Рука Феодора лучше всего ощущалась именно в организации монастырей. Минимальный возраст вступления в монастырь устанавливался в 16—17 лет и предлагался период ученичества, не характерный прежде для Студийской обители. Монастырь окружался стеной; бедняки размещались у входа во двор в ксенодохии (xenodocheion), в котором монахи принимали гостей. Этот странноприимный дом устраивался в маленькой самодостаточной деревне. Феодор распределял монахов по различным службам (заведующий хозяйством, келарь и т.д.). Чтобы разгрузить игумена от управленческих работ, каждому назначалась своя задача в соответствии с представлением, что монастырь — это мистическое тело, в котором у всех есть своя функция. Имелись дьяконские службы (работы в саду, пекарне, бельевой и т.д.) и производственные — переписывание книг, работа по камню, коже, железу, выделка пергамена. Феодор Студит был противником созерцательства; он призывал к усердию и предлагал рассматривать работу как служение Богу, как мессу монаха, даже если он нередко не являлся священником; любой монах работал словно последний бедняк, каким бы ни был его предшествующий статус, чаще всего довольно высокий.
Преобразования Феодора Студита оказывали на византийское монашество глубокое воздействие, о чем свидетельствует существование большого количества копий его произведений. Но Феодор тщетно пытался придать византийскому монашеству единую организацию, построить систему, объединяющую несколько монастырей. Только пять монастырей поддерживали с ним личные связи. И в целом эта система не пережила своего создателя.
Монашество неудержимо влекли горы — наглядный символ восхождения к небу. С горами связана эта форма постоянного подвижничества византийского монашества: аскет уходил на гору, и его аскеза привлекала к нему учеников. И когда ученика убеждали основать монастырь, этот монах становился его игуменом, естественно, продолжая жить отшельником. В результате его действия определяли поведение других монахов. В конечном счете приток учеников начинал мешать аскету, и он назначал нового игумена, а сам уходил еще выше в горы. Но и туда к нему приходили новые и новые ученики.
Ему приходилось основывать новый монастырь, и все повторялось. Таким образом, гора Олимп в Вифинии, в нескольких километрах к югу от Бурсы, стала наиболее известной монашеской горой IX и X веков. Даже слишком известной, так как Олимп расположен довольно близко к столице. Начиная с IX века Афон, самый восточный полуостров Халкидонии, около Фессалоник, первоначально полностью безлюдный и являвшийся местом выпаса скота, был заселен отшельниками. Но эта спокойная обстановка была нарушена с прибытием главы монахов Олимпа — Афанасия.
Уроженец Трапезунда, бывший блестящий преподаватель одной из школ Константинополя, Афанасий жил также на горе Киминас, расположенной далеко на востоке Вифинии, в монастыре, основанном крупным аристократом Михаилом Малеином. Там он познакомился с самым великим военачальником X века, племянником Михаила, Никифором Фокой, аскетом в душе, который намеревался в дальнейшем уйти в монастырь, предлагая Афанасию основать его. В 961 году, отправляясь на завоевание Крита, Никифор Фока останавливался в Афоне, где Афанасий жил отшельником, и взял его к себе на корабль, чтобы воспользоваться силой его молитв. Это всегда было первейшей задачей монаха: молиться за успех христианской империи.
Продолжение известно: Никифор Фока добился успеха, хотя до него после 827 года там терпели поражение бесчисленные военные экспедиции. Считалось, что это стало результатом молитв монаха. Афанасий вернулся на Афон с солидным вознаграждением и получил на конце полуострова территорию, где основал монастырь, названный Лаврой. Термин тот же, что использовали и в Палестине, но реальность была иная. Лавра, как и многочисленные монастыри Афона, возникшие в последующие полвека, являлась прежде всего обителью. В ней имелись церковь и столовая. Построенные в центре почти квадратного двора, в окружавших его стенах располагались кельи монахов. Тем из монахов, кто достигал высокой степени совершенства, разрешалось возвратиться, но в крайне ограниченном количестве, группами по два или три человека, в уединенные постройки, находившиеся на горе, на некотором расстоянии от обители. Тем не менее эти монахи продолжали оставаться частью данной обители, под властью единого игумена.
На самом деле Афанасий не придумал ничего нового: множество монастырей уже следовало этой модели, к тому же он активно пользовался построениями Феодора Студита. Но изменились перспективы и состояние духа монашества. Монахи сумели заставить видеть в себе жертвы иконоборчества, а после восстановления иконопочитания пользовались подношением многочисленных даров. Но владение имуществом противоречило монашескому идеалу, и множество монастырей, даже при наличии большого состояния, прозябало или вовсе исчезло, если они не были основаны крупными аристократами, способными обеспечить правильное управление имуществом. Афанасий, не теряя времени, основал порт для снабжения монастыря и экспорта продуктов. Он пробил гору, чтобы доставить воду в сад монастыря. Короче говоря, им были сделаны эффективные инвестиции. Афанасию удалось заполучить земли других монастырей и добиться налоговых льгот для монастырских кораблей, которые отвозили на рынки излишки, полученные с объединенных и доходных земель. Монахи под его руководством стали превосходными управляющими и представляли реальную общественную силу. Все это соответствовало правилам, заведенным императорами и распространенным среди аристократии, начиная с X века: основывать монастыри, вкладывая в них крупные средства и скрупулезно прописывать условия управления ими вплоть до распределения излишков, которые должны были обеспечивать питание монахов и выполнение благотворительных функций.
Понемногу Афон стал подлинным духовным центром: там основывали свои монастыри иностранные правители — русские, сербские. Когда Византия потеряла Малую Азию, Афон стал землей обетованной византийского монашества. После завершения существования империи он отчасти начал олицетворять православие. Монахи всегда были непревзойденными кормчими в бурном море политических течений: перед лицом турецкого нашествия многие аристократические семьи верили в то, что надежно укрывают свои состояния, поручая их монахам и надеясь вернуть их себе, когда фортуна снова им улыбнется, но этого не происходило. Монахи устроили так, что османы не захватили Гору, и смогли сохранить свое имущество и часть своих привилегий.
Став горнилом богословия и духовной культуры, Афон и его монахи^сохранили свое влияние на византийцев вплоть до XIV века, когда от империи почти ничего не осталось. Во все времена монахи пытались добиться при помощи молитвы душевного безмолвия, исихии. Для этого они разработали особую практику «умного делания», основанную на непрерывном чтении молитвы «Господи Иисусе Христе, Сыне Божий, помилуй меня», сопровождаемой медленным покачиванием тела для улучшения концентрации и достижения идеального для молитвы состояния. В XIV веке исихазм стал полноправным учением, сформулированным Григорием Паламой. Молитвенная практика исихазма позволяла увидеть Фаворский свет, окружавший Христа во время его преображения на горе Фавор, свет, делавший доступным для человека истинное сопричастие Богу. Человек, оставаясь земным созданием, приобщался к Божеству благодаря Христу и Его человеческому началу. Это являлось возвратом к теологии Халкедонского Церковного собора, но находилось в явной оппозиции к аристотелевской традиции, которой византийцы были преданы и которая царила на христианском Западе. В 1351 году принятие учения Г. Паламы Церковным собором в Константинополе, разверзло пропасть между византийским и римским христианством. Афонские монахи стали наиболее активными сторонниками православия и ожесточенными противниками Унии церквей.