которых укорачивались и устанавливались на деревянных стойках. Для этих мортир применялись мины весом около 8 кг, также выпускаемые артиллерийской мастерской.
Наряду с минными мортирами рабочие, инженеры и техники той же мастерской сконструировали аппараты для метания шестовых мин. Создание и эффективное применение минных мортир защитниками Порт-Артура для разрушения полевых укреплений противника и поражения его живой силы в укрытиях свидетельствует о зарождении нового вида оружия — минометов.
Совершенствовалось также и управление огнем артиллерии. Для каждого фронта сухопутной обороны были назначены начальники артиллерии и при них созданы штабы. Начальниками артиллерии фронтов стали наиболее опытные артиллеристы: Восточного — полковник Б. Мехмандаров, Северного — капитан В.К. Журавский, Западного — подполковник Н.А. Романовский. Управление огнем батарей Приморского фронта осуществлялось непосредственно начальником артиллерии крепости генералом В.Ф. Белым и его штабом. Эти мероприятия способствовали централизации управления огнем и позволяли вести более эффективную борьбу с артиллерией противника и наносить его пехоте большие потери.
В целом к концу августа — началу сентября крепость, получив подкрепления с кораблей эскадры и исправив разрушенные укрепления, смогла полностью восстановить свою боеспособность и была не менее сильна, чем накануне первого штурма.
Восполнив свои потери, командующий 3-й японской армией генерал Ноги 18(31) августа принял решение возобновить активные действия против крепости. Новый штурм предполагалось направить не против главной линии укреплений Порт-Артура, а против передовых позиций Северного и Западного фронтов, расположенных на горах Высокая и Длинная, у Кумирненского и Водопроводного редутов, овладение которыми было крайне необходимо японцам для того, чтобы приблизить свои осадные работы к линии фортов. Таким образом, второй штурм планировалось осуществить в виде двух одновременных атак на пункты, далеко отстоящие один от другого. Японские войска на направлениях планируемых ударов имели примерно трехкратное превосходство над оборонявшимися, а на отдельных участках — десятикратный перевес.