Кроме перца во второй половине XVI в. вырос португальский импорт мускатного ореха, корицы и имбиря, поскольку цена на них в этот период выросла почти в три раза. Португальская монархия не получала большого дохода от гвоздики и мускатного ореха, поскольку большие средства уходили на ежегодное снаряжение каррак и галеонов, на которых доставлялись пряности с Молуккских островов и моря Банда, и содержание фортов в Амбоне, Тернате и Тидоре. Контрабандная торговля процветала на этих отдаленных островах в значительно большей степени, чем где-либо еще. Королевский чиновник в Кочине в 1568 г. утверждал, что два галеона с гвоздикой, пришедшие с Молуккских островов, привезли только 2400 фунтов гвоздики, хотя оба корабля были снаряжены на средства короля. Большинство индонезийских пряностей были проданы португальцами в
Малакке, Гоа и Ормузе азиатским торговцам, и только относительно небольшое их количество было доставлено в Европу, несмотря на возросший спрос. К концу XVI в. португальцы отказались от попыток ввести государственную монополию на торговлю гвоздикой, при которой У3 всего экспорта предназначалась монарху. Когда голландский адмирал Стивен ван дер Хаген захватил в 1605 г. Амбон, он обнаружил, что португальцы позволили мусульманским купцам со всей Азии, и даже из Турции, покупать гвоздику на этом острове. Подобная ситуация сложилась и в Ормузе, когда на протяжении последней четверти века персидские, турецкие, арабские, армянские и венецианские купцы посещали остров с целью приобретения пряностей у португальских чиновников и частных торговцев, совершенно не обращая внимания на возможное существование королевской монополии.
О процветании Ормуза в этот период свидетельствовал Ральф Фитч, купец-авантюрист времен королевы Елизаветы, посетивший остров в 1583 г.
«Ормуз – самый засушливый остров в мире, 25 или 30 миль в окружности; здесь нет никакой растительности, кругом одна соль. Все необходимое доставляется из расположенной на расстоянии 12 миль Персии – вода, дрова и провизия. Окрестные страны, будучи очень плодородными, поставляют все виды продовольствия в Ормуз. В этом городе живут купцы всех наций, много мавров и язычников. Здесь идет оживленная торговля всеми видами пряностей, различными снадобьями, шелком и шелковыми тканями, прекрасными персидскими коврами, жемчугом в большом количестве с острова Бахрейн и великолепным жемчугом из других мест, лошадьми из Персии, которые покупает вся Индия. У них есть правитель-мавр, которого выбирают португальцы и который правит от их имени».
Что касается корицы, то португальцы обладали на нее наиболее действенной монополией, чем на любую иную пряность, поскольку ее наилучшие сорта произрастали на равнинах Цейлона, находившихся под контролем португальцев, а сами сингальцы не имели собственных торговых судов. На Малабарском побережье и на острове Минданао произрастали сорта худшего качества, и поэтому, как заметил Линсхотен в 1596 г., «корица с острова Цейлон самая лучшая и замечательная в мире, и цена ее в три раза выше обычной». Монархия получала большие доходы от королевской монополии на эту пряность. Однако в повседневной практике основную прибыль от торговли присваивали губернаторы и чиновники, несмотря на существовавшие законы, запрещавшие подобные злоупотребления. О славе корицы, ценной и желанной пряности, писал известный поэт Са де Миранда (1550), который был поражен, насколько Португалия обезлюдела, когда многие жители страны покинули Лиссабон и отправились, «влекомые ароматом корицы», на Восток.
