Перспектива такой свободы совершенно не манила, но делать было нечего. 15 сентября Некрасов и Пыпин, ставший ответственным редактором журнала, подали прошение в Главное управление по делам печати о разрешении издавать «Современник» по новым правилам. 21 сентября такое разрешение было дано. После этого, как пишут в романах, события начали развиваться стремительно. Уже 11 ноября «Современнику» было вынесено первое предостережение за «оскорбления начала брачного союза» в статье Пыпина «Новые времена», «прямое оспаривание начал собственности», «возбуждение вражды к высшим сословиям» в статье Жуковского «Записки современника» и «возбуждение общественного недоверия к закону о печати 6 апреля» в статье Антоновича «Надежды и опасения», а также в целом за вредное направление журнала. 4 декабря за «неумолкающее, настойчивое проповедование ложных идей и постоянную грубейшую клевету как на правительственные учреждения, так и на сословия и частные лица», в том числе проявившиеся в стихотворении «Железная дорога», «Современник» получил второе предостережение.
Положение журнала сделалось совершенно отчаянным. Перед началом нового года, во время подписной кампании, «Современник» оказался на грани полугодичной приостановки или закрытия, поскольку в запасе у него было только одно предостережение. Это сразу сказалось на подписке и поставило перед Некрасовым задачи, возможно, превышающие его возможности. Видимо, в сложившейся ситуации не действовали правительственные связи — никто не мог повлиять на непреклонного доктринера Валуева, почему-то настойчиво ведшего «Современник» к закрытию. С декабря 1865 года издание журнала фактически превратилось для редактора в отчаянную борьбу за выживание.
Некрасов пытался договориться с Плетневым о снижении (точнее, об отказе от предусмотренного контрактом повышения) арендной платы, становившейся непосильной. В длинном письме владельцу прав на журнал слышно отчаяние, у Некрасова очень редкое: «Петр Александрович! Прошу Вас принять во внимание следующие обстоятельства. Панаев умер, оставив долгу на своей половине «Современника» до 17 т[ысяч] р[ублей] сер[ебром]. Два сотрудника — один смертью, другой ссылкою лишены были возможности возместить своею работою значительную сумму, которую редакция выдала им вперед; для погашения этих-то долгов издавал я «Современник» в последние годы; сверх того, после Панаева остались мать, старуха 75 лет, без куска хлеба; сын 4 лет — тоже; после Чернышевского — жена и двое малолетних детей; после Добролюбова — двое малолетних братьев; всем этим лицам дается кусок хлеба, а иным и средства к воспитанию из средств «Современника», который с каждым годом приносит менее. Чтобы выдавать Вам полную ренту, я должен сжимать этих бедных людей, долг тоже почти не убывает. Неужели Вы будете меня теснить и мои вышеизложенные просьбы, вполне законные и умеренные, не получат ответа утвердительного? Уже более двенадцати лет книги «Современника» ведутся на строго коммерческом основании, не мною, а лицом, Вам известным, имеющим доверенность от меня и имевшим ее от Панаева; по этим книгам можно проследить и доказать (ибо на всякий грош, выданный из редакции и конторы, сохраняются расписки), что всё сказанное мною здесь о положении «Современника» и о моей роли в нем справедливо; я ничем лично тут не пользуюсь, а, напротив, теряю мое время и труд. Моя цель — избавить «Современник» от долга и поддержать, покуда возможно, бедных сирот, завещанных «Современнику» людьми, бывшими ему полезными. Не становитесь мне поперек дороги в этой цели. Это будет дело, недостойное Вас. Было время, «Современник» давал нам средства жить и давал Вам доход, который в сложности за пятнадцать лет составляет сумму, превосходящую 10 т[ысяч] рублей серебром. — Теперь, по крайней мере при моем участии, дело это долго идти не будет. Чтоб покрыть долг, мне нужно два или три года, и тогда я оставлю это дело, т. е. передам «Современник» Вам или кому Вы назначите. Теперь же, повторяю, не тесните меня или не вынуждайте к крайним мерам».
