Следующее важное отступление от указа 1667 года состояло в отмене нормы о наказании кнутом за побег каждого пятого беглого крестьянина. Но это не означало полного упразднения наказания за побег. О наказании упоминается в статье 34-й, однако вид его не определяется; тем самым правительство Софьи Алексеевны предоставляло сыщикам возможность действовать по собственному усмотрению, но вместе с тем обязывало их наказывать за побеги не выборочно, а каждого беглеца.
Важное место в Наказе сыщикам 1683 года, как и в указе 1667 года, занимали нормы расследования дел в отношении крестьян, которые при побеге совершили убийство помещиков или поджог имений. В таких случаях сохранялась пытка как элемент следствия, а наказанием была смертная казнь через повешение. Был предусмотрен еще один случай, при котором пытка могла применяться как мера дознания, когда «сыскать будет нечем»: подозрение о перемене беглыми крестьянами имен.
А. Г. Маньков справедливо заметил: «Наказ сыщикам 1683 г. выступает перед нами преимущественно как свод законов о беглых крестьянах предшествующего времени. Именно в кодификационной стороне дела состоит одна из важных сторон Наказа. Это значение тем более возрастает, если учесть, что Наказ включал в себя важнейшие законодательные акты 1658–1683 гг., определившие основное содержание процесса развития крепостного права в период после Уложения и до 1683 г. В целом Наказ 1683 г. выступает перед нами как обширный кодекс сыска беглых крестьян и холопов и урегулирования взаимных претензий феодалов в вопросе их прав на беглых, выработанный в итоге многолетней практики сыщиков, деятельности приказов и законодательного производства».
В Наказ сыщикам не была включена норма боярского приговора от 25 июня 1682 года, по которой куплю-продажу крестьян следовало регистрировать не в Поместном приказе, а в Приказе холопьего суда: «…а в которых сделочных записях написано будет, тех крестьян поступились им прежние помещики и вотчинники в бегах, а налицо тех крестьян к записке не поставят, и им тех крестьян по тем сделочным записям искать судом, где кто судим».
Позже, 30 марта 1688 года, был принят указ великих государей (то есть Софьи Алексеевны): «…которые люди кому продадут вотчинных крестьян, также кто кому поступится вместо беглых поместных и вотчинных крестьян по сделочным записям и по всяким крепостям, и тех крестьян по Уложенью записывать в Поместном приказе; а с купчих и записей, в которых написана будет поступка за деньги, имать Великих Государей пошлины с рубля по алтыну».
Весной 1683 года сыщики были отправлены в ряд городов, однако уже летом правительство начало отзывать их, поручая сыск беглых местным воеводам. К октябрю все они вернулись в Москву, а незавершенные сыскные дела переданы воеводам. Эту меру следует признать вполне разумной. Местные власти лучше знали специфику своих уездов, были лично знакомы с большинством помещиков и вотчинников и могли более мягко регулировать спорные вопросы, связанные с обнаружением и выдачей беглых. Правда, правительство отчасти оставило функцию сыска в руках межевщиков, направленных в уезды по указу от 11 апреля 1683 года — они получили из Поместного приказа копии Наказа сыщикам.
Сосредоточение сыска беглых в руках воевод и земельных писцов вызвало возражения стольников, стряпчих, дворян московских и городовых дворян центральных уездов. Они жаловались, что приказчики, земские старосты и посадские люди давали воеводам ложные сведения о беглых, межевщики при описании земель «крепили» беглых по новому месту жительства, в соответствии со «сказками» их новых хозяев, а законные владельцы не могли дать таких «сказок», поскольку не располагали сведениями о местонахождении скрывшихся крестьян и холопов. В связи с этим челобитчики вновь просили направить в города сыщиков для выявления беглых.
Правительство всё же предпочло оставить сыск беглых крестьян в руках воевод, поскольку это позволяло избежать трений при выявлении и выдаче беглых, взимании штрафов и прочих репрессиях в отношении незаконных «держателей». Обеспечение спокойствия было особенно важно в южных уездах и городах по пограничной черте. Приходилось жертвовать интересами помещиков, поскольку беглые крестьяне в южных уездах составляли достаточно большую массу свободных людей, необходимых для укрепления гарнизонов крепостей по границе и осуществления военных походов. Сыщики в период правления Софьи действовали лишь в немногих городах, преимущественно центральных уездов.
В декабре 1685 года был издан указ о невозвращении помещикам крестьян, которые поселились в городских слободах, платили налоги вместе с посадским населением «и службы служили, и всякими промыслы промышляли».
В марте следующего года воеводам городов Белгородского уезда и смежных с ним земель Белгородского полка были посланы предписания выслеживать беглых около застав по лесам и займищам. От застав в дальние места было приказано посылать для сыска вооруженные отряды, задерживать беглых крестьян и холопов, а при сопротивлении «идти на них боем». Главная задача в этом случае заключалась в том, чтобы не пропустить беглых за Белгородскую засечную черту, на Дон, где они могли моментально раствориться в массе казачьего населения. Пойманных предписывалось допрашивать и пытать, а их показания присылать в Разрядный приказ. Царский указ от 25 июня 1686 года, присланный в город Коротояк и другие области по засечной черте, обязывал заставных голов и служилых людей не давать беглым крестьянам уходить за черту. Задержанных следовало допрашивать на месте, а «пущих воров пытать». Пойманных беглых «жен и девок» приказано было бить батогами, «сняв рубахи, нещадно», а затем «отсылать в те городы, откуда бежали».
Восьмого февраля 1683 года был принят указ о сыске беглых в городах Белгородского и Севского полков. Он предписывал сверить списки полковой, городовой, копейной, рейтарской и солдатской службы и выявить беглых дворцовых и частновладельческих крестьян, поступивших на военную службу «после разбора служилых людей 1675 года». Их следовало отдавать прежним хозяевам по суду, крепостям, писцовым и переписным книгам. Беглых крестьян, записавшихся в государеву полковую и городовую службы, в копейщики, рейтары или солдаты до и во время разбора 1675 года, было решено оставить на военной службе, «потому что служили они многие годы и были в полку и иные ранены». Кроме того, провозглашалось: поскольку от помещиков и вотчинников, от которых они бежали, «челобитья на них не было многие годы», бывшие владельцы сами виноваты в «небрежении».
В то же время беглых крестьян, живущих в посадах или у новых помещиков, предписано было возвращать прежним владельцам «бессрочно по Уложенью». Воеводы и приказные люди должны были «учинить заказ крепкой под жестоким страхом», чтобы впредь в городах Белгородского и Севского полков беглых холопов и крестьян не принимать, в службу и тягло не писать. Холопам и крестьянам при возвращении их законным владельцам предписывалось чинить за побег «жестокое наказанье — бить кнутом нещадно, чтоб впредь и иным неповадно было воровать и от помещиков и от вотчинников бегать».
Особенно важен заключительный пункт указа, согласно которому вопрос о возвращении прежним владельцам беглых крестьян, поселившихся в городах по засечной черте, брался под контроль центральной властью:
