Наталья Кирилловна попыталась даже следовать духу свободы за пределами дворца, однако подобная смелость была решительно пресечена Алексеем Михайловичем. По свидетельству того же иностранного современника, «когда нынешняя царица государыня, великодушная и приветливая, при первом своем выезде немного приоткрыла окно кареты, то не могли достаточно надивиться столь необычному делу. Ей это поставили на вид, и она с сожалением, но благоразумно уступила глубоко укоренившемуся в народе предрассудку».
По отзыву князя Бориса Ивановича Куракина, Наталья Кирилловна была «доброго темпераменту, добродетельного», но «ума легкого». Эти свойства ее натуры должны были стать итогом миролюбивого отношения к детям ее мужа от первого брака. Возможно, царица даже постаралась подружиться со старшими дочерьми Алексея Михайловича, близкими ей по возрасту: Евдокия была старше мачехи на полтора года, а Марфа — ровно на год моложе. Обе царевны отличались тихим нравом и, по-видимому, не были склонны враждовать с молодой царицей. Но Наталья Кирилловна вряд ли была способна найти подход к гордой, независимой и резкой Софье, которая к тому же еще не вышла из подросткового возраста со свойственными ему упрямством и бунтарством. Некрасивая угрюмая царевна, глядя на обаятельную отцовскую супругу, несомненно, испытывала зависть; это тяжелое чувство, даже подавляемое ее недюжинным умом, должно было проявляться хотя бы подспудно — такова уж природа женского пола. В то же время ощущение своего интеллектуального превосходства заставляло юную девушку относиться к мачехе со скрытым презрением — недаром впоследствии, уже став правительницей, Софья говорила, что Наталью Кирилловну и ее братьев «Бог обидел». Царица и царевна во всех отношениях были диаметрально противоположны, между ними не могло возникнуть дружбы или хотя бы симпатии. Однако это вовсе не предполагает непременного наличия взаимной ненависти и вражды. Скорее всего, Наталья и Софья попросту по возможности избегали общения друг с другом. В целом же при жизни Алексея Михайловича в семье, по-видимому, царили мир и согласие.
С появлением в Кремле молодой государыни жизнь двора заметно активизировалась. Гораздо более частыми стали поездки царского семейства на богомолье в подмосковные монастыри и выезды на летний отдых в дворцовые села. К северу от Москвы по дороге в Троице-Сергиев монастырь государь с женой и детьми останавливался в Алексеевской и Воздвиженской обителях; на юго-западном направлении, по пути в звенигородский Саввино-Сторожевский монастырь, остановка делалась в селе Павловском. Любимыми резиденциями Алексея Михайловича являлись Преображенское и Измайлово, расположенные к северо-востоку от столицы, а также Воробьево и Коломенское — к югу.
Государь был большим любителем природы, деревенской жизни и соколиной охоты, поэтому в летние месяцы старался по возможности выезжать с семьей из Москвы. В год его женитьбы на Наталье Кирилловне в Коломенском на высоком берегу Москвы-реки был построен великолепный деревянный дворец-городок с двумя сотнями помещений, в том числе парадными покоями, расположенными анфиладой. Для всех членов царской семьи были построены отдельные терема, каждый под своей кровлей разнообразной формы: шлемовидной, бочкообразной, шатровой или луковичной. Терема соединялись в живописный асимметричный ансамбль лестницами, галереями, сенями и переходами. В летние месяцы царская семья проводила здесь значительную часть времени. К сожалению, нет никаких сведений о занятиях детей Алексея Михайловича на природе. Можно лишь предположить, что серьезная Софья больше любила чтение, чем бесцельные прогулки на свежем воздухе. Достаточно часто семья бывала и в Измайлове, где по приказу царя были разбиты огромные сады и огороды с лекарственными и душистыми травами. В великолепных измайловских прудах разводилась рыба. Особый интерес представлял находившийся в Измайлове зверинец, где можно было увидеть лосей, оленей, кабанов и бурых медведей. Более редкие животные — рыси, леопарды и даже белый медведь — стали его обитателями уже после кончины Алексея Михайловича, при его наследнике Федоре. По свидетельству нидерландского посла в России Кунраада ван Кленка, в Измайлове имелась «оранжерея с цветником и парком, величиною моргенов в двадцать (около половины гектара. — В. Н.); царь садит здесь и виноград, из которого потом, для курьеза, велит готовить вино».
