В другом фрагменте своих записок Невилль утверждает: Голицын «сделал всё возможное, чтобы отказаться от этого назначения, будучи умным человеком и здраво рассуждая о том, что там возможно встретить большие трудности, за которые он будет ответственен, и что, несмотря на все меры предосторожности, которые он может принять, ему трудно будет спасти свою репутацию, если он потерпит неудачу, и что, даже если ему и доверили огромную по численности армию, то это было не более чем множество крестьян, грубых необстрелянных солдат, с которыми он никогда не смог бы предпринять смелое дело и выйти из него с честью. Будучи скорее великим политиком, нежели полководцем, он предвидел, что отсутствие может обойтись ему дороже, чем та честь и слава, которые принесло бы завоевание Крыма, тем более что он вовсе не надеялся ни возвыситься таким образом, ни заставить более считаться с собой из-за командования войсками и хорошо видел, что те, кто больше всех настаивал, чтобы он принял это назначение, делали это только из зависти к нему и из желания повредить, под видом того, чтобы почтить его достоинством главнокомандующего».
Голицын пользовался безусловным доверием правительницы Софьи, поэтому весь груз ответственности ложился на него. Впрочем, участники Крымского похода первоначально были склонны верить в успех этого широкомасштабного военного предприятия. Например, генерал Патрик Гордон писал 7 января 1687 года: «Я уверен, что наш главнокомандующий, который является чуть ли не единственным вдохновителем этой войны и который крайне самонадеян, приведет нас к победе».
Полковые воеводы выступили из Москвы 22 февраля. Перед этим в Успенском соборе патриарх Иоаким со всем высшим духовенством отслужил торжественный молебен в присутствии правительницы Софьи и царей. Патриарх окропил святой водой полковые знамена и вручил князю Голицыну крест и иконы Спаса и Богородицы Курской. Софья молилась перед Царскими вратами и большую часть службы простояла на том месте, которое обычно предназначалось царице. Затем правительница и цари проводили воевод со святыми образами и полковыми знаменами до Никольских ворот.
Воеводы отправились к местам сбора их полков: Голицын, Щербатов и Змеев — в Ахтырку, Шеин и Барятинский — в Сумы, Долгорукий и Скуратов — в Хотмыжск, Неплюев — в Красный Кут. Во всех сборных пунктах обнаружилось, что многие назначенные в поход ратные люди в срок не явились. Голицын прождал «нетчиков» до середины марта, а потом отправил царям и правительнице письмо с сообщением о недопустимости такого положения. Софья незамедлительно приняла решительные меры: по всем городам были разосланы указы, предписывающие городовым воеводам лично разыскивать отлынивающих от службы дворян в их вотчинах и поместьях, наказывать их батогами и отсылать под конвоем приставов к местам сбора войск. В случае «понаровки нетчикам» правительница грозила местным властям неминуемым царским гневом. Эти меры подействовали: в течение последующего месяца основная масса дворян-«уклонистов» была доставлена в сборные пункты. Впрочем, некоторых разыскать всё же не удалось — при окончательной проверке списков ратных людей обнаружилось отсутствие 1300 дворян и детей боярских.
Кроме недочета ратных людей главнокомандующий был обеспокоен непослушанием служилых людей московских чинов — стольников, стряпчих, дворян московских и жильцов, которых в Большом полку насчитывалось около трех с половиной тысяч человек. Прежде они расписывались на сотни и состояли под командованием голов. Однако Голицын в соответствии с указом покойного государя Федора Алексеевича от 24 ноября 1681 года решил разделить ратных людей московского чина не на сотни, а на роты, что соответствовало вводившемуся военными реформами 1678–1681 годов «новому ратному строю». 29 марта 1687 года решение главнокомандующего было одобрено правительницей Софьей.
Первоначально планировалось образовать 19 стольничих, 11 стряпческих, 12 дворянских и столько же жилецких рот, каждую под руководством трех офицеров: ротмистра, поручика и хорунжего. Однако на деле почти все роты оказались смешанного состава: в сорока были представлены все московские чины от стольников до жильцов, и только две жилецкие роты полностью соответствовали своему названию.
Стремясь избежать местнических споров о старшинстве между ротмистрами, поручиками и хорунжими, Голицын часто назначал всех троих офицеров роты из представителей одного рода. Например, 12-й стольничей ротой командовали ротмистр Иван Андреевич Дашков, поручик Иван Васильевич Дашков и хорунжий Поликарп Иванович Дашков. Аналогичное положение наблюдалось в половине рот. Все три офицерских поста могли занимать как представители титулованной знати (князья Волконские, князья Козловские, Волынские), так и выходцы из незнатных родов.
Тем не менее среди московских чинов обнаружилась группа недовольных, расценивших голицынское нововведение как принижение своего сословного статуса. Недовольство вылилось в открытую демонстрацию. Ротмистры-стольники князь Борис Долгорукий, князь Юрий Щербатов, князь Дмитрий Кольцов-Масальский и Илья Дмитриев-Мамонов явились па смотр со своими боевыми холопами в черных одеждах и на лошадях, покрытых черными попонами, своим траурным видом как бы заранее предрекая неудачу похода. Главнокомандующий пришел в ярость и в письме Федору Шакловитому попросил немедленно сообщить правительнице Софье об этой мятежной выходке аристократической молодежи: «Умилосердися, донеси добром: этим бунтовщиком учинить указ доброй. Это пророчество и противность к государеву лицу… что они так ехали, то было не тайно, всеми видимо; а если не будет указу, то делать нам с ними нечего». Голицын требовал учинить «такой образец, чтоб все задрожали», «разорить» бунтовщиков, заключить их навечно в монастырь и раздать их деревни неимущим. Шакловитый в ответ сообщил главнокомандующему, что его распоряжением о делении московских чинов на роты недовольны и некоторые члены Боярской думы. Однако это не смутило решительно настроенного Голицына: «У дураков нечего хотеть, кроме дурости. Слишком много дано им воли. Поговорят да перестанут. Поступай только покрепче, как я тебя просил».
Правительница Софья в этой ситуации повела себя весьма дипломатично — распорядилась подготовить указ о репрессиях в отношении молодых аристократов, однако задержала его отправку в Большой полк и в то же время постаралась, чтобы содержание документа стало известно в столичных верхах. Разумеется, московские родственники «бунтовщиков» поспешили уведомить провинившихся о предстоящей каре. Все четверо тут же с слезами просили у Голицына прощения. Главнокомандующий «на слезы их то им уступил» и страшный указ «сказывать не велел».
Так Софья и Голицын сумели приструнить младших отпрысков боярских родов, не вступая в конфликт с их родственниками, заседавшими в Боярской думе.
Одно из писем Голицына Шакловитому позволяет отчасти понять тогдашний механизм осуществления власти правительницы Софьи: «О всём выразумеешь из записки моей; чтоб тое отписку изволила великая государыня слушать не со всеми бояры, но с самыми верхними, и указ бы по ней был прислан чрез нарочного гонца с подьячим или стрельцом, а из иного б чину никого не посылать».
Как видим, царевна не могла принимать указы без обсуждения с Боярской думой, однако при этом имела право ограничивать число участвовавших в заседании думцев ближними боярами, которые в подавляющем большинстве относились к числу ее приверженцев.