А Марусе действительно 2 апреля удалось бежать из-под стражи. Перейдя на нелегальное положение, Спиридонова вернулась к партийной работе и возглавила меньшинство ЦК, выступавшее за активное противодействие политике РКП(б).
В начале 1919 года партия левых эсеров окончательно ушла в подполье. Резко уменьшилось количество ее местных организаций и численность партии в целом. В мае 1920 года Дзержинский с удовлетворением констатировал, что эта партия «положительно разгромлена ЧК» и «для нас неопасна». Правда, на этот раз шеф тайной политической полиции поспешил с выводами — ПЛСР было суждено погибнуть не ранее конца 1922 года, хотя, обескровленная арестами и раздираемая внутренними противоречиями, партия образца 1920 года являлась лишь бледной тенью того мощного 150-тысячного отряда решительных бойцов, каким она была в 1918 году.
В начале 1919 года в Минске вновь арестовали, но вскоре выпустили Александру Измаилович. В конце этого же года — новый арест. Из внутренней тюрьмы ВЧК бывшую каторжанку отвезли в хорошо знакомую ей со времен самодержавия Бутырку. И еще одно дежавю — во время акции протеста помощник коменданта тюрьмы Попкович стрелял в Александру из револьвера. И как некогда царский полицмейстер Норов — промахнулся.
В октябре 1920 года Советское правительство легализовало левоэсеровское большинство. Меньшинство же продолжало антисоветскую деятельность. Сращивание двух первых советских партий, стоявших у истоков созданного ими Советского государства — большевиков и левых эсеров, так и не состоялось.
На свободе Спиридонова провела чуть больше полугода. В октябре 1920-го она была задержана чекистами, что вовсе не свидетельствовало об их профессионализме. В это время она была тяжело больна. На болезнь легких и цингу наложились дизентерия и брюшной тиф. В руки чекистов женщина попала совершенно беспомощной и даже вряд ли осознающей происходящее. Задержан был и дежуривший в это время у постели больной Б. Камков. Некоторое время Маруся провела в лазарете ВЧК, а затем по причине «крайней неуравновешенности» ее согласно заключению врачей, перевели в Пречистенскую психиатрическую больницу. Сделали это, вероломно подсыпав Спиридоновой снотворное. Предвидя резонанс, который вызовет подобная внесудебная акция у все еще существующей несоветской общественности, чекисты решили соблюсти внешние приличия. Они привлекли к обследованию известного всей Москве психиатра профессора П.Б. Ганнушкина. Его диагноз гласил: «Истерический психоз, состояние тяжелое, угрожающее жизни».
Спиридонова стала первой инакомыслящей, подвергшейся воздействию советской карательной психиатрии. В отчаянье Маруся ответила единственным оставшимся у нее способом — объявила голодовку, длившуюся 14 дней. Рассматривался вопрос о насильственном кормлении. В кошмарах, в бреду она кричала: «жандармы, казаки!» Сотрудники ЧК сливались в ее сознании с ее мучителями царского времени. Для ухода за подругой под честное слово освободили Александру Измаилович. Саня заботилась о больной, защищала Марусю от принудительного кормления и заявляла, что в случае применения насилия обе они покончат с собой.
Международный женский конгресс, который проводился в то время в Москве, обратился к Троцкому с просьбой разрешить больной Спиридоновой выезд за границу, однако большевики отказали, мотивируя это тем, что эсерка опасна для Советской власти.
В феврале 1919-го был арестован, затем переведен под домашний арест недавний нарком юстиции в Совете народных комиссаров РСФСР Исаак Захарович Штейнберг. Время от выхода из правительства и до отъезда за границу он не терял зря: полемизировал с большевиками от имени немарксистских социалистов и народников, излагал свое понимание социалистической революции (как «великой человеческой страсти, поднимающей рядового человека до уровня исторического героя»). Часть левых эсеров в 1920 году решила отказаться от борьбы с советской властью и призвала своих единомышленников вместе с большевиками сражаться против белого генерала Петра Врангеля и польской армии маршала Юзефа Пилсудского. Лидером этой группы стал Штейнберг, получивший право создать Центральное организационное бюро партии левых эсеров. 16 сентября 1921 года он добился перевода Спиридоновой и Измаилович на подмосковную дачу под свое и И.Ю. Баккала, секретаря Центрального бюро партии эсеров, поручительство — под негласный надзор органов.
К этому времени крестьян на Тамбовщине, как и по всей России, лишили всяких политических и экономических прав, запретили торговать хлебом и стали забирать его силой. Широкий размах деятельности продотрядов вызывал у местного крестьянского населения взрыв недовольства. Население ответило коммунистам активным вооруженным сопротивлением. В 1918 году в восстаниях и партизанском движении против большевиков, продотрядов и комбедов приняло участие до 40 тыс. человек. Положение властей осложнялось частыми переходами красноармейцев (зачастую с оружием в руках) на сторону партизан.
В 1920 году Тамбовщину поразила засуха, и хлеба было собрано всего 12 млн пудов. Между тем продразверстка не была уменьшена, составив 11,5 млн пудов. Крестьяне взбунтовались. Восстание достигло максимального размаха к февралю 1921 года, когда численность повстанцев достигла 50 тыс. человек.
11 июня 1921 года Полномочной комиссией ВЦИК был издан приказ № 171 «О начале проведения репрессивных мер против отдельных бандитов и укрывающих их семей». Шесть пунктов приказа предусматривали расстрел, седьмой — предписывал исполнять предыдущие пункты «сурово и беспощадно». Против бунтовщиков, скрывшихся в лесах, командующий Михаил Тухачевский приказал применить отравляющие вещества (хлор марки Е56): «Леса, где прячутся бандиты, очистить ядовитыми газами, точно рассчитывать, чтобы облако удушливых газов распространялось полностью по всему лесу, уничтожая все, что в нем пряталось».
Боевые действия на Тамбовщине продолжались до лета 1922 года и постепенно сошли на нет. 16 июля 1922 года М.Н. Тухачевский доложил ЦК РКП(б): «Мятеж ликвидирован, Советская власть восстановлена повсеместно».
После подавления восстания тамбовских крестьян члены эсеровского ЦК и Центрального организационного бюро узнали о расстреле ревтрибуналом арестованных членов тамбовского комитета эсеровской партии. Эсеры заявили, что в ответ на физическое уничтожение членов партии социал-революционеров они оставляют за собой право развернуть террористическую деятельность. Видные чекисты требовали ответить эсерам немедленным уничтожением всей верхушки их партии и взятием заложников. То есть большевики были готовы к тому, чтобы воскресить и скоро, по большому счету, окончательно воскресили институт заложничества.
Практика репрессий стала значительно более жесткой и изощренной. К 1921–1922 годам их осуществлением против социалистов и анархистов занималось 6 из 10 центральных подразделений ОГПУ, в основном, унаследовавших структуру ВЧК.
Однако методы будущих политических процессов 30-х годов, где подсудимых подвергали длительному физическому и психологическому воздействию, делая их послушными марионетками, были невозможны, с одной стороны, потому, что в условиях гласного (точнее, полугласного) процесса, сам факт подобного насилия стал бы известен всему миру. С другой стороны, сама задача сделать «групповую марионетку», пригодную для использования на суде, из этих конкретных подсудимых эсеров, в силу их морально-психологических качеств и готовности к смерти, была попросту нереализуемой в 1922 году.