Что же касается версии об изначальной ненависти Софьи Алексеевны к Наталье Кирилловне, укоренившейся в сознании историков под влиянием авторитетного мнения С. М. Соловьева, то, как отмечалось выше, для подобных чувств не имелось никаких причин, поскольку падчерице и мачехе до поры ничего было делить. Приход в царскую семью Натальи только улучшил положение Софьи и ее сестер, ощутивших первый ветерок свободы в затхлом теремном заточении. Теперь же прежние строгие порядки возвращались в царскую семью вопреки воле юного царя, и Софья не могла об этом не сожалеть. Кроме того, царевна вряд ли была готова поддерживать во всех делах Ивана Милославского, который, если судить по дальнейшим событиям, по-человечески был ей антипатичен. Однако всё это лишь предположения — об истинных мыслях и чувствах юной Софьи, к сожалению, никто не знает.
В последующие три года наиболее влиятельными фигурами при дворе являлись царевна Ирина Михайловна, Иван Милославский, Богдан Хитрово и князь Юрий Долгорукий, уравновешивающие друг друга на вершине власти. Вдовствующая царица Наталья Кирилловна оставалась в Кремлевском дворце с детьми Петром и Натальей (младшая дочь Феодора умерла 28 ноября 1677 года в трехлетнем возрасте). Ей был выделен маленький, но достаточный штат придворных, так что ни она, ни младшие дети покойного государя ни в чем не нуждались. Царь Федор не любил Наталью Кирилловну, но к братику и сестренке относился с нежностью и теплотой.
В летние месяцы вдовая царица с детьми спешила уехать из столицы в подмосковную резиденцию — Воробьево или Преображенское. Второе село со временем стало основным местом ее пребывания. Здесь на деревенских просторах рос будущий император Петр Великий, на всю жизнь сохранивший любовь к природе и ненависть к замкнутому и церемонному быту Кремля. Преображенскому вскоре суждено будет войти в русскую историю в качестве своеобразного символа борьбы Петра за власть и места рождения русской гвардии.
Важнейшим внешнеполитическим событием царствования Федора Алексеевича стала война (1677–1681), которая началась нападением объединенного войска турок и крымских татар на обороняемую русскими войсками крепость Чигирин на Правобережной Украине. В ходе кампании 1677 года крепость выдержала трехнедельную осаду шестидесятитысячной вражеской армии, а 28 августа войска под командованием боярина князя Григория Григорьевича Ромодановского и малороссийского гетмана Ивана Самойловича разгромили турецко-татарские силы. Однако в июле 1678 года 80 тысяч турок и 30 тысяч крымских татар вновь появились под Чигирином. После нескольких сражений с войсками Ромодановского и Самойловича они предприняли штурм крепости и сумели овладеть частью города. В ночь с 11 на 12 августа русские полки вынуждены были покинуть почти полностью разрушенный Чигирин. За сдачу крепости Ромодановский впоследствии незаслуженно подвергался обвинениям в предательстве, которые в конце концов и привели к его гибели во время майского мятежа 1682 года. Однако в действительности Чигирин был оставлен в соответствии с личным распоряжением царя Федора.
Военные расходы вызвали увеличение налогового бремени. В августе 1677 года государство было вынуждено отменить церковные «тарханы» — освобождение от налогов вотчин духовных землевладельцев. С архиереев и монастырей начали брать «запросные деньги» на жалованье ратным людям. С Троице-Сергиева монастыря взяли десять тысяч рублей, с Валдайского Иверского монастыря — тысячу, с Успенского Тихвинского — 300 рублей и т. д.
