Заместителем начальника Особой группы назначить майора государственной безопасности тов. Эйтингона Н. И.».
В связи с нападением Германии на СССР на Особую группу были возложены задачи по активизации разведывательно-диверсионной работы советских органов государственной безопасности в тылу германской армии. Главными из них являлись: ведение разведопераций против Германии и ее сателлитов, организация партизанской войны, создание агентурной сети на оккупированных территориях.
Для решения этих задач помимо Н. И. Эйтингона, являвшегося, по существу, первым заместителем руководителя Особой группы, заместителями П. А. Судоплатова были также назначены ответственный сотрудник подразделения внешней разведки НКВД СССР старший майор госбезопасности Н. Д. Мельников и заместитель наркома внутренних дел Грузинской ССР старший майор госбезопасности В. А. Какучая.
Начальниками ведущих направлений по борьбе с немецкими вооруженными силами, вторгшимися в Прибалтику, Белоруссию и на Украину, в Особой группе были назначены видные сотрудники советской внешней разведки Яков Серебрянский, Исидор Маклярский, Виктор Дроздов, Петр Гудимович, Георгий Мордвинов, Петр Масся, ставшие в дальнейшем подлинными боевыми товарищами Наума Эйтингона.
В связи с огромными трудностями для Красной армии в первые недели войны и успешным продвижением вермахта на Восток ЦК ВКП(б) 18 июля 1941 года принял специальное постановление «Об организации борьбы в тылу германских войск». В нем предписывалось партийным организациям и органам государственной безопасности «…создать невыносимые условия для германских интервентов… срывать все их мероприятия, уничтожать захватчиков и их пособников… помогать созданию партизанских отрядов, диверсионных истребительных групп…».
Особая группа немедленно приступила к подготовке разведывательных и диверсионных резидентур для выполнения специальных заданий за линией фронта, а также в отдельных городах и районах СССР на случай угрожаемого положения. Среди них были: оперативные группы «Форт» Владимира Молодцова и «Местные» Виктора Лягина, действовавшие соответственно в Одессе и Николаеве с июля 1941 года; резидентура «Максима» в Киеве, возглавляемая Иваном Кудрей с сентября 1941 года, и другие.
Еще ранее, 26 июня 1941 года, приказом наркома были сформированы войсковые подразделения Особой группы, которыми командовал комбриг Павел Богданов. Они включали две бригады, состоящие из батальонов, отрядов и спецгрупп, формирование которых проходило под непосредственным контролем Эйтингона. В октябре они были переформированы в Отдельную мотострелковую бригаду особого назначения (ОМСБОН) — легендарный спецназ периода Великой Отечественной войны, прославившийся своими операциями в тылу врага. В ОМСБОН брали только добровольцев, которые проходили специальную подготовку для диверсионной работы и выполнения заданий особой важности. Бригада состояла из двух полков четырехбатальонного состава и включала специальные подразделения. Командиром 1-го полка, а с августа 1942 года командиром бригады был кадровый сотрудник внешней разведки полковник Гриднев.
Местом формирования бригады стал Центральный стадион «Динамо», расположенный в старинном Петровском парке. Помимо чекистов в бригаду влились свыше восьмисот спортсменов, среди которых было немало заслуженных мастеров спорта, известных тренеров, чемпионов и рекордсменов СССР, Европы и мира. Среди них — знаменитые легкоатлеты братья Знаменские, чемпион СССР по боксу Николай Королев, группа футболистов минского «Динамо» и многие другие известные спортсмены. Общая численность бригады составляла в тот период 10 500 человек. В первые годы войны не каждая стрелковая дивизия могла сравниться с ней по численности и обученности.
На подмосковном стрельбище «Динамо» в Мытищах вновь созданные оперативные группы особого назначения изучали минное дело, подрывную технику противника, овладевали тактикой действий небольшими группами, приемами ведения ночной разведки, топографией, радиоделом, совершали марш-броски, прыжки с парашютом. Короче, учились всему, что необходимо на войне.
ОМСБОН была во всем необычной бригадой. В одном батальоне, предназначенном для выполнения диверсионных заданий, было немало спортсменов-лыжников, парашютистов, снайперов, причем лучших из тех, кого мог рекомендовать комсомол.
В другом батальоне были почти одни иностранцы. Тут много было испанцев, старых знакомых и учеников Эйтингона.
Верховное командование и руководство органов госбезопасности поставили перед бригадой следующие задачи: оказание помощи Красной армии средствами разведывательно-диверсионных и боевых действий; содействие развитию партизанского движения; дезорганизация тыла противника; осуществление агентурной разведки на временно оккупированных территориях; проведение контрразведывательных операций.
Уже в сентябре 1941 года в тыл врага ушли опергруппы Д. Медведева, А. Флегонтова, В. Зуенко, Я. Кумаченко и М. Филоненко. Последнему предстояло со своими бойцами совершить рейд по Подмосковью в самый сложный период обороны Москвы. Круг интересов разведывательно-диверсионного отряда «Москва», возглавляемого сотрудником внешней разведки Филоненко, был очерчен на штабных картах населенными пунктами: Апрелевка, Рогачево, Ахматово, Дорохово, Петрищево, Бородино, Верея, Крюково. В ходе рейда, который продолжался 44 дня, бойцы отряда Михаила Филоненко полностью выполнили поставленные перед ними задачи.
В октябре — ноябре 1941 года, когда тяжелое положение сложилось непосредственно под Москвой в результате широкого наступления немцев, которые сосредоточили здесь более пятидесяти дивизий, включая 13 танковых, а ресурсы защитников были на исходе, крайне важно было перекрыть наступающим подходы к столице. В «Очерках истории российской внешней разведки» об этом периоде рассказывается:
«На выполнение заградительных работ был брошен сводный отряд ОМСБОНа. Бойцы отряда минировали шоссейные и грунтовые дороги в районах Можайска, Волоколамска, Каширы, на Ленинградском шоссе в районе Химок и канала Москва — Волга, по реке Сетунь и близ Переделкино, западнее Чертаново на Киевском шоссе, на Пятницком, Рогачевском, Дмитровском шоссе. С 23 октября по 2 ноября 1941 года они установили более 11 тысяч противотанковых и 7 тысяч противопехотных мин, более 160 мощных фугасов, подготовили к взрывам 19 мостов и 2 трубопровода.
Сводный отряд ОМСБОН участвовал в параде на Красной площади 7 ноября 1941 года, после чего двинулся к фронту. В период с 27 ноября по 27 декабря 1941 года, в разгар боев под Москвой, бойцы отряда сумели уничтожить 30 немецких танков, 20 бронемашин, 68 грузовых машин, нанести противнику большие потери в живой силе и технике».
Вторым основным направлением работы Особой группы в тот период являлась подготовка подпольных окружных комитетов в населенных пунктах Московской области на случай захвата их противником. Из этих населенных пунктов осуществлялась срочная эвакуация предприятий, рабочих, правительственных учреждений.
Часть сотрудников ОМСБОН была оставлена в Москве на случай захвата столицы немцами. Одновременно было принято решение готовить московское подполье. По линии НКВД — разведки и контрразведки — операцией по подготовке Москвы к возможной оккупации руководил Берия. В составе руководства московского подполья в городе должны были остаться Судоплатов и Эйтингон.
