Новый штурм был назначен на 6(19) сентября. В 12 часов 40 осадных орудий и 48 полевых горных орудий начали бомбардировку Водопроводного и Кумирненского редутов и других укреплений Северного фронта. Особенно интенсивному обстрелу подвергся Водопроводный редут, по которому было выпущено около 1 тыс. снарядов. В 18 часов бомбардировка Водопроводного редута прекратилась, и японская пехота тотчас же пошла в атаку, буквально забрасывая оборонявшихся ручными бомбочками. Солдаты 11-й роты 26-го полка во главе с поручиком Длусским мужественно защищались. Уже через час ожесточенного боя в гарнизоне редута насчитывалось не более 30 человек.
В течение вечера и ночи на редут прибыли четыре стрелковые роты и рота пограничной стражи. Бой не прекращался всю ночь. Противник все время бросал в атаку свежие резервы. Положение защитников Водопроводного редута становилось критическим: иссякли запасы гранат и патронов, на развалинах редута оборонялись всего 11 измотанных солдат во главе с начальником пограничной стражи подполковником П.Д. Бутусовым. Стало совершенно очевидным, что далее удерживать редут невозможно. В 5 часов 7(20) сентября генерал Кондратенко приказал оставить его.
Ожесточенный бой за Кумирненский редут начался в 16 часов 6(19) сентября. На рассвете следующего дня артиллерийский обстрел редута возобновился. Бомбардировка продолжалась два часа. Более двух батальонов наступали одновременно с фронта и с обоих флангов, стараясь окружить редут. Вскоре японские солдаты, наступавшие с фронта, ворвались в наружный ров редута и забросали его защитников ручными бомбочками. Другой отряд японцев обошел редут с правого фланга. Попытка выбить противника из редута не увенчалась успехом. Около 10 часов 7(20) сентября Кумирненский редут и соседние с ним окопы были оставлены русскими войсками.
Одновременно со штурмом Водопроводного и Кумирненского редутов упорные бои разгорелись за горы Длинная и Высокая. Ранним утром 6(19) сентября в этом районе наблюдалось передвижение японских войск. 7(20) сентября после сильнейших артобстрелов и тяжелых боев с противником русские войска оставили позиции на горе Длинная. Последними оставили свои позиции 46 моряков во главе с подпоручиком Седльницким22. Вместе с тем все атаки противника на гору Высокая и второй штурм Порт-Артура 10(23) сентября были отбиты окончательно. При этом японцы потеряли около 7,5 тыс. человек, захватив лишь Кумирненский и Водопроводный редуты и гору Длинная. Главный объект атак, гора Высокая, устоял. Потери русских войск не превысили 1,5 тыс. человек.
Вместе с тем переход горы Длинная в руки японцев имел весьма серьезные последствия. Прежде всего они приобрели удобный и близкий исходный пункт для постепенной атаки на горы Высокая и Плоская. С вершины Длинной открывался вид на значительную часть внутреннего рейда. Установив на вершине наблюдательный пост, японцы тотчас же стали обстреливать корабли эскадры. При этом огонь был гораздо эффективнее, чем раньше. Правда, после того как русские приблизили корабли к берегу, попадания стали реже.
Раннее утро на русской батарее во время осады.
Неудача второго штурма не поколебала уверенности японского командования в успехе, подогревавшемся многочисленными милитаристскими демонстрациями, проходившими в те дни в японской столице. Английский военный агент Д. Джемс сообщал: «Уличная толпа не переставала кричать, что надо сделать так, чтобы Порт-Артур пал; как это исполнить точно, не указывалось, но он должен был пасть, и немало триумфальных арок из зелени пожелтели и засохли, пока он все падал»23.
Осадные работы, не прекращавшиеся в дни сентябрьского штурма, продолжались после его окончания с еще большей настойчивостью. Командующий М. Ноги, не желая более распылять свои силы, избрал для следующей атаки один Восточный фронт. Главными объектами нового штурма были намечены форт № III и укрепление № 3, к которым спешно прокладывались передовые японские параллели. Уже 10(23) октября они находились на расстоянии до 50-100 м.
Одновременно с усиленными инженерными работами японцы вели интенсивный артиллерийский обстрел крепости. Артиллерия должна была пробить в укреплениях бреши для штурмовых колонн и уничтожить средства защиты.
Продвижение японцев вперед с помощью параллелей и апрошей сопровождалось частыми атаками с их стороны. Японскому командованию казалось, что теперь путь для дальнейшей успешной атаки на главную линию фортов Восточного фронта был проложен. 12(25) октября была отдана диспозиция для штурма. С утра 13(26) октября началась усиленная бомбардировка укреплений Восточного фронта, города и порта. В бомбардировке участвовали все осадные орудия 3-й японской армии и 18 11-дюймовых гаубиц. Сосредоточенный огонь 11-дюймовых гаубиц, 6-дюймовых мортир, пушек и метательных мин нанес значительные повреждения оборонительным сооружениям. Были разрушены многие стрелковые окопы, бруствера фортов и укреплений, повреждены многие орудия.
Всего через три часа после начала штурма все атаки японцев на главных направлениях были отражены. Им удалось закрепиться лишь в открытом капонире № 2. Огонь японской артиллерии постепенно стал стихать, а в 15 часов 35 минут совершенно прекратился. Остатки штурмовых колонн отступали разрозненными группами к своим исходным позициям, поражаемые огнем с укреплений Восточного фронта. Убедившись в полном провале штурма, Ноги отказался от введения в дело двух резервных колонн и остальных сил осадной армии.
В последующие дни гарнизон Порт-Артура ожидал возобновления штурма, но противник ограничился лишь артиллерийской бомбардировкой. Подарка ко дню рождения микадо так и не получилось.
Неудача октябрьского штурма вынудила японское командование в более широких масштабах прибегнуть к подземно-минным работам для сближения с русскими фортами и укреплениями с целью подготовить таким образом выгодные исходные позиции для очередного штурма крепости. Начался новый период в битве за Порт-Артур — период так называемой минной войны.
Действия японцев сводились к двум основным целям. Они стремились подвести под основные форты минные галереи и взорвать их, расчистив тем самым своей пехоте путь для прорыва вглубь обороны русских войск. Одновременно японская артиллерия должна была сильным и систематическим огнем разрушить крепостные укрепления и нанести возможно большие потери личному составу их гарнизонов. Только после этого японское командование намеревалось предпринять новый штурм.
Положение гарнизона Порт-Артура, особенно с продовольствием, к исходу третьего штурма значительно ухудшилось. Уже с сентября в городе не было мяса; защитники питались кониной, да и та выдавалась два раза в неделю. Время для заготовки продовольствия было упущено.
Непрекращающиеся боевые действия и артиллерийские обстрелы, интенсивные работы по восстановлению разрушенных противником оборонительных сооружений, а также плохое качество пищи изнуряли солдат и офицеров, среди которых было много больных. Госпитали и больницы были переполнены ранеными и больными, медицинское обслуживание которых из-за нехватки врачей, санитаров, медицинского оборудования, перевязочных средств и лекарств оставляло желать лучшего.