Примечательно, что монахи Иверского монастыря при этом попытались прибегнуть к заступничеству царевен. В конце февраля — начале марта 1678 года они обратились с просьбой к игуменье Новодевичьего монастыря, «чтоб она побила челом благоверным царевнам». Та побывала в кремлевской резиденции, где просила царевен похлопотать за иверских монахов, «и благоверные де царевны Евдокия и София Алексеевны реклися брату своему великому государю о тех наших делах заступить во благополучное время, а ныне де не время, потому что готуются к Божественным Тайнам». Историк П. В. Седов, обнаруживший процитированный документ, отметил: «Этот новый факт является первым известием об участии царевны Софьи в политической жизни… Очевидно, монахи… были осведомлены о том, что царевна играет важную роль при дворе и способна повлиять на юного государя».
Вскоре ситуация в Кремлевском дворце начала меняться. В начале 1679 года со смертью царевны Ирины Михайловны женская йоловина царской семьи освободилась от «старорежимной» тирании. Вздохнул с облегчением и царь Федор, которому не нужно было теперь следовать указаниям жесткой и волевой ревнительницы старины. Уже в следующем месяце государь поспешил организовать дворцовую типографию под руководством Симеона Полоцкого. Это был первый серьезный шаг к возвращению и продолжению культурных нововведений Артамона Матвеева. К несчастью, 25 августа 1680 года Симеон Полоцкий скончался; однако типография осталась в надежных руках продолжателя его дел Сильвестра Медведева. Смерть любимого учителя стала большим горем для Софьи. Теперь процесс ее десятилетнего обучения под руководством выдающегося педагога закончился, и дальше ей предстояло пополнять свои знания уже самостоятельно.
В том же году произошли новые изменения в составе правящей верхушки. Весной 1680 года умер Богдан Хитрово, из прежних лидеров остались только Иван Милославский и князь Юрий Долгорукий. Одновременно Федор Алексеевич по собственной инициативе возвысил князя Василия Голицына, ставшего его основным советником по военным и политическим делам.
Летом 1680 года здоровье царя Федора на время улучшилось, что было использовано им для обретения самостоятельности. Первым независимым шагом стала женитьба 18 июля 1680 года на дочери московского дворянина польского происхождения Агафье Семеновне Грушецкой. Против этого брака выступали и Иван Милославский, и все царевны, но государь никого не послушал. С момента царской женитьбы Милославский всё больше терял влияние. У Федора Алексеевича появились новые фавориты из числа незнатных дворян, выдвинувшихся на службе в дворцовом ведомстве. Главным из них стал Иван Максимович Языков, пожалованный в августе 1680 года и окольничие и получивший должность оружничего — руководителя Оружейного приказа. Тогда же возвысились братья Алексей и Михаил Тимофеевичи Лихачевы: первый получил место главного постельничего, а второй возглавил Цареву Мастеровую палату.
Между тем женитьба Федора Алексеевича повлекла за собой серьезные изменения в придворном быту. Сильная и волевая царица Агафья, воспитанная на польский манер, не побоялась бросить открытый вызов косным старомосковским традициям. Датский комиссар Генрих Бутенант в октябре 1680 года отметил в донесении в Копенгаген: «Во многих вещах видны большие изменения: императрица показывается из публике и часто сидит с его царским величеством в карете, в которую он ей помогает подниматься и выходить, чего никогда раньше не видано».
Молодая царица совершила переворот в женской придворной моде — стала носить маленькую шапочку по-польски, оставляя волосы частично открытыми. Появление замужней женщины в таком виде по московским понятиям считалось верхом неприличия.
Вне всякого сомнения, Агафья Семеновна произвела настоящую революцию в женской половине царской семьи, главой которой теперь являлась. Именно с этого момента начинается новая жизнь Софьи и ее сестер. Под влиянием царицы они стали заходить в апартаменты государя, не стеснялись расхаживать по мужской половине дворца и даже открыто появляться на улице. Агафье Семеновне суждено было пробыть русской царицей всего год, но произведенная ею придворная «революция» закрепила свободу царевен и способствовала тому, что Софья Алексеевна два года спустя смогла открыто выйти на арену политической борьбы.
