К 1687–1688 годам относятся парадные северные трехстворчатые ворота со Спасо-Преображенской церковью. Стройный четверик маленького храма, великолепно декорированный деталями из резного белого камня, возвышается на широких белокаменных воротах. Церковь венчается полукруглыми раковинами и пятью стройными главками. Внутри расположен великолепный золоченый иконостас, в создании которого принимал участие один из наиболее известных иконописцев Оружейной палаты Карп Золотарев. С западной стороны к храму примыкают жилые палаты, выстроенные одновременно с воротами. Они предназначались для царевны Екатерины Алексеевны, которая больше сестер увлекалась архитектурой и оформлением интерьеров. Впоследствии эти палаты получили название Лопухинских, поскольку в них последние четыре года жизни (с 1727 по 1731) провела первая супруга Петра Великого царица Евдокия Федоровна Лопухина.
Монастырские строения дошли до нас практически в том виде, в каком они были во времена пребывания Софьи. Все они выполнены из красного кирпича и украшены белыми известняковыми колоннами, порталами и наличниками. Их формы в стиле московского барокко свидетельствуют о влиянии западной архитектуры на русское придворное зодчество. Влияние европейского стиля сказалось даже на форме зубцов, увенчавших мощные монастырские стены в годы регентства Софьи.
Для главного храма монастыря — Смоленского собора — по заказу царевны в 1683–1685 годах был изготовлен великолепный позолоченный иконостас. Иконы для него были написаны в те же годы ведущими мастерами Оружейной палаты Симоном Ушаковым и Федором Зубовым. Благодаря щедрым вкладам правительницы для собора были приобретены купель, лампады и церковные ризы. По замыслу ктиторши иконостас в приделе в честь ее святой покровительницы был посвящен теме женской святости: традиционные иконы деисусного ряда заменены образами благоверных княгинь и преподобных жен, в частности Евфросинии Суздальской. Храмовой иконой придела стал образ святой Софии с дочерьми-мученицами.
В 1682–1687 годах было возведено одно из самых больших сооружений ансамбля Новодевичьего монастыря — церковь Успения Богоматери с трапезной, замечательный памятник московского барокко. Трапезная служила как для повседневного столования монахинь, так и для угощения знатных посетителей во время праздников и поминальных обедов. Главный зал площадью 400 квадратных метров покрыт единым сводом, без дополнительных опор, что явилось редким достижением строительной техники XVII века. Многочисленные помещения в западной части здания имели хозяйственное назначение. В расположенных в подклетях подвалах варили пиво, готовили квас, хранили съестные припасы.
По инициативе царевны Софьи Алексеевны в Новодевичьем монастыре было возведено одно из лучших произведений русской архитектуры XVII века — колокольня высотой 72 метра, составленная из шести постепенно сужающихся восьмериков. Строитель этого прекрасного сооружения — вероятно, «подмастерье каменных дел» Осип Старцев — не только обозначил колокольней центр всего монастырского ансамбля, но и замкнул дорогу, ведущую от Кремля.
Надпись на монастырских колоколах, отлитых в 1684 и 1685 годах, гласит, что они изготовлены по указу царей Ивана и Петра и «общими же с ними великими Государи изволением и согласием сестры их Государския, великия Государыни, благоверныя Царевны и великия княжны Софии Алексеевны всея Великия и Малыя и Белыя России, понеже она Государыня того святого дому из давних лет строительница, а ныне наипаче имеет прилежное попечение к устроению, как от всех видимо».
В Новодевичьем монастыре Софья находилась под домашним арестом, но не была особенно стеснена в условиях жизни. Ей было разрешено взять с собой бывшую няньку Марфу Вяземскую, двух казначей и девять постельниц. Из царского дворца в монастырь для бывшей правительницы и ее штата ежедневно присылались съестные припасы: хлеб, рыба, мед, пиво и водка. Примечательно, что вино в этом списке не фигурирует — очевидно, царевна предпочитала «утешаться» более крепкими напитками. Обращает на себя внимание также отсутствие в составе присылаемых продуктов мяса, что является показателем давней привычки Софьи к постнической жизни.
Первые десять лет монастырского затворничества царевна продолжала располагать собственными денежными средствами. В это время она продолжала делать вклады в святые обители. Например, в феврале 1695 года она подарила Новодевичьему монастырю лампаду к домовой Смоленской иконе Божьей Матери в поминовение своих родителей.
10 декабря 1693 года в Саввино-Сторожевском монастыре была освящена церковь Преображения Господня, построенная по заказу Софьи в стиле московского барокко, в память «спасения от Хованских». Вероятно, строительство храма было начато на средства царевны годом раньше, в ознаменование десятой годовщины этого события. Данный факт позволяет в полной мере понять, какое значение придавала Софья устранению князей Хованских и последующему подавлению стрелецкого восстания, без чего невозможно было наладить нормальную жизнь в Москве, да и во всей стране. Царевна проявляла заботу о Саввино-Сторожевском монастыре, помня, что он стал убежищем для царской семьи в самый напряженный момент «Хованщины». В период ее регентства в обители был построен каменный двухэтажный дворец. В конце XIX века в нем хранились портреты Софьи в монашеском одеянии, впоследствии утраченные.
Во многих отношениях жизнь Софьи в Новодевичьем монастыре была сходна с традиционным постничеством русских царевен в тереме. Как и прежде, она ревностно соблюдала церковные обряды, молилась, постилась и занималась чтением и переписыванием духовных книг.
В первые годы пребывания в обители бывшая правительница России была еще не готова отрешиться от мирской жизни. Вне всякого сомнения, она внимательно следила за происходившими в Москве событиями. Получать соответствующую информацию поначалу было несложно: царь Петр разрешил сестрам посещать Софью. Конечно, от них опальная узнала о перестановках в правительстве. Руководство Посольским приказом было поручено бездарному, малообразованному и ленивому дяде юного государя Льву Кирилловичу Нарышкину. Есть сведения, что Василий Васильевич Голицын, проведав об этом, вскричал в ярости:
— Уж не сошел ли его царское величество с ума?
Несомненно, это удивительное назначение столь неподходящего человека на важнейший государственный пост вызвало схожую реакцию и у Софьи Алексеевны.
Другие правительственные назначения были, в общем, вполне обоснованными и диктовались стремлением Петра I и Нарышкиных сосредоточить основные государственные должности в руках своих сторонников. Тихон Никитич Стрешнев сосредоточил под своим началом управление тремя весьма важными учреждениями: Разрядом, Сыскным приказом и приказом Розыскных дел. По современным понятиям, он стал одновременно министром обороны и руководителем службы безопасности. Стрелецкий приказ перешел в руки князя Ивана Борисовича Троекурова. Иноземный, Пушкарский и Рейтарский приказы оказались объединены под началом князя Федора Семеновича Урусова. Боярин Петр Абрамович Лопухин, младший брат тестя Петра I, оказался во главе приказа Большого дворца и Дворцового судного приказа. Поместный приказ был доверен боярину Петру Васильевичу Шереметеву. Нарышкины поделились властью и с приближенными царя Ивана Алексеевича: князь Петр Иванович Прозоровский получил в свое ведение приказ Большой казны.