Тридцатого мая 1672 года царица Наталья произвела на свет первенца — Петра Алексеевича, которому впоследствии было суждено стать злым гением Софьи. В отличие от единокровных братьев мальчик родился совершенно здоровым. В то время вряд ли можно было предполагать, что он непременно займет российский престол — перед ним по старшинству стояли Федор и Иван, каждый из которых мог произвести на свет наследников. Поэтому нет никаких оснований считать, что рождение Петра стало поводом для беспокойства Софьи и ее сестер. Передача престола по линии отпрысков царицы Марин казалась тогда вполне обеспеченной.
Через пять дней после прибавления в царском семействе состоялось еще одно важное событие — рождение российского театра: 4 июня Алексей Михайлович дал распоряжение о подготовке первого в России спектакля. Несомненно, этим он хотел доставить удовольствие прежде всего жене, которая в период своей жизни в семье Матвеевых увлекалась домашним театром. Пьеса под названием «Артаксерксово действо» была поставлена в Преображенском 17 октября 1672 года. В качестве режиссера выступил лютеранский пастор Немецкой слободы Иоганн Готфрид Грегори, а актерами стали юноши из его прихода. Спектакль растянулся на десять часов, в течение которых государь не вставал с места. Наталья Кирилловна с пасынками и падчерицами смотрели представление «сквозь щели особого, досками отгороженного помещения». Несомненно, это развлечение должно было произвести неизгладимое впечатление на юную Софью. Рейтенфельс отмечает, что посредственное, на его искушенный взгляд, зрелище русским «казалось чем-то необыкновенно художественным, так как все — и новые невиданные одежды, незнакомый вид сцены, самое, наконец, слово „иноземное“, и стройные переливы музыки — без труда возбуждало удивление».
Впоследствии театральные представления регулярно устраивались вплоть до кончины Алексея Михайловича. В общей сложности за три с половиной года существования первого российского театра было поставлено девять пьес и один балет. Некоторые спектакли давались по несколько раз. Большинство сюжетов пьес было создано на библейские темы, что, впрочем, вовсе не предполагало строгости театрального зрелища. Актеры одевались в роскошные костюмы, музыка и танцы на сцене сочетались с комическими интерлюдиями. Неизвестно, на скольких представлениях присутствовала Софья. В дворцовых разрядах имеется лишь одно упоминание о том, что 11 ноября 1674 года царевны снова смотрели комедию о древнем персидском царе Артаксерксе. Театральные представления устраивались иногда и в самом Кремле, в Потешном дворце — бывшем доме деда царевны Софьи боярина И. Д. Милославского, расположенном к северу от царской резиденции.
Якоб Рейтенфельс оставил уникальное свидетельство о развлечениях отпрысков Алексея Михайловича за пределами дворцовых помещений: «…дети ежедневно в определенные часы упражняются в разных играх, либо в езде верхом, конечно, по загороженному двору, либо в стрельбе из лука. Зимою им устраивают деревянные горы и посыпают их снегом; с них они быстро, но плавно скатываются на санях или в лубочных корытцах, палкою направляя их». Верховая езда и стрельба из лука, как правило, являлись упражнениями для мальчиков. Но Рейтенфельс определенно говорит о «детях» во множественном числе, а во время его пребывания в России (1671–1673) в царской семье был только один мальчик, достаточно взрослый и здоровый для подобных занятий, — двенадцатилетний Федор; умственно отсталый и почти слепой семилетний Иван едва мог передвигаться, а Петру в 1673 году исполнился всего год. Данные факты дают основания предполагать, что в описанных Рейтенфельсом занятиях на свежем воздухе участвовали и девочки. Софье в то время было от четырнадцати до шестнадцати лет, и она вполне могла забавляться играми во дворе с братом и сестрами.