Вновь избранный гетман принес присягу на верность русским государям, после чего получил из рук Голицына булаву и другие знаки власти. Недоброжелатели князя утверждали, что Мазепа вечером того же дня отблагодарил его десятью тысячами рублей, но ни подтвердить, ни опровергнуть этот факт невозможно.
Правительница Софья, юные государи и Боярская дума утвердили результаты выборов нового гетмана, однако в Москве велись разговоры о несправедливости, допущенной в отношении Самойловича. Они беспокоили Голицына, который в письме просил Шакловитого: «Что про гетмана будет слух, пожалуй, отпиши подлинно». Тот ответил: «Внушают, зачем де Самойлович свергнут без розыска?» Голицыну пришлось оправдываться: «О гетмане, как учинилось, и о том писал я в отписках своих и в грамотах, из которых о всём можешь выразуметь. А пристойнее того и больше учинить невозможно. А что про него розыскивать, и такого образцу николи не бывало: извольте посмотреть в старых делах. А что от которого лица какое злословие, и то Богу вручаю: он-то может рассудить, какая в том наша правда. Мы чаяли, что те лица воздадут хвалу Господу Богу и нам милость, как то учинилось без всякой помешки и кровопролития и замешания».
В действительности кровь всё же пролилась: сын опального гетмана Григорий был по приказу окольничего Неплюева четвертован в Севске за поднятый им бунт в защиту отца. Иван Самойлович вместе с женой и младшим сыном Яковом был сослан в Тобольск, где умер спустя год, а вскоре скончался и его сын. Всё имущество свергнутого гетмана и его детей было конфисковано в войсковую казну. По подсчетам старшины, речь шла о миллионах рублей.
Отечественные историки неоднократно упрекали Голицына в том, он заменил верного слугу русского престола Самойловича тайным врагом России Мазепой, готовым при удобном случае перейти под протекторат Польши или Швеции за туманное обещание пресловутой украинской «самостийности». Однако изложенные выше обстоятельства смены гетмана не дают оснований приписывать главнокомандующему решающую или хотя бы сколько-нибудь активную роль в этом деле. Весь переворот был осуществлен самим Мазепой при помощи малороссийской старшины и особенно его друга Василия Кочубея. Вероятно, Голицын в самом деле недолюбливал Самойловича и симпатизировал Мазепе, однако это вряд ли повлияло на переизбрание гетмана, которое явилось следствием свободного волеизъявления верхушки украинского казачества.
В литературе утвердилось мнение иностранных дипломатов Фуа де ла Невилля и Христофора фон Кохена, что Голицын решил свалить вину за собственные ошибки на Самойловича и тем самым оправдать неудачу Крымского похода. Софья будто бы решила сделать гетмана козлом отпущения, чтобы выгородить своего фаворита. Эта точка зрения совершенно неоправданна. Хорошо информированный голландский резидент в Москве Иоганн ван Келлер утверждал, что в 1687 году у русского правительства не было планов полномасштабного вторжения в Крым и что первый поход Голицына носил преимущественно разведывательный характер. Кроме того, была продемонстрирована готовность России выполнить союзнический долг. С этой точки зрения задачи похода были выполнены, поэтому ни в каком оправдании главнокомандующий не нуждался.
Кроме того, действия русской армии вовсе не были безрезультатны. Посланный к низовьям Днепра корпус Неплюева и Косагова разорил маленькие турецкие крепости Шах-Кермен, Ислам-Кермен и Изюм-Кермен, обратил в бегство конницу вассалов крымского хана белгородских татар и даже совершил нападение на неприступную крепость Очаков. Турки вынуждены были перебросить часть своих войск на кораблях из Мореи к устью Днепра, что отчасти способствовало успешным действиям армии венецианского дожа Франческо Морозини в центральной части Греции. В течение всего лета 1687 года крымский хан Селим-Гирей, опасаясь нападения русских войск, не решался послать превосходную татарскую конницу в помощь султану.
Первый Крымский поход дал русскому командованию опыт ведения войны в тяжелых условиях южных степей. Важным следствием этой военной операции стало решение правительства усилить линию обороны на Украине и построить Новобогородицкую крепость у слияния Самары и Днепра, впоследствии ставшую незаменимым опорным пунктом для продвижения России на юг.
Правительница Софья постаралась представить поход на Крым успешной военной операцией и наградила его участников. В августе царские гонцы привезли в русский лагерь золотые медали для вручения воеводам, генералам и офицерам. На одной стороне медалей были изображены цари, а на другой — сама Софья. В начале сентября Голицын вернулся в Москву и, по словам Невилля, «был принят царевной со всеми изъявлениями радости, которые он только мог ожидать, и вновь взял на себя все дела с таким влиянием, каким не пользовался никогда». Кохен тоже отметил, что главнокомандующий по возвращении был хорошо встречен обоими царями и правительницей. «Он все еще в прежней чести и стоит у кормила правления, — утверждал шведский резидент, — к тому же царевна Софья Алексеевна, почти совсем завладевшая правлением царства, сильно поддерживает его».
Упоминаемый иностранными дипломатами торжественный прием возвратившихся из похода главнокомандующего, воевод, генералов и полковников состоялся 5 сентября. Государи жаловали военачальников к руке, после чего им был объявлен именной указ «о их похвальной службе в Крымском походе»:
«…Посылан ты, Ближний Боярин и Оберегатель и Дворовый Воевода с товарищи, а с вами Их Великих Государей ратные конные и пешие многие люди для промысла на Крымского Хана и на его юрты, за их многия к Ним Великим Государем, неправды и досадительства… И ты, Ближний Боярин… и товарищи ж твои сходные Бояре ж и Воеводына тое Их Великих Государей службу в указанные места шли с великим поспешением; и пришел в указанные места, полков своих с Их Царских Государей ратными людьми собирались потому ж с великим поспешением, и, устроясь воинским ополчением, из указанных мест пошли на тех неприятелей бусурманов великим ранним временем, и в пути с обозы к их бусурманским юртам шли с желательною ревностью и со всяким радетельным тщанием и усердным попечением, и пребывали все единодушно в непрестанных воинских трудех. Упражняясь всегда непрестанным и неусыпным всяким попечением о Их Государском воинском деле и о полковом ратном устроении и от неприятельских людей остерегательстве, не имея себе никакого покоя, и с таким тщательным и радетельным поведением переправились степныя многия реки и пришли от крымских юртов в ближние места… А как ты, Ближний Боярин и Оберегатель и Дворовый воевода Князь Василий Васильевич с товарищи, переправясь реку Конскую, пошли к речке Акчакраку и Карачакраку: и Крымский хан с ордами, увидев о том вашем Бояр и Воевод многолюдном и стройном приходе и о промысле над собою, познав свое безсилие, около Перекопи и на Днепре все степи выжгли, чем бы им от вашего Бояр и Воевод с полками наступления свободиться; и, видя их, Хан с татары на себя ваше Бояр и Воевод полков ваших Их Великих Государей ратных людей наступление, пришли в боязнь и во ужас и отложа обыклую свою дерзость, нигде сам не явился и юртов его Татаровя в противление к вам вышли, и нигде не показались и бою с вами и полков ваших с Их Государей ратными людьми не дали, и пришед в самое отчаяние, ушли за дальния свои поселения за Перекоп и в иныя места».
