Система основывалась на строгом разделении гражданских и военных полномочий: ректоры провинций не располагали вооруженным контингентом и не имели никакой власти над армией, находившейся на их территории, которую они, однако, должны были снабжать; у них не имелось возможности сопротивляться развитию патронажа, ослаблявшего города. В 535—536 годах Юстиниан попытался реформировать эту систему, передав ректорам гражданские и военные полномочия, но менее чем через десятилетие ему пришлось отказаться от реформы. Однако его примеру последовал Маврикий, который около 582 года создал Карфагенский экзархат в Африке и Равеннский — в Италии; экзархам передали гражданские и военные полномочия.
К кризису городов добавились славянские, персидские и арабские вторжения, что ускорило процесс радикальной реорганизации, происходившей во второй половине VII века. В этот трудный с военной точки зрения период защита государства была самой актуальной задачей. Остатки военных отрядов Армении и Востока (Анатолии) наспех разместили на территории Малой Азии; солдатам предоставили земли, без сомнения, изъятые из огромных массивов государственных и императорских земель. Эти земли дали армянскому и анатолийскому контингентам («Анатолия» по-гречески означает «Восток»), территориальную базу. Командование этого подразделения (по-гречески фемы) было поручено стратигу. Весьма эффективное новшество начала VIII века состояло в том, что стратигу поручили также гражданское командование провинцией. Таким образом, фема становится византийской провинцией. Первое упоминание армянской фемы датируется 667 годом, анатолийской — 669-м. Однако это не являлось реформой в строгом смысле слова: удачная попытка преобразований, осуществленных в центре и на востоке Малой Азии, распространялась на всю империю постепенно. Во Фракии фема образовалась в 679—680 годах, на юго-западе Малой Азии сформировалась Кивиреотская фема, главной опорой которой был флот. Мощная территориальная база этих первоначальных фем, очень крепкие связи между солдатами и их стратигом делали фемы потенциально опасными, что доказывали многочисленные захваты власти стратигами, например, узурпация власти стратигом Анатолийской фемы Львом Исавром в 717 году.
Следующим этапом было деление фем на более мелкие единицы. Например, Анатолийская фема незадолго до 741 года при Льве Исавре породила Фракийскую фему на западе, а также около 930 года фему в Селевкии, на востоке. Кроме того, территориальное завоевание отмечено созданием фем, которые означали контроль империи над отвоеванными территориями: это Эллада незадолго до 695 года, Сицилия — около 700 года, Македония — около 789 года, запад Пелопоннеса — в самом начале IX века. Завоевания на Востоке также сопровождались созданием фем, но в конце X века в результате походов в глубь территорий, за Тавром, создаются фемы очень небольших размеров, которые порой не превосходили по размеру обычную крепость. Таким образом, фема изменила свое значение, так как изначально это был военный отряд, предназначенный для защиты определенной территории. Она уже не справлялась со своими функциями, по крайней мере в центре Малой Азии.
Несмотря на изначально военный характер, создается гражданская администрация, главной фигурой которой становится судья. Судебная функция объединяется с обычными административными полномочиями. Протонотарий осуществлял сбор налогов, в то время как картулярий выполнял функции военного администратора — это гражданское руководство армией. Местные высшие чиновники назначались самим императором, но с согласия и по предложению стратига.
Несмотря на разделение фем, стратиг оставался весьма могущественным чиновником, поэтому его требовалось контролировать; для этого подчиненные имели право посылать свои доклады в различные конторы центральной администрации. Как и всех обладателей высоких постов, стратигов могли отозвать в любое время. В принципе стратига не назначали в провинцию, откуда он был родом, и стратигу запрещалось приобретать собственность в подвластных ему землях, а также выдавать замуж свою дочь за человека из подчиненной ему провинции. Таким образом для стратига исключалась возможность создать там себе прочный «фундамент», что затруднило бы его отстранение от местной власти. Тем не менее реальность нередко вступала в противоречие с этими мерами: стратиг, который хорошо знал местность, потому что сам был родом оттуда, который знал жителей, умел собрать войска и заставить их себе повиноваться, лучше исполнял свои обязанности.
Семья Фоки — прекрасный тому пример. За три поколения они стали настоящими хозяевами фемы. Если учредитель рода в 870-х годах был только младшим офицером из Малой Азии, отмеченным властями за свои военные таланты, то в третьем и последнем назначении он стал стратигом в Анатолийской феме, то есть в своем родном регионе. Сын его был послан командовать военными действиями в Италии. В следующем поколении было два сына, один из которых являлся анатолийским стратигом, а другой унаследовал от отца командование, управляя Каппадокийской фемой, и женился на наследнице одной из наиболее известных семей региона, Малеин. В следующем поколении появился Никифор Фока, который отвоевал Крит и в 963 году стал императором. Он сам был анатолийским стратигом, прежде чем стать главнокомандующим армией; его брат Лев вначале — стратиг Каппадокии, сменил его в Анатолии; третьего брата, Константина, назначили стратигом Селевкии.
Что касается финансов, то полномочия стратига, как и его подчиненного, протонотария, оставались весьма ограниченными, так как администрация геникона имела привычку посылать в провинции независимых служащих центральной администрации для контроля за формированием кадастра и сбором налога с облагаемого дохода, а также для управления императорскими и фискальными землями. Впрочем, провинциальный округ, называемый «диоцез», с точки зрения налогообложения не совсем соответствовал феме, в любом случае существенно от нее отличался, ограничивая в данном вопросе прерогативы стратига и его администрации.
В течение XI века армия фем исчезла. Судьи стали принципалами, отвечающими за управление провинциями. Титул стратига в последний раз появляется в 1124 году. Во всяком случае, чрезмерное деление фем сделало их малоэффективными для операций на границе. Они поручались управляющим провинциями, наделенным более широкими полномочиями, которых впоследствии стали называть дуками или катепанами (наместниками). Функции стратигов практически сократились до военных обязанностей. В XII веке фемы были всего лишь гражданскими округами, хотя некоторые дуки хотели вернуть себе военную и гражданскую власть, особенно в регионах Малой Азии, которые Комнины сумели отвоевать у турок после их вторжения в XI веке и завершения Первого крестового похода. Так поступали наместники Абидоса, Эфеса или Смирны; эту систему можно было применить и на Балканах, когда появился наместник Анхиала — городка на берегу Черного моря. После «латинской интермедии» (1204—1261) власть императоров над теми из провинций, которые не были абсолютно автономными, теперь являлась скорее теоретической: судьи стали настолько коррумпированными, что подданные предпочитали обращаться к церковному правосудию. Система налогов, с уступкой крупным государственным вельможам для вознаграждения их за военную службу, опустошила казну государства. Нет ничего удивительного, что в подобных условиях такой город, как Фессалоники, восстал и практически отделился от империи, как это было при восстании зилотов (1342—1350).
