Конечно, у Некрасова были основания подозревать новых членов редакции в той же нелегальной деятельности, какую вел Чернышевский — но, видимо, с этим он смирился и научился не замечать, тем более что сами они наверняка еще меньше хотели ставить редактора в известность о своих «других» делах.
Другая опасность исходила не столько от неуважения или отчуждения новых сотрудников от редактора, сколько от сочетания молодости, самоуверенности и отсутствия лояльности к журналу. У них не было готовности воздерживаться от чрезмерно резкого высказывания, чтобы сохранить журнал, не было терпения, в высшей степени присущего самому Некрасову, не было присущего Добролюбову и Чернышевскому стратегического мышления. Антонович и Жуковский могли поставить свое самовыражение выше интересов журнала, в какой-то момент пожертвовать ими ради яркого высказывания. Особенно это было опасно в новых условиях: министр внутренних дел Валуев, отобравший цензуру у Министерства народного просвещения и переподчинивший ее своему ведомству, взял очевидный курс на замену предварительной цензуры карательной. Это заставляло Некрасова, с одной стороны, зорче присматривать за «Современником» и за тем, что в нем печатается, с другой — больше дистанцироваться от содержания его собственного журнала. Антонович вспоминал, что в его время Некрасов прочитывал корректуры полностью, во времена Чернышевского контроль его за журналом был слабее. В довершение всего в новой редакции сошлись люди, не симпатизировавшие друг другу, с тяжелыми и нетерпимыми характерами. Нередко случались конфликты между Салтыковым и Антоновичем, видимо, вынуждавшие Некрасова (особенно часто во второй половине 1863 года) выступать посредником между враждующими сторонами.
Было еще одно обстоятельство, не только осложнившее существование «Современника», но и изменившее облик российской журналистики. 2 января 1863 года с одновременного нападения на несколько российских воинских частей началось восстание в Польше, имевшее совершенно другой характер, чем восстание тридцатилетней давности, в подавлении которого участвовал шурин Некрасова Генрих Станиславович Буткевич. Это уже не была война регулярных армий — к этому времени все военные институты в Царстве Польском были уничтожены. Война приняла партизанский характер и охватила не только находившиеся под властью России польские территории, но и часть современной Украины, Белоруссии и Прибалтики. Несмотря на неравенство сил, борьба, которую вели с российскими войсками разрозненные повстанческие группы, оказалась затяжной (разгромить их удалось только к середине 1864 года) и даже вызвала у российского правительства панические настроения. Первым последствием, конечно, был всегда опасный для оппозиционной прессы неизбежный крен «вправо» — в правительстве и при дворе серьезно усилилась партия графа М. Н. Муравьева (которого можно считать личным врагом Некрасова, никогда не разделявшим журнал и его редактора), ставшего фактическим диктатором северо-западных губерний и безжалостно подавлявшего восстание. Для «Современника» это было опасно вдвойне, поскольку еще до восстания намерения польских революционеров вызывали сочувствие у редакции журнала. Один из вождей восстания, повешенный Муравьевым Сигизмунд Сераковский, был участником «Современника», учеником и поклонником Чернышевского, хорошим знакомым Некрасова. По польскому вопросу «Современник» был вынужден отмалчиваться.
Польское восстание и борьба с ним принесли «Современнику», может быть, более серьезную опасность не со стороны правительства, а со стороны общества. Выступление поляков вызвало в российском обществе враждебность, прилив имперских чувств. Эта волна массового патриотизма определенного сорта в 1863 году получила своего выразителя и вождя — им стал неожиданно превратившийся в фигуру всероссийского масштаба Михаил Никифорович Катков, редактор и издатель «Русского вестника», еще с 1862 года взявший в аренду газету «Московские ведомости».
Молодой друг Белинского и Герцена, англоман, человек либеральных убеждений, стремившийся издавать журнал в «центристском» духе, Катков в это время переходит на крайне консервативные позиции. Поток вышедших из-под его пера газетных передовиц, гневно бичующих Герцена, нигилистов и поляков, отстаивающих имперские ценности, был с большим сочувствием встречен публикой. Катковские статьи сейчас выглядят демагогическими, представляют собой истерический поток, наполненный идеологическими словами, однако в то время Катков производил впечатление пламенного трибуна. Оказывая огромное влияние на своих читателей (он, в частности, породил целую антипольскую паранойю, превратив поляков в обывательском сознании во что-то вроде масонов — вечных заговорщиков, тайных и могущественных врагов России, опутавших ее сетями заговоров и стоящих за всяким эксцессом), редактор «Русского вестника» и публицист «Московских ведомостей» проповедовал ненависть к полякам и любовь к «традиционным» принципам. Получив огромное влияние, в том числе на правительство (крупнейшие реакционеры нового призыва — печально знаменитый министр народного просвещения, граф Дмитрий Андреевич Толстой и не менее известный обер-прокурор Святейшего синода Константин Петрович Победоносцев — до некоторой степени выросли в его «школе»), он сохранял независимое положение, отказываясь от любых государственных должностей, субсидий, мог пойти на конфликт с правительством, если оно казалось ему слишком либеральным. Его конфликт с министром внутренних дел Валуевым, который его терпеть не мог, чуть не привел к закрытию «Московских ведомостей», однако закончился победой публициста — государь лично разрешил ему продолжать выпускать газету. И никакие попытки представить его платным агентом правительства, по аналогии с издателем «Северной пчелы» Фаддеем Булгариным, не удавались. Видимо, для самого правительства это было совершенной неожиданностью — на фоне катковских изданий особенно жалко выглядели попытки Валуева издавать официальную газету для пропаганды правительственного курса — «Северную почту», редактором которой некоторое время выступал Иван Александрович Гончаров.
Это, пожалуй, было ошеломляюще новым — с Катковым в российскую жизнь и общественную мысль вошел пламенный и совершенно не официозный консерватизм, консерватизм «по искреннему убеждению», а не по долгу службы и не за материальный интерес, приобрел свой голос. Катков сделал позицию «просвещенного консерватизма» достаточно респектабельной, возможной для человека мыслящего, принимающего монархические имперские ценности, но не желающего обрести репутацию продажного агента правительства. Для такого человека невозможен был бы союз с Булгариным, а союз с Катковым возможен — достаточно вспомнить Достоевского, который придет к Каткову после разорения, Лескова после «катастрофы» с романом «Некуда», Тургенева в разгар его раздражения против нигилистов.
Для «Современника» и «Русского слова» появление Каткова означало не просто обретение нового опасного врага. Они не могли по-прежнему ощущать себя единственно бескорыстной, незаинтересованной стороной в спорах о будущем народа и государства. В новом составе редакции «Современника», пожалуй, только Салтыков-Щедрин и по интеллекту, и по страстности был сопоставим с Катковым. Конкуренция с «Русским вестником», полемика прямая и неявная станет для «Современника» повседневностью. Всё дальнейшее существование некрасовских журналов будет проходить под знаком этой борьбы. В 1863 году «Современник» последовательно проводил свою линию, например, опубликовав роман еще находившегося в Петропавловской крепости Чернышевского «Что делать?», ставший своего рода библией для «новых людей», его главных героев.