Если в вопросе о Киевской митрополии российское правительство нашло в гетмане Самойловиче верного сторонника, то заключение мира с Польшей и начало войны против Крыма он категорически не одобрял. Серьезным ударом для гетмана стала достигнутая 25 марта 1686 года договоренность польских послов Гжимультовского и Огиньского с ближними боярами князем Голицыным и Шереметевым о возвращении Речи Посполитой селений по реке Сожь.
2 апреля гетману была направлена царская грамота с предписанием вывести военные отряды малороссийских казаков из посожских сел.
Получив известие о подписании «Вечного мира», Самойлович был в ярости и даже запретил служить в церквях благодарственные молебны. Пользуясь своим правом осуществлять самостоятельные внешние сношения, предусмотренным договором об автономии Малороссии в составе России, гетман развил бурную дипломатическую деятельность. В июне 1686 года он отправил к польскому королю весть о своей готовности участвовать в походе на Крым, однако при этом выдвигал собственные территориальные требования, напоминая о давней принадлежности Правобережья (до рек Рось, Соба, Каменка и Южный Буг) малороссийскому гетманству и прося короля передать эти земли под его власть. Формально он действительно мог претендовать на правобережные земли, поскольку в свое время был избран гетманом как Левобережной, так и Правобережной Украины. В августе Самойлович в обширных посланиях коменданту Белой Церкви и польскому коронному гетману Станиславу Яблоновскому доказывал принадлежность Правобережья малороссийским казакам и выступал против выделения части этих земель польскому ставленнику, самозваному гетману Андрею Могиле, справедливо считая это расколом украинского казачества.
Позиция Самойловича вызвала серьезную обеспокоенность в Москве. Софья поспешила направить к нему окольничего и севского воеводу Леонтия Неплюева, чтобы тот подробно растолковал ему условия «Вечного мира» и убедил его, что интересы украинской старшины по возможности были учтены. Царской грамотой правительница предписывала Самойловичу разослать во все малороссийские города и Запорожье универсалы с известием о мире, а также принять меры по усилению контроля над своевольными запорожскими казаками, которые теперь переходили в российское подданство. Неплюев должен был объявить гетману о готовящемся в следующем году походе на Крым, представив его не столько исполнением союзнического долга по отношению к Священной лиге, сколько мерами по защите Малороссии от татарских набегов, и попросить у него совета.
На переговорах с Неплюевым Самойлович по-прежнему пытался возражать против начала войны с крымским ханом, поэтому Софья приказала сделать гетману выговор «за его противенство». Испугавшийся Самойлович просил у государей милостивого прощения, «чтоб не быть ему в нечаемой печали и приготовлении на войну с бусурманами чинить не печальным, но веселым сердцем». В октябре 1686 года Софья не преминула сообщить ему, что великие государи «прегрешения его милостиво отпускают и предают вечному забвению». Голицын также послал письмо гетману, в котором уверял «любезнейшего брата и приятеля», что «великие государи содержат его в своей милости всегда неотменно и никогда их милость уменьшена не будет».
Самойлович вынужден был скрепя сердце начать подготовку к походу на Крым. Однако его гордый и независимый нрав неоднократно проявлялся в пренебрежительных высказываниях о результатах «Вечного мира». Например, он говорил старшине, намекая на выплату денежной компенсации Польше за Киев:
— Купили москали теперь себе лихо за свои гроши, ляхам данные. Крыма никакими мерами не завоюешь и не удержишь. Русские не хотели малые деньги татарам платить, так потом большую казну им будут давать.
Разумеется, в окружении Самойловича нашлись люди, поспешившие донести эти неосторожные заявления до сведения Голицына и Софьи. Если правительница отнеслась к ним достаточно спокойно, понимая, что недовольство гетмана обусловлено потерей Правобережья и посожских сел, то честолюбивый Голицын затаил злобу. Это обстоятельство предопределило трагическую участь Самойловича — в июле следующего года он был лишен власти.
«Пошли на тех неприятелей бусурманов»
В сентябре и ноябре 1686 года были обнародованы указы от имени царей и правительницы Софьи Алексеевны, предписывающие генералам, полковникам, стольникам, дворянам московским и городовым, жильцам и прочим ратным людям готовиться к походу на Крым. Ноябрьский указ обосновывал справедливость войны России против неспокойного и вероломного южного соседа, обвинявшегося в нападении на русские и украинские земли, разорении и разграблении православных церквей, захвате пленных, которых «будто скот, во иные страны из Крыму на вечную злую бусурманскую работу продавали». Особо подчеркивалось, что царским посланникам в Крыму нередко чинилось «всякое злодейство и ругательство». «За миру с их стороны разрушение и за многие их вышеупомянутые грубости» русские государи объявили войну Крымскому ханству. Ратным людям всех чинов была дана команда: «И вы б о том их великих государей указ ведали и к службе строились, лошади кормили и запасы готовили и совсем были наготове».
После объявления войны Разрядный приказ разослал распоряжения о сборе ратных людей. Вотчинники и помещики, имевшие значительный земельный оклад, должны были явиться с большим числом боевых холопов; самые бедные дворяне и дети боярские приходили к местам военных сборов без слуг, пешком и с самым простым снаряжением. Сбор рати должен был закончиться 25 февраля 1687 года. Затем состоялось распределение ратных людей по шести полкам. Большим полком командовал главный воевода князь Василий Васильевич Голицын, в помощники ему были определены ближний боярин князь Константин Осипович Щербатов, окольничий Венедикт Андреевич Змеев, думный генерал Аггей Алексеевич Шепелев и думный дьяк Емельян Игнатьевич Украинцев. Передовой полк, или Новгородский разряд, состоял под командованием боярина Алексея Семеновича Шеина и окольничего князя Данилы Афанасьевича Барятинского. Сторожевой полк, или Рязанский разряд, возглавили боярин князь Владимир Дмитриевич Долгорукий и окольничий Петр Дмитриевич Скуратов. Полк Правой руки, или Севский разряд, находился под командованием окольничего Леонтия Романовича Неплюева. Полк Левой руки, или Низовский (Астраханский) разряд, возглавляли думные дворяне Иван Юрьевич Леонтьев и Василий Михайлович Дмитриев-Мамонов. Еще один полк, называемый ертаул (авангард), состоял из малороссийских казаков во главе с гетманом Иваном Самойловичем.
Назначение князя Василия Голицына на пост главнокомандующего было вполне оправданным. Прежде он уже участвовал в военных действиях на Украине и был знаком с особенностями местности, по которой должна была двигаться русская армия. Как главное действующее лицо на переговорах с представителями Речи Посполитой он был особенно заинтересован в выполнении Россией союзнических обязательств. Однако Голицын, если верить свидетельству хорошо осведомленного Фуа де ла Невилля, вовсе не стремился возглавить поход на Крым, не желая покидать Москву, опасаясь вражеских интриг. «Вопрос об избрании главнокомандующего, — писал французский дипломат, — оставался некоторое время нерешенным. Голицын предлагал несколько вельмож, способных занять этот пост, но ему было единодушно сказано, что если он заключил мир с Польшей, то должен сам взять на себя труд и посмотреть, так ли легко завоевание Перекопа, как он утверждал. Вельможи, предложившие ему это, были недовольны соглашением с Польшей. Они к тому же знали, какую трудность представит поход в Крым, а также были очень рады принудить Голицына покинуть Москву и за время его отсутствия ослабить его слишком большую власть».