Через два дня Василию и Алексею Голицыным был объявлен приговор от имени царей Ивана и Петра:
«…как они, великие государи, изволили содержать прародительский престол, и сестра их, великих государей, великая государыня благоверная и великая княжна Софья Алексеевна, без их великих государей совету, во всякое самодержавие вступила, и вы, князь Василей и князь Алексей, отставив их великих государей, и угождая сестре их государевой и доброхотствуя, о всяких делех мимо их великих государей докладывали сестре их; а им, великим государем, в то время было неведомо. Да ты ж, князь Василей, посылал в Малороссийские городы их великих государей грамоты, велел печатать в книгах имя сестры их великих государей, великия государыни благоверный царевны без их великих государей указу. Да ты ж князь Василей прошлого 197 (1689. — В. Н.) году послан с их великих государей ратными людьми в Крым и, дошед до Перекопи, промысла никакого не учинил и отступил прочь, и тем своим нерадением их государской казне учинил великие убытки, а государству разорение и людем тяжесть. И за то указали великие государи: отнять у вас честь боярство, а поместья ваши и вотчины отписать на себя великих государей, и послать вас в ссылку в Каргополь…»
Леонтий Неплюев также был лишен «чести боярства», подвергся конфискации поместий и вотчин и ссылке в Пустозерск. Венедикту Змееву велено было «жить в Костромской его деревне до указу». Емельян Украинцев сумел вовремя отмежеваться от своего патрона Голицына и сохранил за собой пост дьяка Посольского приказа, оставаясь по сути вершителем внешней политики России при формальном руководстве бездарного и малообразованного Льва Нарышкина.
Федор Шакловитый подвергался допросу несколько дней. Сразу после доставки его в Троицкий монастырь он был «расспрашиван пред бояры»; затем последовала череда очных ставок со стрелецкими командирами. На одной из них недавно арестованный Обросим Петров заявил:
— Федька Шакловитый такие слова говорил, чтоб в селе Преображенском зажечь где-нибудь, и в то бы время убить великую государыню благоверную царицу Наталью Кирилловну и князь Бориса Алексеевича и Льва Кирилловича с братьями.
Другие стрельцы на очных ставках давали показания, что Шакловитый говорил «про государское здоровье многие злые слова», собирался постричь в монастырь или убить мать Петра, «умышлял» на жизнь боярина князя Бориса Голицына, хотел «переменить» или убить патриарха Иоакима. На все обвинения Шакловитый упорно отвечал, «что таких непристойных слов не говаривал». Исследованный А. С. Лавровым архивный подлинник следственного дела показывает, что Федор Леонтьевич перебивал свидетельствовавших против него стрельцов и «держался на допросе уверенно, вовсе не считая своего дела потерянным». Перелом в следствии наступил после того, как Шакловитый и его сообщники были подвергнуты пыткам. Если стрельцы получили по три-пять ударов кнутом, то Шакловитому было дано 15 ударов. Это было страшное, невыносимое истязание. Как поясняет Невилль, «удары начинают наносить ниже шеи, от плеча до плеча; палач бьет с такой силой, что вырывает с каждым ударом кусок кожи толщиной с сам кнут и длиной во всю спину. Большинство после этого умирают или остаются искалеченными».
Под пыткой Шакловитый признал почти все возведенные на него обвинения: и что участвовал в «умысле» на здоровье царицы Натальи Кирилловны, и что, «утешая» царевну Софью Алексеевну, обсуждал с ней, «чем де ей государыне не быть, ино де лутче царицу Наталию Кириловну известь». Наконец он прямо подтвердил, что говорил пятерым стрельцам про царицу Наталью, «чтоб ее убить». Сознался он и в стремлении сменить патриарха, и в намерении учинить стрелецкую расправу над боярами — сторонниками Петра.
Однако даже после пытки Шакловитый решительно отверг самое страшное обвинение — в умысле на жизнь государя. Тем не менее утверждение, что он намеревался убить царя Петра Алексеевича, вошло в следственное заключение и в вынесенный на его основании приговор.
Одиннадцатого сентября боярская комиссия от имени царей Ивана и Петра приговорила Шакловитого к смертной казни. На следующий день он был обезглавлен у стен Троице-Сергиева монастыря, в Клементьевской слободе. Во время казни Федор Леонтьевич держал в руках образ Святого Николая Чудотворца в серебряном окладе, переданный потом в церковь Вознесения Господня и Трех Святителей в Стрелецкой слободе близ Троицкого монастыря.
Можно с большой долей уверенности предположить, что это был прощальный подарок Софьи, благословившей друга перед расставанием навеки.
Вместе с Шакловитым были казнены Обросим Петров и Кузьма Чермной. Полковнику Семену Рязанову, стрельцам Ивану Муромцеву и Дементию Лаврентьеву, также получившим смертный приговор, казнь была заменена битьем кнутом, урезанием языка и ссылкой «в сибирские городы на вечное житье». Еще девять стрельцов были также биты кнутом и сосланы, а 15 человек были отправлены в ссылку без телесного наказания. В отношении стольника подполковника Михаила Шеншина, который посланных от Петра I в Москву стрельцов «бил и государевы грамоты сильно отнимал», было решено: сечь батогами и «честь, стольничество и подполковничество отнять».
Полученные при допросах Шакловитого показания следователи постарались использовать против князя Василия Голицына, который, по их мнению, отделался слишком легко. Патрик Гордон пишет: «Интересно отметить, что несмотря на то, что князь Вас[илий] Вас[ильевич] был надежной опорой и поддержкой царевны и, как всем было известно, он знал обо всех происках против жизни молодого царя, если сам не был их инициатором, всё же он был наказан не как предатель или изменник, что могло произойти лишь благодаря власти и влиянию, которое его двоюродный брат князь Борис Алексеевич в то время имел на царя и его окружение».
Копию записи показаний Шакловитого вместе с «вопросными статьями» следователи 10 сентября послали вдогонку отправленному в ссылку Василию Голицыну. Но поспешная казнь главного обвиняемого и свидетеля не позволила уличить Василия Васильевича в «преступлениях». В лаконичных ответах на каждую инкриминируемую «статью» он писал, что «Федке таких слов не говаривал» или «Федке того не приказывал». Как отметил А. С. Лавров, «один из ответов носил откровенно издевательский характер. Касаясь письма Шакловитого о предполагавшемся венчании на царство царевны Софьи Алексеевны, Голицын написал: „через почту Федка ко мне не писывал; а будет есть мое письмо к нему о том Федке, чтоб великие государи указали мне показать, как в нем писано“. Но подлинного письма в распоряжении следствия не было, а привести на „очную ставку“ казненного Шакловитого было невозможно».
Таким образом, боярской комиссии не удалось окончательно погубить главу правительства Софьи. Достаточных оснований для обвинения его в причастности к антипетровскому «заговору» не нашлось. В результате было лишь изменено место ссылки: 18 сентября последовал указ царей Ивана и Петра об отправке отца и сына Голицыных вместо Каргополя в Яренск.
Лишившаяся всех сторонников и приближенных Софья молилась в кремлевских храмах и ждала решения своей участи. 7 сентября ее имя было исключено из царского титула. По замечанию Е. Ф. Шмурло, «это было сделано в очень деликатной форме, но сущность оставалась неизменною».
Соответствующее распоряжение гласило: «Великие Государи Цари и Великие Князи Иоанн Алексеевич, Петр Алексеевич всеа Великия и Малыя России Самодержцы указали: в своих Великих Государей грамотах, в Приказех во всех делех и в челобитных писать свое Великих Государей именование и титлу по сему, как писано в сем указе выше сего».