Потеря Тернате в 1575 г., которая привела к ухудшению положения португальцев на Островах пряностей, была в значительной мере возмещена их фактической монополией на важный торговый путь, связывавший Китай и Японию. Первые попытки португальцев закрепиться на побережье Южно-Китайского моря были неудачны, частично причиной тому были их собственные действия, частично нежелание китайской имперской бюрократии официально признать нежелательных «пришельцев-варваров из Великого Западного океана». Но на рискованную контрабандную торговлю у берегов провинций Гуандун и Фуцзянь китайские чиновники продолжали смотреть сквозь пальцы, получая от нее доход. Это, естественно, привело к тому, что португальцы основали поселение в Макао (около 1557 г.), о существовании которого император в Пекине узнал с запозданием в 20 лет и был вынужден смириться с этим фактом. Вследствие напряженности в японо-китайских взаимоотношениях в это время и запрета династией Мин вести торговлю с «карликами-грабителями» островной империи на китайских или японских судах, португальцы из Макао были едва ли не единственными, кто поддерживал торговлю между двумя странами. Эта торговля основывалась на обмене китайского шелка-сырца и шелковых тканей и золота на слитки японского серебра. Конечно, династический запрет на прямую торговлю между Китаем и Японией соблюдался не всегда. Но тем не менее он действовал достаточно эффективно, и торговля наиболее ценными товарами была сосредоточена в руках португальцев. Объединение Японии при правителе Тоётоми Хидеёси и последовавшее затем вторжение в Корею (1592–1598) резко повысили в стране спрос на золото в последней четверти XVI в. Более того, хотя в Японии производился шелк, японцы своему шелку предпочитали китайский, все равно, в виде ли сырца или тканей, поскольку его качество было выше.
Путь от Гоа до Нагасаки (конечный порт японской торговли после 1570 г.) и обратно занимал от 18 месяцев до 3 лет, в зависимости от продолжительности стоянки корабля в Макао (или Нагасаки), если не успевали отплыть в сезон муссонов. В это плавание, вначале открытое для всех и каждого, вскоре стали отправляться один раз в год на карраке под командованием старшего капитана, назначаемого королевской властью. Тот, кто получал такое назначение, мог повести судно сам или продать свое право лицу, предложившему наивысшую цену. Почти вся торговля шелком находилась в руках купцов и иезуитов в Макао. Система импорта была основана на квотах, которые выделялись тем, кто занимался доставкой груза. Старший капитан получал приличные комиссионные за различные грузы в дополнение к тем доходам, что он получал от своих частных инвестиций. Линсхотен писал в 1596 г., что одно плавание приносило доход в 150 или 200 тысяч дукатов; одно такое путешествие давало возможность старшему капитану сколотить состояние и уйти в отставку.
К концу XVI столетия Макао и Нагасаки, в прошлом заброшенные рыбацкие деревушки, превратились благодаря взаимовыгодной торговле в процветавшие морские порты. Так с завистью описывал один приезжий голландец в 1610 г. привилегированное положение купцов из Макао в Нагасаки.
«Корабль, приходящий из Макао, имеет на борту около 200 и больше купцов, которые сразу же сходят на берег и выбирают дом, где могут расположиться со своими слугами и рабами. Они не обращают никакого внимания на то, сколько им приходится платить, они не останавливаются перед приобретением самой дорогой вещи. Иногда за семь или восемь месяцев пребывания в Нагасаки они тратят от 200 тысяч до 300 тысяч [серебряных] таэлей, благодаря чему живет городское население; это одна из причин дружественного отношения к ним местных японцев».
В последнее десятилетие XVI в. португальская монополия на внешнюю торговлю Японии и монополия иезуитов на японскую миссию, основанную в 1549 г. Франциском Ксаверием, оказались под угрозой со стороны испанских торговцев и монахов-миссионеров, появившихся на Филиппинах. Активность иберийских соперников, которая вызвала большую озабоченность среди португальцев, не привела в итоге к сокращению их доходов от торговли между Макао и Нагасаки. Несмотря на объединение в 1580 г. двух иберийских держав под властью испанского короля Филиппа II, правительство в Мадриде признало, что Япония находится в сфере влияния Португалии (границу которой определил в 1494 г. Тордесильясский договор) и что монополия на японскую торговлю должна принадлежать скорее Макао, а не Маниле.
