Содержались в заточении в монастыре и сподвижники Максима Грека по исправлению богослужебных книг. Ссылали в монастырь опальных церковных иерархов, в нем умер митрополит Даниил, сверженный с престола в 1539 г. Ссылали в монастырь для вразумления и еретиков, среди них были Матвей Башкин и дьяк Василий Курицын. Содержали в обители, как в плену, плененных поляков в 1612 г. и французов в 1812 г.
В царский период Иосифо-Волоцкий монастырь был одним из самых почитаемых монастырей страны. В нем было пять храмов, поблизости действовал скит Всех Святых с «колодезем Иосифа Волоцкого». При монастыре работали гостиница, странноприимный дом, богадельня, больница, церковно-приходская школа. Здесь ежегодно совершалось четыре крестных хода, дополнительно привлекавших в монастырь многочисленных богомольцев.
Представители царской семьи, многие видные люди страны считали необходимым приезжать именно в этот монастырь на богомолье. Память об Иосифе Волоцком, и его идеология сохранения духовной стойкости и здоровья россиян приводила и приводит в Иосифо-Волоцкий монастырь наиболее грамотных и думающих людей России.
Почти сразу же после событий 1917 г. представители новой власти начали притеснять монастырь, готовили его ликвидацию. То, что делал, писал, завещал потомкам Иосиф Волоцкий, было для них страшной опасностью.
В 1922 г. Иосифо-Волоцкий монастырь закрыли. В его комплексе разместили детский дом, который функционировал в монастырских постройках до 1981 г. Кроме того, здесь работала Теряевская средняя школа, в которой учились дети из соседних сел и деревень. Был на территории монастыря и Историко-краеведческий музей (филиал Волоколамского краеведческого, позднее – Московского областного краеведческого музея).
Но в советский период из закрытого монастыря увезли его огромные, накопленные за несколько веков ценности. Национализировали золото и серебро, драгоценные камни, ценные иконы, книги, рукописи и многое другое. Многие иконы оказались в музеях, в том числе в Центральном музее древнерусской культуры и искусства им. А. Рублева в закрытом Спасо-Андроникове монастыре в Москве. Рукописная библиотека монастыря была передана в Государственную библиотеку им. В.И. Ленина в Москве (теперь Российская государственная библиотека), а монастырский архив оказался в Центральном государственном архиве древних актов (теперь – Российский государственный архив древних актов). В 1929–1931 гг. переплавили все монастырские колокола. Иосифо-Волоцкий монастырь сильно пострадал в 1941–1942 гг. от действий фашистов, гитлеровцы в 1941 г. взорвали древнюю колокольню монастыря.
Со второй половины 1950-х гг. в монастырском комплексе начались реставрационные работы, в которых участвовали московские и ярославские мастера. Эти работы продолжались в 1960—1970-е гг.; тогда изразцы для восстановления Успенского собора и других зданий выполнил ярославский мастер А.А. Егоров.
В 1989 г. Иосифо-Волоцкий монастырь вернули Русской православной церкви. Монастырь стал ставропигиальным в 1999 г. Первым наместником возрожденного монастыря был митрополит Волоколамский и Юрьевский Питирим (К.В. Нечаев, 1926–2003), тогда председатель издательского отдела Московской патриархии, человек редчайшей эрудиции, крупный церковный теоретик и практик. Первым благочинным возрожденного монастыря был талантливый и яркий церковный ученый, кандидат богословия архимандрит Иннокентий (А.И. Просвирнин, 1940–1994). Он чрезвычайно много сделал для этого монастыря, создал в нем тогда единственный в мире Музей Библии, но и чуть не поплатился за все это своей жизнью.
