Пребывание в плену не помешало свежеиспеченному Худякову делать весьма успешную карьеру в рядах Красной Армии. В конце 1919 года он возглавил полковую команду конных разведчиков. Потом командовал взводом и был помощником командира эскадрона. Вместе со своим эскадроном и другими частями 11-й советской армии Худяков вошел в Баку в мае 1920 года, а затем боролся с партизанскими отрядами мусаватистов в Азербайджане. В этих боях он был дважды ранен и один раз контужен. В апреле 21-го года Худякова послали на кавалерийские курсы усовершенствования командного состава в Тифлис. После окончания курсов, в июне 22-го, его направили в 1-й корпус червонного казачества на Украину. В связи с резким сокращением армии, с 5,5 миллиона человек в конце 1920 года до 1 595 тысяч человек к концу 1921 года и до 516 тысяч — к концу 23-го, бывший помощник командира эскадрона сначала смог получить лишь должность взводного. Однако вскоре вырос до командира сотни. В 1925 году окончил кавалерийские курсы усовершенствования командного состава (ККУКС) в Ленинграде и стал начальником полковой школы. Последняя должность Худякова в кавалерии — помощник командира полка (в 1930 году ему даже пришлось исполнять обязанности полкового командира).
В 1931 году судьба Сергея Александровича претерпела крутой поворот. Партия, в которую он вступил еще в 1924 году в рамках так называемого «ленинского призыва», бросила лозунг: «Трудовой народ, строй воздушный флот!» 29-летнего кавалериста направили учиться на командный факультет Военно-воздушной академии имени Н.Е. Жуковского. Этот факультет готовил, собственно, не летчиков, а штабных работников и высших командиров авиации, и его выпускники умели летать весьма условно. Правда, и летной подготовкой Худяков не пренебрегал. Уже в первый год учебы в академии налетал 148 часов, в том числе 8 — ночью. Позднее проходил практику в качестве летчика-наблюдателя. Однако асом так и не стал, да и в воздушных боях ни разу в жизни не участвовал. Тем не менее учился Сергей-Арменак хорошо и по окончании академии в 1936 году получил блестящую аттестацию: «Подлежит выпуску по 1-у разряду. Достоин присвоения звания майора. Может быть назначен на должность командира эскадрильи». Однако командование эскадрильей Худякову, умевшему летать только на устаревших учебных самолетах, все же не доверили. Иначе, боюсь, его жизнь могла бы оборваться в одной из авиакатастроф значительно раньше, чем это произошло на самом деле. Ведь в 30-е годы советские ВВС держали прочное первое место в мире как по общему числу самолетов, так и по их аварийности. Да и подчиненным с командиром, едва научившимся летать, наверное, пришлось бы несладко. К общему удовлетворению, Сергей Александрович получил довольно непыльную должность — начальника оперативного отдела штаба 5-й тяжелой бомбардировочной бригады в ВВС Белорусского военного округа. Здесь не надо было подниматься в воздух. Сиди в кабинете и работай с картами и документами — чем плохо? Через год Худяков вырос до начальника оперативного отделения в штабе авиации округа. Стремительное восхождение по ступенькам авиационной иерархии было связано с начавшимися в 37-м году широкомасштабными репрессиями в Красной Армии. Освободившиеся вакансии заполнялись молодыми командирами-коммунистами, которых в тот момент считали «благонадежными» и никак не связанными с «Тухачевским и его бандой». В 1938 году Худякова-Ханферянца произвели в полковники и назначили начальником тыла ВВС Белорусского военного округа. В 1940 году последовало новое назначение — начальником штаба ВВС Белорусского Особого военного округа. Как известно, большинство самолетов округа в первые же дни Великой Отечественной войны было уничтожено на аэродромах и в воздушных боях. Командующий ВВС Западного фронта генерал-лейтенант И.И. Копец покончил с собой. Если бы не покончил, то разделил бы печальную участь командующего фронта генерала армии Д.Г. Павлова и других руководителей войск фронта. А вот Худяков не только уцелел, но и резко пошел в гору. В июне 41-го он стал начальником штаба, а с февраля 42-го — командующим ВВС Западного фронта.
Нельзя сказать, что Сергей Александрович чем-нибудь обогатил тактику или оперативное искусство боевого применения авиации. Никогда не командовавший авиационными частями, обо всем этом он знал только понаслышке. Но, очевидно, хорошо умел писать доклады, где расписывал подлинные и мнимые достижения «сталинских соколов». Потому и держался на плаву. В октябре 41-го, когда советские войска терпели сокрушительное поражение на подступах к Москве и неприятельская авиация полностью господствовала в воздухе, Худякову присвоили звание генерал-майора авиации. Значит, Сталин не считал его виновным в поражениях первых месяцев войны. Между тем советские летчики уступали асам люфтваффе не только в уровне летного и боевого мастерства, но и, что не менее важно, в уровне организации и тактических и оперативных принципах использования ВВС. Вот что вспоминал, например, земляк Худякова-Ханферянца, тоже уроженец Нагорного Карабаха, Маршал Советского Союза Иван Христофорович Баграмян: «Противник не только превосходил нас в количестве боевых самолетов, он имел и более удачное организационное построение своей авиации, и более гибкую систему централизованного управления ею в операциях.
Имея единое командование, единые органы управления и аэродромного обеспечения, немцы без особого труда сосредоточивали основные усилия авиации для массированного боевого применения на тех направлениях, где, по их замыслам, решалась участь самых важных сражений и операций в целом.
Наши же военно-воздушные силы на фронтах в организационном отношении были до предела раздроблены. Основная масса боевых самолетов фронтов входила в состав армейской авиации, действия которой планировались и управлялись главным образом командующими общевойсковыми армиями исходя из оперативных задач, стоящих перед ними.
Сидят: М. Тухачевский, К, Ворошилов, А. Егоров. Стоят: С. Буденный, В. Блюхер
В. Блюхер, М. Викторов, М. Калмыков
Л. Егоров, 1920 г. Л. Берия
В. Блюхер М. Тухачевский
И. Сталин. 1936 г.
В дни работы XVII съезда ВКП(б).
Сидят: Г. К. Орджоникидзе, И. В. Сталин, В. М. Молотов, С. М. Киров. Стоят: А. С. Енукидзе, К. Е. Ворошилов, Л. М. Каганович, В. В. Куйбышев
Слева направо (сидят): главком С. С. Каменев, член Реввоенсовета Республики С. И. Гусев, командующий войсками Юго-Западного фронта А. И. Егоров, член Реввоенсовета 1-й Конной армии К Е. Ворошилов. Стоят: начальник Полевого штаба Реввоенсовета Республики П. П. Лебедев, начальник штаба Юго-Западного фронта Н. Н. Петин, командующий 1-й Конной армией С. М. Буденный, начальник Оперативного управления Полевого штаба Реввоенсовета Республики Б. М. Шапошников. 1920 г.