Не менее отчаянно писал Некрасов начальнику Главного управления по делам печати при Министерстве внутренних дел Михаилу Павловичу Щербинину, от которого пытался добиться хоть какой-то ясности: «Существование журнала с двумя предостережениями немыслимо, подобно существованию человека с пораженными легкими. Чтоб выиграть несколько дней жизни, эти люди, выходя на воздух, надевают на рот особенный снаряд, который и мешает дыханию и вместе с тем, как думают, способствует продолжению его. «Современник» отныне должен являться в публику в подобном снаряде. Как будет ему дышаться, какова будет его речь, — об этом бесполезно говорить. Величайшим для меня счастием было бы закрыть журнал теперь же, не подвергаясь неприятности присутствовать при медленной агонии журнала, на который потратил я лучшие мои силы, работая над ним в первое десятилетие почти один. Но ликвидировать дело, длившееся 20 лет, — внезапно, в один месяц, при тех затратах, которые сделаны мною на следующий год, и при… некоторых других обстоятельствах, о которых по краткости сей записки считаю неудобным говорить, слишком убыточно и тяжело. На ликвидацию мне необходим следующий год, который во всяком случае будет последним годом существования «Современника» под моею редакциею. <…> В этих обстоятельствах прибегаю к Вашему превосходительству с покорнейшею просьбою дать мне некоторую гарантию, что изложенный мною план ликвидации журнала может быть доведен мною до конца, заявляя с своей стороны полную готовность подчиниться тем условиям, в которые для этой цели Ваше превосходительство найдете нужным поставить мой журнал. Почту себя много обязанным, если XI книжка «Современника», составленная до получения второго предостережения, будет предварительно пересмотрена; охотно исключу статьи, на которые мне будет указано. Равным образом и на будущее время готов буду, по представлении книги в комитет, вместо положенных двух дней медлить выпуском ее в свет неделю и более, лишь бы уберечься предостережения». Письмо показывает тактику, к которой пытался прибегнуть Некрасов, чтобы сохранить «Современник»: он приводил разумные аргументы, старался вызвать сочувствие, обещал исправиться, выражал отчаяние от непонимания, чего хочет от него цензура. При этом загнанный в угол, унижающийся перед ничтожным чиновником, имя которого всеми забыто, Некрасов остается поэтом, находя яркое сравнение журнала с человеком с больными легкими.
Как чуть позднее сам Некрасов писал Островскому, в декабре в редакции «Современника» велись разговоры о ликвидации журнала. Тем не менее какие-то если не гарантии, то во всяком случае уклончивые устные обещания или увещевания (вроде «не стоит, милейший, так убиваться») Некрасов получил, поскольку всё-таки не прекратил выпуск журнала и не предпринял никаких экстраординарных мер для его изменения.
Герцен в начале февраля 1866 года писал в «Колоколе»: «Издатель «Современника» после двух предостережений просил у Валуева поставить «Современник» снова под цензуру. Валуев отказал, ссылаясь на то, что переход «Современника», «этого свободолюбивого журнала», под цензурное положение будет равносилен прямому, фактическому заявлению, что новое, бесцензурное положение русской журналистики хуже старого, бесцензурного. Впрочем, не исполняя просьбы Некрасова, Валуев утешил «Современник» следующего рода советом: «Продолжайте ваше издание на том же положении, а я даю слово не давать третьего предупреждения и не закрывать журнала… если только редакция «Современника» согласится представлять статьи на мое предварительное рассмотрение…»». Как почти всегда, источник осведомленности Герцена неизвестен, но очень возможно, что в этом бестактном и потенциально опасном для Некрасова утверждении есть большая доля правды. На решение продолжать выглядящее безнадежным дело повлияли и финансовые обстоятельства — к декабрю были уже получены значительные подписные суммы. Возможно, вопреки всему Некрасов скрепя сердце решил продолжить журнал, будучи не в силах собственноручно уничтожить дело своей жизни. Желание прекратить «Современник» было только тактическим приемом (в духе «сам закрою, дайте только сделать это, не разорившись окончательно, зачем еще меня наказывать?»).