В 1993 г. в Иосифо-Волоцком монастыре в период Великого поста на о. Иннокентия напали, избили до полусмерти, намеревались убить. Отец Иннокентий в это время нес послушание казначея. Двое бандитов ворвались в келью о. Иннокентия. До этого они связали сторожа монастыря, отняли у него ключи от игуменского корпуса, в котором рядом с экспозицией Музея Библии находилась келья о. Иннокентия. Бандиты избили его, связали телефонным проводом, а сами бросились искать деньги, перебирать музейную экспозицию, в которой они надеялись найти дорогие вещи, изделия из золота, серебра, с драгоценными камнями. Но там были только письменные ценности. Отец Иннокентий сумел чудом освободиться от проводов и, беспокоясь только о спасении церковных реликвий, поспешил к людям за помощью, поэтому он выпрыгнул со второго этажа на бетонную отмостку. От тяжелого нервного потрясения и ран, а также усилившихся из-за них старых болезней он до конца оправиться так и не смог, хотя его лечили лучшие врачи Москвы. Но постепенно он все-таки поправлялся, возвращались силы и способность работать. Работа была для него верным лекарством, но ее-то ему вовремя и не предложили. Удивительно: при его знаниях и способностях он оказался почти не у дел. Это, несомненно, ускорило его смерть. Он скончался «на покое», за штатом. Умер он в московском Новоспасском монастыре, где его и похоронили.
В наши дни главными святынями Иосифо-Волоцкого монастыря являются икона преподобного Иосифа Волоцкого и его святые мощи, которые покоятся в подклете Успенского собора. Большим почитанием пользуются святой источник преподобного Иосифа Волоцкого в центре монастыря, а также святая кладезь неподалеку от монастыря в скиту Всех Святых.
Надвратная церковь Петра и Павла
Иосифо-Волоцкий монастырь является ценным архитектурно-художественным комплексом.
Соборный храм во имя Успения Пресвятой Богородицы (1688–1692 гг.) является композиционным центром монастырского комплекса. Этот собор был построен на месте обветшавшего и разграбленного Успенского собора 1480 г., в котором были росписи Дионисия. Этот кирпичный собор построили на вклад дьяка Захария Богдана Силина и на царские пожертвования. Собор строили четыре года (1688–1692 гг.), а его внутреннюю отделку в основном завершили только к 1696 г. Собор и сейчас производит сильное впечатление. Этот величественный собор с фасадами в стиле московского барокко стоит на высоком белокаменном подклете (престол преподобного Иосифа Волоцкого), который использовался для погребения, как особо почетное место. Собор строили московские мастера под наблюдением подмастерья каменных дел Кондратия Мымрина.
Собор представляет собой четырехстолпный пятиглавый крестово-купольный храм с тремя апсидами и трехчастным делением фасадов. С трех сторон его окружают сводчатые галереи в два яруса, из которых верхний устроен в 1757 г. Украшает собор фриз из полихромных изразцов, изготовленных в мастерской известного мастера Степана Полубеса. В соборе сохранились красивые решетки и прорезные золоченые кресты, купленные для него в Москве. Верхний этаж собора – храм Успения Пресвятой Богородицы. В храме сохранился современный ему великолепный пятиярусный золоченый резной ажурный иконостас в стиле барокко, с колоннами – прорезными витыми гроздьями винограда работы Евсевия Леонтьева. В его верхнем ярусе сохранились иконы 1690-х гг., выполненные Фомой и Василием Потаповыми; другие иконы их письма были переданы в советский период в музеи. Находившиеся, в местном ряду иконостаса иконы «Троица ветхозаветная» (ХV в., мастер Паисий) и «Богоматерь Владимирская» (середина ХVI в.) находятся в Москве, в Музее древнерусского искусства им. А. Рублева в Свято-Андроникове монастыре. Имеющиеся в храме другие иконы, находящиеся, главным образом в иконостасе, относятся в основном к концу 1740-х гг. Первоначальная фресковая роспись храма заменена на клеевую роспись, выполненную в 1904 г. палехской артелью Н.М. Сафонова по эскизам И.С. Кузнецова в стиле ХVII в.
