По перрону, по ступеням девушку волокли за волосы; продолжая пинать ногами и избивать, с размаху забросили в сани и привезли в полицейский участок уже без сознания. Там охранники Луженковского, Аврамов и Жданов, разъяренные оттого, что не сумели защитить хозяина, распалились еще больше. Сорвав одежду с несчастной, они обливали ее ледяной водой и требовали во всем признаться, рассказать, кто ее послал. От безжалостных ударов по голове девушка забыла свою фамилию, — назвалась ученицей 7 класса гимназии Марией Александровой.
Потом она вспоминала. «Придя в сознание, я назвала себя, сказала, что я социалистка-революционерка и что показания дам следственным властям; то, что я тамбовка. Это вызвало бурю негодования: выдергивали по одному волосу из головы и спрашивали, где другие революционеры. Тушили горящую папиросу о тело и говорили: „Кричи же, сволочь!“ В целях заставить кричать давили ступни „изящных“ — так они называли — ног сапогами, как в тисках, и гремели: „Кричи!“ (ругань). — „У нас целые села коровами ревут, а эта маленькая девчонка ни разу не крикнула. Нет, ты закричишь, мы насладимся твоими мучениями, мы на ночь отдадим тебя казакам…“ „Нет, — говорил Аврамов, — сначала мы, а потом казакам…“. И грубое объятие сопровождалось приказом: „Кричи“. Я ни разу, за время битья и насилий не крикнула. Я все бредила».
Позднее, в официальном протоколе медицинского освидетельствования указывалось, что «…лицо все было отечное, в сильных кровоподтеках с красными и синими полосами. В течение порядочного промежутка времени не могла раскрыть рот, вследствие страшной опухлости губ, по которым наносились удары. Над левым глазом содрана кожа размером в серебряную монету в пятьдесят копеек, обнажив живое мясо. Зубы все выбиты. В середине лба имеется продолговатая гноящаяся полоса, на которой содрана кожа. На правой стороне на лбу, ближе к волосам, тоже содрана кожа порядочного размера. Левая сторона лица особенно сильно отечна. Вследствие страшной опухлости этой части лица (очевидно, били правой рукой или с правого плеча) левый глаз закрылся…» Вдобавок ко всему перечисленному наблюдалось «кровоизлияние в сетчатку. Кисти рук сильно вспухшие. На ногах кровоизлияния и содранная кожа. Легкие совершенно отбиты. Горлом идет кровь. Двигаться не может. Периодическая потеря сознания. Бред, галлюцинации».
Такое состояние девушки не помешало переправить ее в тамбовскую тюрьму.
По пути Аврамов, уверенный в своей безнаказанности, намеревался надругаться над изувеченной, измученной арестанткой. Он предупредил конвойных, что если из купе, куда поместили преступницу, будут доноситься крики, реагировать не следует, поскольку допрос он будет вести жестко. О домогательствах Аврамова имеется рассказ Марии. Позже врачи отмечали, что потерпевшая не дала осмотреть живот, грудь и спину. А в тюрьме она отчаянно боялась, что негодяй заразил ее сифилисом — обнаружив у себя сыпь и покраснение, Маруся в панике обратилась к доктору. К счастью, тревога оказалась ложной.
Воображая покушение, девушка, безусловно, рассматривала и его возможные последствия. Наверно, она приготовилась к общественному осуждению, всестороннему порицанию, но была готова аргументированно защищать свою позицию. Наверняка она предусматривала и физическое давление — заключение в тюремной камере, скудную пищу, может быть, пощечины и даже казнь — и была к этому готова. Но настоящие пытки, циничное издевательство — сапогом в зубы, мордой об пол, грубое обнажение для глумления самых интимных уголков тела — такого она вообразить не могла. На всю оставшуюся жизнь террористка приобрела непримиримость в отношении нарушения ее личной неприкосновенности.
Зверство Аврамова и Жданова вызвало общественный резонанс. Все происшедшее со Спиридоновой, широко обсуждалось и освещалось в губернской и столичной прессе. Основная внушаемая обществу мысль заключалась в том, что «девушка 21 года и трех месяцев от роду, находится в ужаснейшем состоянии». Полиция обвиняла Юлию, сестру Маруси, в том, что она обнародовала ее письмо с рассказом о перенесенных издевательствах. После очередного свидания с сестрой у той было найдено еще одно письмо. Юлию арестовали. Была схвачена также третья сестра, Евгения, потом оправданная военным судом. В Тамбове проводил «журналистское расследование» корреспондент либеральной петербургской газеты «Русь» Владимир Попов под псевдонимом В. Владимиров. Он вел репортажи о состоянии здоровья девушки, публиковал письма Маруси к сестрам и матери, обращался к общественному мнению. Благодаря этому журналист и вошел в историю. Впоследствии он выпустил опубликованные статьи отдельной книгой, моментально раскупленной. Реакционная пресса выдвигала против либеральных газет обвинения в искажении истины и нагнетании напряженности. Началась настоявшая дуэль печатных изданий. Жуткая история издевательств над Марусей обошла весь мир и создала ей почти сакральный ореол мученицы.
В обстановке всеобщего возмущения страданиями беззащитной девушки почти незаметно прошла смерть Луженовского. «Это был поистине русский человек, — писал о нем монархист Н.Н. Жеденов, издатель антисемитской газеты „Гроза“, — огромного роста, богатырского телосложения, с добродушным лицом, и ласково смотрящими глазами, глубоко религиозный, пламенно любивший Россию и беззаветно преданный ее историческим устоям». После мучений, которые продолжались более трех недель, не дожив двух дней до своего 35-летия, Луженовский скончался. На памятнике, установленном на месте погребения Луженовского высечена надпись: «Гавриил Николаевич Луженовский. Родился 12 февр. 1871, скончался 10 февр. 1906, отдав жизнь за Веру, Царя и Отечество. Раненный революционерами пятью разрывными и отравленными пулями, безропотно прострадав 25 дней, тихо скончался, простив убийцу».
В 1917 году местные крестьяне вырыли из могилы его останки, сожгли их и развеяли по ветру.
После Перестройки на железнодорожном вокзале города Борисоглебска на месте казни Луженовского «патриоты» пытались повесить мемориальную доску. Однако власти до настоящего времени не дали на это разрешения.
В газете «Русские Ведомости» от 25 февраля рассказывалось, «что военное ведомство просило министерство внутренних дел препятствовать преждевременному оглашению подробностей истязания Спиридоновой в видах ограждения обвиняемых двух офицеров от нападок, если бы возбужденное против них обвинение оказалось бы несоответствующим истине».
Еще до суда газета «Русь» опубликовала письмо Спиридоновой из Тамбовской тюрьмы: «Да, я хотела убить Луженовского. Умру спокойно и с хорошим чувством в душе». Мария была уверена в своей правоте, поскольку считала, что Луженовский совершил преступление, но наказания не понесет. Именно она избрана для того, чтобы его покарать. Но убийство — это грех, за него надо ответить, пострадать, принять мучения. При этом на вопрос о здоровье террористка отвечала: «Теперь у меня очень болит голова, ослабла память, я очень многое забыла, и мне трудно излагать логично мысли. Болит грудь, иногда идет горлом кровь, особенно когда волнуюсь. Один глаз ничего, кроме света, не видит». После пыток она не могла подняться с тюремной кровати полтора месяца.
12 марта 1906 состоялась выездная сессия Московского военного окружного суда. «По ходатайству защиты была допущена в зал заседания одна из сестер Спиридоновой и старуха-мать, но последняя в самом начале заседания разразилась истерическими рыданиями и покинула зал суда» (Газета «Русь» от 13 марта 1906 года). Защищал Марусю 36-летний адвокат, присяжный поверенный, заместитель председателя партии конституционных демократов, впоследствии депутат Государственной Думы II и III созывов Н. В. Тесленко. Он произнес слова, которые широко разнеслись и стали своеобразным диагнозом состояния страны: «Перед вами не только униженная, больная Спиридонова. Перед вами больная и поруганная Россия».